M2 Genomics & Antimicrobial Resistance Internship

INRAE; Toulouse; Sur place; EUR 6 700 - 8 900; Plein temps

Résumé du poste

INRAE recrute un stagiaire Master 2 pour l’unité INRAE/ENVT INTHERES, sur le site de l’École Nationale Vétérinaire de Toulouse. Le stage porte sur l’étude CARBA-TER: extraction d’ADN, séquençage et analyses bio-informatiques des EPC dans les compartiments humain, animal et environnemental.

Le candidat travaillera sur l’assemblage, le contrôle de qualité des génomes, l’identification des gènes de résistance et des déterminants de virulence, le typage clonale et la détection des réplicons

Qualifications

• Master/Bac+5 requis ou en cours avec formation pertinente.
• Bon niveau en analyse génomique, bio-informatique et microbiologie.
• Goût pour le travail expérimental en laboratoire et travail en équipe.

Responsabilités

• Extraire l’ADN des isolats pour séquençage.
• Analyser les données et identifier dissémination clonale/plasmidique.
• Réaliser l’assemblage et le contrôle qualité des génomes.
• Identifier les gènes de résistance et les déterminants de virulence.
• Réaliser le typage clonale (MLST, cgMLST) et détecter les plasmides.
• Préparer et effectuer des séquençages long-read et des expériences de transfert in vitro.

Connaissances

Analyse génomique

Bio-informatique

Microbiologie

Travail en équipe

Formation

Master (Bac+5)

Description du poste

INRAE recrute un stagiaire Master 2 pour l’unité INRAE/ENVT INTHERES, sur le site de l’École Nationale Vétérinaire de Toulouse. Le stage porte sur l’étude CARBA-TER: extraction d’ADN, séquençage et analyses bio-informatiques des EPC dans les compartiments humain, animal et environnemental.

Le candidat travaillera sur l’assemblage, le contrôle de qualité des génomes, l’identification des gènes de résistance et des déterminants de virulence, le typage clonale et la détection des réplicons