STAGE Ingénieur.e Recherche Bio-informatique et Modélisation

Groupe Talents Handicap; Bois-Colombes; Sur place; EUR 11 000 - 17 000; Temps partiel

Avantages offerts par ce poste

Environnement collaboratif et innovant

Collaboration internationale

Diversité des technologies, produits &

Diversité et inclusion

Résumé du poste

Dassault Systèmes recherche un stagiaire master 2 / Bac+5 en ingénierie ou université pour étudier les interactions entre médicaments, microbiote et métabolisme, et pour automatiser les flux d’analyses dans l’écosystème pipelines de l’équipe Virtual Twin.

Le stage, de 5 à 6 mois, offre une immersion dans un environnement scientifique international et des avancées en biologie computationnelle et data science, avec une supervision de qualité et des possibilités de collaboration interdisciplinaire.

Qualifications

• Bonne base en mathématiques et statistiques, formation bio-informatique ou mathématiques appliquées.
• Excellente maîtrise du langage Python.
• Bonnes connaissances en biologie des systèmes et données biologiques.
• Connaissances en biologie moléculaire et génomique appréciées; expérience en pipelines d'analyses bioinformatiques souhaitée.

Responsabilités

• Établir un état de l'art sur les interactions médicament-microbiote et les méthodologies associées.
• Appliquer des méthodologies sur un ensemble de données réelles.
• Automatiser les workflows d'analyses et les intégrer dans les pipelines de l'équipe.
• Présenter les résultats et les synthèses au groupe Virtual Twin.

Connaissances

Math & stats

Bioinformatics

Python

Systems biology

Molecular biology & genomics

Bioinformatics pipelines

Interdisciplinary interest

English

Formation

Master 2 / Bac+5 en école d'ingénieur ou Université

Outils

Python

Description du poste

Sujet : Détermination des effets des médicaments, des processus métaboliques et des bactéries à l'aide d'un réseau d'interactions : étude des interactions entre la prise de médicaments, la production métabolique et les protéines chez les patients atteints de maladies métaboliques.

Dassault Systèmes, l'entreprise de la 3DEXPERIENCE, est un « accélérateur de progrès humain ». Elle propose aux entreprises et aux particuliers des environnements virtuels collaboratifs qui leur permettent d'imaginer des innovations plus durables. En développant un jumeau virtuel du monde réel, grâce à la plateforme 3DEXPERIENCE et à ses applications, Dassault Systèmes donne à ses clients les moyens de repousser les limites de l'innovation, de l'apprentissage et de la production.

Les 20000 collaborateurs de Dassault Systèmes travaillent à créer de la valeur pour nos 270000 clients de toutes tailles, dans toutes les industries, dans plus de 140 pays. Pour plus d'informations, visitez notre site www.3ds.com/fr

Vos missions

En tant que stagiaire, vos objectifs seront :

• D'établir un état de l'art sur la connaissance des interactions bi-directionnelles entre les médicaments et le microbiote intestinal ainsi que sur les méthodologies pertinentes issues de la littérature scientifique


• D'appliquer des méthodologies sélectionnées sur un ensemble de données réelles et approprié au contexte d'intérêt de l'équipe.


• D'automatiser vos workflows d'analyses afin de les intégrer à l'écosystème de pipelines utilisé dans l'équipe


• De synthétiser vos travaux et les présenter aux autres membres du groupe Virtual Twin.

Vos qualifications

Actuellement en Master 2 / Bac+5 en Ecole d'ingénieur ou Université, vous recherchez un stage entre 5 et 6 mois.

Compétences techniques souhaitées :

• Excellente base scientifique en mathématique et statistiques, idéalement issue d'une formation bio-informatique et/ou mathématique appliquée avec un fort intérêt pour la biologie computationnelle.


• Excellent niveau en programmation python.


• Bonnes connaissances en biologie des systèmes et expérience avec des données biologiques. Des connaissances en biologie moléculaire et génomique serait un plus. Une première expérience en développement de pipelines d'analyses bioinformatique serait un plus.


• Intérêt pour les sujets d'application pluridisciplinaires, à l'interface entre biologie et science des données et pour la compréhension des organismes vivants.


• Vous avez un niveau d'anglais suffisant pour pouvoir comprendre et analyser la documentation technique écrite en anglais.

De nature curieux et autonome, vous êtes force de proposition et faîtes preuve de rigueur et d'organisation dans l'application des technologies sélectionnées. Vous avez également un bon esprit de collaboration avec l'ensemble de l'équipe.

Nous rejoindre c'est aussi

Intégrer une entreprise scientifique au cœur de l'innovation technologique, portée par une forte croissance depuis plus de 40 ans.

Principaux avantages et bénéfices :

• Environnement collaboratif et innovant


• Collaboration internationale


• Diversité des technologies, produits et solutions


• Engagement en faveur de la diversité et de l'inclusion

[1] Tuteja S, Ferguson JF. Gut Microbiome and Response to Cardiovascular Drugs. Circ Genom Precis Med. 2019 Sep;12(9):421-429. doi: 10.1161/CIRCGEN.119.002314. Epub 2019 Aug 28. PMID: 31462078; PMCID: PMC6751004.
[2] Algavi YM, Borenstein E. A data-driven approach for predicting the impact of drugs on the human microbiome. Nat Commun. 2023 Jun 17;14(1):3614. doi: 10.1038/s41467-023-39264-0. PMID: 37330560; PMCID: PMC10276880.
[3] Diener C, Gibbons SM, Resendis-Antonio O. MICOM: Metagenome-Scale Modeling To Infer Metabolic Interactions in the Gut Microbiota. mSystems. 2020 Jan 21 ;5(1) : e00606-19. doi: 10.1128/mSystems.00606-19. PMID : 31964767 ; PMCID : PMC6977071.