Stage BAC+5 bioinformatique: Machine Learning microbiologie - F/H/D

bioMérieux SA; Marcy-l'Étoile; On-site; EUR 11,000 - 17,000; Full time

Benefits offered by this job

Restaurant d’entreprise

Remboursement des transports

Conciergerie sur les sites

Job summary

bioMérieux recrute pour un stage de six mois au sein du Département de Recherche en Microbiologie, sur le site de Marcy-l’Étoile. Vous participerez au développement d’outils d’analyse de données issues de VITEK-MS et à l’amélioration des méthodes de caractérisation de microorganismes.

Le parcours combine microbiologie, informatique et bioinformatique, avec formation et encadrement par un tuteur expérimenté.

Qualifications

• Stage de six mois en informatique, data science et bioinformatique.
• Formation pratique aux outils et ressources de calcul et à la collaboration en laboratoire.
• Profil Master 2 ou ingénieur, dominante informatique ou bioinformatique.

Responsibilities

• Participer au développement d’outils d’analyse de données de spectrométrie de masse.
• Évoluer les outils d’analyse et permettre des analyses à grande échelle.
• Travailler en collaboration avec le Laboratoire de Spectrométrie de Masse.
• Déployer l’outil validé sur la plateforme interne.

Skills

R et Python

Linux CLI

Snakemake / Nextflow

Shiny / Streamlit

Bioinformatique - notions

Education

Troisième année ingénieur ou Master 2

Tools

Snakemake

Nextflow

Git

GitLab

Linux CLI

Shiny

Streamlit

Job description

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d’un suivi et d’une évaluation l’aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Quelles seront vos missions?

Depuis la découverte des microbes par Pasteur, les microorganismes sont étudiés par microscopie et analyses biochimiques. Ces méthodes traditionnelles sont longues et fastidieuses, aussi bioMérieux a développé une plateforme d’identification révolutionnaire, baptisée VITEK®MS Prime. Celle-ci permet d’identifier des microorganismes en moins de 10 minutes, contre 6 à 8 heures précédemment. La technologie repose sur une intelligence artificielle capable d’interpréter un profil protéique obtenu à l’aide d’un spectromètre de masse de type MALDI-TOF.

Pour continuer à apporter des solutions innovantes, bioMérieux a engagé un programme de recherche pluridisciplinaire (microbiologie, génomique, protéomique, mathématiques, bioinformatique et informatique) en partenariat avec un laboratoire académique (thèse de doctorat en cours).

Le stage s’insérera dans ce contexte et se déroulera à bioMérieux sur le site de Marcy‑l’Étoile au sein du Département de Recherche en Microbiologie dans le Laboratoire de Spectrométrie de Masse.

L'objectif du stage sera de participer au développement de nouvelles méthodes de caractérisation de microorganismes à partir de données VITEK®MS. Plus particulièrement, il vise à faire évoluer les outils d’analyse de données de spectrométrie de masse pour améliorer leurs performances, permettre des analyses à grande échelle et mieux prendre en compte les dernières évolutions instrumentales.

Le déroulement du stage peut être décomposé en quatre volets:

• Immersion dans la problématique du laboratoire et compréhension de la question biologique (aucune connaissance en biologie n’est requise, le·la stagiaire sera formé·e au laboratoire).
• Formation à l'utilisation des ressources de calcul et au développement d'outils internes.
• Proposition d’une solution technique en discussion étroite avec l’équipe du laboratoire.
• Implémentation de la solution retenue et déploiement de l’outil validé au sein de la plateforme interne de bioMérieux.

Quel est votre profil?

Troisième année d’école d’ingénieur ou niveau Master 2 (stage de six mois) ; dominante en informatique, science des données, ou bioinformatique.

Compétences:

• Langages de script: R et/ou Python
• Informatique:
  • Utilisation de Linux en ligne de commande
  • Gestion de version via Git et GitLab
  • Outils de gestion de pipelines bioinformatiques (Snakemake / Nextflow)
  • Dashboards: connaissance de Shiny ou Streamlit
• Bioinformatique:
  • Maîtrise des outils de recherche de séquences homologues
  • Notions de spectrométrie de masse et de protéomique
  • Notions de taxonomie et de phylogénie

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

Les + :

• Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.
• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

bioMérieux s'engage à éviter toute discrimination et à traiter tous les candidats de manière équitable sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de caractéristiques physiques, d'origine sociale, de handicap, d'appartenance syndicale, de religion, de situation familiale, de grossesse, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, d'expression de genre ou de tout autre critère illégal selon la loi applicable.

*F/H/D : Femme/Homme/Diversité : bioMérieux s'engage à promouvoir l'égalité des chances en matière d’emploi.