Stage: Architecte de Graphe de Connaissances pour les Plantes

SFBI; Montpellier; Sur place; EUR 8 900 - 12 000; Plein temps

Résumé du poste

SFBI recherche un stagiaire en bioinformatique pour concevoir un graphe de connaissances dédié au métabolisme carbone/azote chez les plantes. Le candidat intégrera des jeux de données transcriptomiques et fonctionnelles et participera à l’élaboration d’une plateforme d’exploration des réseaux de régulation.

Le stage inclut le développement de pipelines d’intégration, l’accès fédéré et des visualisations de graphes, en collaboration avec les partenaires AgroLD, DIADE et LIRMM.

Qualifications

• Formation en bioinformatique ou biologie avec appétence pour les données multi-omiques.
• Connaissances des pipelines et analyses de données biologiques.
• Maîtrise des outils RDF/graphes et des langages SPARQL/Cypher.

Responsabilités

• Concevoir et mettre en œuvre un graphe de connaissances centré sur le métabolisme carbone/azote et la régulation génique.
• Intégrer des données publiques (TAIR, Ensembl Plants, STRING, PlantTFDB) et construire des annotations et relations.
• Développer une plateforme FAIR et explicable pour l’exploration de sous-réseaux de régulation.
• Écrire des requêtes, développer une interface d’exploration et assurer la visualisation des résultats.

Connaissances

Bioinformatique

Analyse de données

Python

Docker

RDF/Graphes

Bases de données graphiques

SPARQL

Cypher

Machine learning

Formation

Biologie/Bioinformatique

Outils

GraphDB

Virtuoso

Neo4j

Description du poste

SFBI recherche un stagiaire en bioinformatique pour concevoir un graphe de connaissances dédié au métabolisme carbone/azote chez les plantes. Le candidat intégrera des jeux de données transcriptomiques et fonctionnelles et participera à l’élaboration d’une plateforme d’exploration des réseaux de régulation.

Le stage inclut le développement de pipelines d’intégration, l’accès fédéré et des visualisations de graphes, en collaboration avec les partenaires AgroLD, DIADE et LIRMM.