Représentation gros grain des phénomènes d’association moléculaire. Application à des phases ho[...]

Université Clermont Auvergne - Institut de Chimie de Clermont-Ferrand; France; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche en chimie à Clermont-Ferrand recherche un(e) candidat(e) pour une thèse sur les interactions entre grains dans des systèmes moléculaires. Le poste nécessite des compétences en simulation moléculaire et une connaissance approfondie des interactions moléculaires. Les candidats doivent également posséder des compétences en programmation et une aisance en mathématiques. Cette thèse contribuera à la modélisation des interactions dans des systèmes biologiques et polymériques.

Qualifications

• Candidat(e) avec une connaissance des interactions moléculaires.
• Expérience en simulation moléculaire requise.
• Compétences en programmation nécessaires.

Responsabilités

• Proposer et tester des modèles sur les interactions entre grains.
• Comparer les performances des modèles développés avec la littérature.

Connaissances

Connaissance des interactions moléculaires

Expérience en simulation moléculaire

Compétences en programmation

Aisance avec les maths (calculs)

Description du poste

Université Clermont Auvergne - Institut de Chimie de Clermont-Ferrand

Étant très exigeantes en ressources de calcul, les simulations moléculaires sont limitées à des systèmes de petite taille (quelques centaines d’Angström) et sur des durées courtes (quelques centaines de nanosecondes). Pour contourner ces limitations, il est possible d’utiliser des modèles à gros grains, où un grain représente plusieurs atomes voire plusieurs molécules. Cela implique cependant de disposer d’un modèle réaliste et efficace d’interaction entre grains. Une méthode de paramétrisation des modèles gros grains a été développée au laboratoire [1] et permet de considérer les interactions et les spécificités chimiques de l’échelle moléculaire.

L’objectif de cette thèse sera plus spécifiquement de proposer, de tester et d’utiliser des moyens de décrire les interactions entre grains dans les systèmes associatifs avec des interactions spécifiques de type liaison hydrogène par exemple, mais également pour diverses applications telle que l’adsorption ou l’absorption. En particulier, on pourra chercher à modéliser l’association par des liaisons dynamiques [2], envisager de redéfinir les molécules associées comme un grain unique [3] ou ajuster les potentiels d’interactions pour reproduire des énergies d’adsorption (potentiels de force moyenne) [4]. Ce type d’étude est fondamental pour l’utilisation de modèles gros grains et les simulations mésoscopiques dans des systèmes biologiques impliquant des protéines, des tensio-actifs et dans des systèmes polymériques impliquant des temps longs pour la relaxation des chaînes de polymères. On pourra comparer la performance des modèles développés dans cette thèse à des modèles gros grains de la littérature (MARTINI [5], SPICA [6],…).

Candidat(e) avec une connaissance des interactions moléculaires et une expérience en simulation moléculaire.

Des compétences en programmation sont nécessaires et un minimum d'aisance avec les maths (calculs).

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