Post-doctorat GENPRINT - Laboratoire iEES

Campus des Métiers et des Qualifications; Créteil; Sur place; EUR 34 000; Plein temps

Résumé du poste

Le Campus des Métiers et des Qualifications propose un post-doctorat en génomique des populations. Le projet 'GENPRINT' examine les interactions entre papillons et parasitoïdes pour caractériser leur capacité à disperser, avec des enjeux écologiques importants. Le candidat sera impliqué dans l'analyse bioinformatique des données génomiques pour comprendre la dynamique des populations et leurs adaptations aux changements environnementaux.

Qualifications

• Doctorat en génomique des populations et/ou bio-informatique requis.
• Expérience avec analyse de données de séquençage moderne souhaitée.
• Connaissance des outils d'analyse et statistiques est nécessaire.

Responsabilités

• Identifier des marqueurs moléculaires SNP à partir de données génomiques.
• Caractériser la structure génétique des populations.
• Relier la structure génétique à la matrice paysagère.

Connaissances

Analyse bioinformatique

Génétique du paysage

Formation

Doctorat en génomique des populations

Outils

Stacks

R

Description du poste

Résumé du projet : Comprendre le mouvement des individus à l’échelle du paysage et quantifier avec précision leur capacité à disperser est essentiel pour prédire leurs réponses aux changements environnementaux. Les espèces capables de disperser ont, de ce fait, la possibilité de fuir des habitats où les conditions deviendraient défavorables pour en coloniser d’autres plus cléments. Cette faculté à disperser peut toutefois être contrainte. C’est notamment le cas chez des espèces impliquées dans des interactions trophiques fortes. Par exemple chez les parasitoïdes, leur distribution dépend aussi directement de celle de leurs hôtes. Étudier comment les interactions entre espèces affectent leurs capacités de dispersion est un moyen pour comprendre finement ce qui conditionne la stabilité des populations et apprécier leur capacité à s’adapter, par la dispersion, aux changements à court et long termes.

Le projet GENPRINT tire profit d’un échantillonnage de grande ampleur des papillons se nourrissant sur la grande ortie en Suède et leur cortège d’insectes parasitiques. Nous avons d’abord montré que les parasitoïdes structurent massivement la dynamique de population de leurs papillons hôtes.

Dans un deuxième temps nous avons cherché à caractériser génétiquement ces interactions entre espèces. Les outils moléculaires de type RADseq, permettent d’accéder à des milliers de marqueurs SNP. Nous avons donc souhaité explorer dans quelle mesure ces marqueurs, développé sur un couple papillon-parasitoïde, nous permettrait de caractériser à la fois l’empreinte génétique des interactions entre espèces et leur capacité spécifique à disperser. Dans le cadre d’une collaboration avec le National Genomic Infrastructure de Stockholm, nous avons ainsi obtenu des données de génomique à l’aide d’un séquençage haut-débit RAD – seq sur 96 échantillons du papillon Aglais urticae et de 96 échantillons du parasitoïde Phobocampe confusa. L’analyse génomique de ces données fait l’objet de ce projet de post-doctorat.

Missions et activités principales :

1. Identification des marqueurs moléculaires SNP : L’analyse bioinformatique des données génomiques (RAD – seq) obtenues en 2020 permettra d’identifier les marqueurs moléculaires SNPs et de génotyper les individus des deux espèces.

2. Caractérisation de la structure génétique des populations de chaque espèce : les génotypes obtenus permettront de caractériser la structure génétique des populations de chaque espèce et, ainsi, d’estimer leur capacité respective à disperser. Ces structures génétiques seront ensuite comparées pour estimer l’intensité des interactions entre les deux espèces.

3. Mise en relation de la structure génétique des espèces aux éléments de la matrice paysagère afin de comprendre, au-delà des capacités de dispersion propres aux espèces et aux interactions qui les lient, les éléments du paysage.

Durée du contrat : du 01/10/2025 au 30/09/2026

Salaire brut annuel : 33 600 €

Modalités de candidature : Adressez votre CV (incluant une liste des publications et le contact de deux référents scientifiques) et une lettre de motivation à Lise Dupont ([e-mail]) avant le 10 juillet 2025.

• Doctorat en génomique des populations et/ou bio-informatique.

• Expérience d’analyse de données issues des nouvelles générations de séquençage, de préférence

• expérience d’analyse de données RADSeq.

• Maîtrise des outils d’analyse existants (e.g. Stacks), des outils statistiques et du logiciel R.

• Des notions de génétique du paysage sont un plus.