PhD Position F/M PhD thesis subject on Inferring Continuous-Time Reaction Models from Time-Series Data

Inria Palaiseau; Palaiseau; On-site; EUR 21,000 - 32,000; Full time

Job summary

Inria Palaiseau cherche un docteur en informatique pour contribuer au projet INCRE, sous co-tutelle, avec supervision par les chercheurs François Fages et Sylvain Soliman. Il s’agit d’une thèse en collaboration, impliquant des déplacements annuels et une intégration au sein de l’équipe Lifeware.

Le candidat mènera des travaux sur l’apprentissage de modèles à partir de données temporelles, développera le prototype Reactmine-2 et participera à des évaluations et publications scientifiques, en lien

Qualifications

• Langues : Anglais, Français, Allemand

Responsibilities

• Etat de l'art sur l'apprentissage de modèles à partir de données temporelles
• Développement du logiciel Reactmine-2 prototype basé sur la beam search
• Conception de benchmarks synthétiques et évaluation comparative de Reactmine-2
• Inférence de modèles en présence de variables non observées et évaluation sur données biologiques réelles
• Publications et communications dans des revues et conférences scientifiques

Job description

Context

Within the framework of a partnership (you can choose between)

public with {French National Research Agency (ANR), and German agency DFG project INCREl

a package/model/prototype/application

more specifically dedicated to CRN model inference (Inria LIfeware) and benchmarking (Rostock)

Is regular travel foreseen for this post ?

Travel to Rostock Germany once a year

Assignment

Assignments :

PhD thesis co-supervised by François Fages and Sylvain Soliman

Collaboration

The recruited person will be member of Lifeware and follow-up project team, withcollaboration with Prof Adelinde Uhrmacher, UNiv. Rostock, Germany.

Responsibilities

The person recruited is responsible for some subtasks of the ANR-DFG project INCRE.

Steering/Management

none

Main activities

Main activities (5 maximum) :

• state of the art on model learning from temporal data


• development of Reactmine-2prototype software based on beam search


• design of synthetic benchmarks and comparative evaluation of Reactmine-2


• model inference in presence of unobserved variables and evaluation on real biological data


• publicationa and communications in scientific journals and conferences

Additional activities

Additional activities (3 maximum) :

• participation to vulgarisation events and/or publications

Skills

Languages :English, French, German

Other valued appreciated

curiosity