PhD Position F/M Development and validation of small-scale models of metabolite production in b[...]

INRIA; Montbonnot-Saint-Martin; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche réputé recrute un doctorant pour un projet innovant sur la modélisation et l'optimisation de la production de 1,3-propanediol à partir d'E. coli. Le candidat travaillera sur des modèles hybrides en collaboration avec des partenaires académiques, combinant des compétences en biologie et en mathématiques. Ce rôle offre des heures de travail flexibles, du télétravail et un environnement stimulant avec diverses opportunités de formation.

Prestations

Remboursement partiel des frais de transport public

7 semaines de congés annuels + 10 jours RTT + options de congé spécial

Horaires de travail flexibles et options de télétravail

Accès à un équipement professionnel

Participation à des activités sociales, culturelles et sportives

Qualifications

• Expérience en modélisation de systèmes biologiques ou en laboratoire de microbiologie.
• Dossier académique solide et motivation pour la recherche interdisciplinaire.

Responsabilités

• Développer des modèles à petite échelle pour optimiser la production de 1,3-PDO par E. coli.
• Conduire des expériences sur mini-bioréacteurs pour la calibration des modèles.
• Tester expérimentalement les conditions optimales identifiées.

Connaissances

Modélisation de systèmes biologiques

Travail en laboratoire de microbiologie

Motivation interdisciplinaire

Formation

Formation en biologie, biophysique, bioinformatique ou biologie mathématique

Description du poste

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PhD Position F/M Development and validation of small-scale models of metabolite production in bacteria, Montbonnot-Saint-Martin

Client: INRIA

Location: Montbonnot-Saint-Martin, France

Job Category: Other

EU work permit required: Yes

Job Reference:

Job Views:

3

Posted:

30.06.2025

Expiry Date:

14.08.2025

Job Description:

The PhD project will be carried out in the project-team MICROCOSME at the Centre Inria de l’Université de Grenoble Alpes and the Laboratoire Interdisciplinaire de Physique (LIPhy, CNRS/UGA) under the joint supervision of Hidde de Jong. The project MUlti-SIze Hybrid Cell Models (MuSiHC) aims at developing hybrid approaches to modeling cells and bioreactors for producing high-value compounds. It will develop a toolkit of hybrid models of different sizes, combining mechanistic descriptions with AI/ML components, to enable reliable cell and bioreactor simulations. The project will focus on Escherichia coli as a platform for bioproduction of 1,3-propanediol (1,3-PDO), a high-value chemical with many industrial applications.

The PhD involves developing small-scale, dynamic models to optimize 1,3-PDO production by E. coli. Tasks include model formulation and reduction, conducting mini-bioreactor experiments for calibration, using models to identify optimal conditions, and experimentally testing these conditions. The candidate will collaborate with partners at INRAE and Toulouse Biotechnology Institute. The project also aims to derive general principles for developing and validating small-scale biotechnological models.

References:

• Faure et al., Nature Communications, 14:4669
• Wortel et al., PLoS Computational Biology, 14:e1006010

The project combines mathematical modeling and experimental work:

• Reducing a medium-scale, kinetic model to a small-scale, whole-cell model for 1,3-PDO production, inspired by existing reduction methods.
• Performing experiments with E. coli strains on mini-bioreactors to gather data for model calibration.
• Using optimization and simulation to find conditions maximizing 1,3-PDO production.
• Validating these conditions through mini-bioreactor experiments and measuring 1,3-PDO output.

Applicants should have experience in biological systems modeling or microbiology lab work. We welcome candidates from diverse fields like microbiology, mathematical biology, ecology, or biophysics, with strong academic records and interdisciplinary motivation.

Advantages

• Partial reimbursement of public transport costs
• 7 weeks of annual leave + 10 RTT days + options for special leave
• Flexible working hours and teleworking options
• Access to professional equipment (videoconferencing, computers, etc.)
• Participation in social, cultural, and sports activities