Job offer

Université Grenoble Alpes; Marseille; Sur place; EUR 30 000 - 40 000; Plein temps

Résumé du poste

Une opportunité passionnante pour un doctorant dans un projet de recherche innovant sur le virus respiratoire syncytial. Ce rôle permettra d'acquérir des compétences en biologie structurale, en cryo-microscopie électronique et en analyse d'images, tout en participant à un réseau dynamique de chercheurs. Le doctorant sera impliqué dans la production de mini-RNPs fonctionnelles et l'élaboration de modèles mécanistiques, contribuant ainsi à une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires du VRS. Ce projet offre une chance unique de collaborer avec des équipes internationales et de faire avancer la recherche dans ce domaine crucial.

Qualifications

• Expertise en biologie structurale et techniques de virologie.
• Connaissances en informatique et en cryo-EM sont essentielles.

Responsabilités

• Acquérir une expertise en techniques de virologie structurale.
• Travailler sur la culture de cellules et la purification de mini-RNPs.

Connaissances

Biologie structurale

Informatique

Cryo-microscopie électronique

Analyse d'images

Culture de cellules de mammifères

Purification de protéines

Python

Formation

Doctorat en Biologie

Outils

Cluster de calcul haute performance

Environnement Linux

Description du poste

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est la principale cause de bronchiolite et de pneumonie chez l'enfant, avec un impact chez les personnes âgées comparable à celui de la grippe. Bien que des options prophylactiques, telles que des vaccins et des anticorps monoclonaux, soient depuis peu disponibles, il n'existe pour l'instant aucun traitement thérapeutique efficace. La transcription et la réplication intracellulaires du matériel génétique du VRS sont des étapes clés de la propagation de l'infection, ce qui en fait des cibles thérapeutiques attrayantes ; cependant, au niveau structural les mécanismes moléculaires impliqués restent mal compris. Ces fonctions sont assurées par les ribonucléoprotéines virales (RNPs), composées de l'ARN génomique du VRS enroulé en une nucléocapside hélicoïdale par une nucléoprotéine dédiée, de l'ARN polymérase virale avec son cofacteur, ainsi que d'un facteur de transcription. Si les structures tridimensionnelles des composants individuels des RNPs sont pour la plupart connues, les RNPs reconstituées à partir de ces éléments ne sont pas fonctionnelles. Nous avons récemment développé une approche permettant d'assembler des mini-RNPs actives. En s'appuyant sur cette avancée majeure, ce projet de thèse visera à produire des mini-RNPs fonctionnelles figées dans l'état d'initiation de la transcription et à en déterminer les structures 3D à haute résolution par cryo-microscopie électronique. Les informations structurales obtenues seront intégrées aux données fonctionnelles et dynamiques issues de nos équipes et de celles de nos partenaires internationaux afin d'élaborer le premier modèle mécanistique de la synthèse de l'ARN du VRS.

Début de la thèse : 01/10/2025
WEB : https://www.ibs.fr/en/research/assembly-dynamics-and-reactivity/microscopic-imaging-of-complex-assemblies-mica-group-i-gutsche/projects/project-1
Funding category: Autre financement

Rôle du doctorant :
Ce travail permettra au doctorant d'acquérir une expertise solide dans des techniques complémentaires de virologie structurale, allant de la culture de cellules de mammifères, transfection, purification de mini-RNPs et de nucléocapsides, jusqu'à leur caractérisation fonctionnelle et structurale, avec un accent particulier sur la cryo-microscopie électronique 3D et l'analyse d'images. Le doctorant sera intégré à un réseau de jeunes chercheurs de MICA et VIM travaillant sur différents aspects de la synthèse du génome du VRS et de l'assemblage des virions, et bénéficiera de nombreuses opportunités de collaborations.

Compétences/Qualifications :
Biologie structurale (un intérêt pour l'apprentissage de la cryo-EM et de l'analyse avancée d'images cryo-EM 3D est essentiel), informatique (les calculs seront effectués sur un cluster de calcul haute performance, le travail quotidien se fera dans un environnement Linux ; des connaissances en Python ou la volonté de l'apprendre seraient un atout) ; des compétences en biochimie (culture de cellules de mammifères, purification de protéines) seraient un avantage.

Student role:
This work will enable the PhD student to gain a solid expertise in complementary structural virology techniques, ranging from mammalian cell culture, transfection, and miniature RNP and NC purification, to their functional and structural characterisation, with a particular focus on 3D cryo-EM and image analysis. The student will be included in a network of young MICA and VIM researchers focused on various aspects of the RSV genome synthesis and virion assembly, and have numerous mutually beneficial collaboration opportunities.

Skills/Qualifications:
Structural biology (interest in learning cryo-EM and advanced 3D cryo-EM image analysis is essential), computing (calculations will be run on a high-performance computing cluster, day-to-day computing will be done in linux environment, knowledge of python or desire to learn it would be an asset); skills in biochemistry (mammalian cell culture, protein purification) would be an advantage.