Job offer

European Commission; France; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Une opportunité passionnante pour un doctorant dans un projet de recherche innovant sur les isoformes miP-IPA et leur rôle dans la réponse aux traitements du cancer du poumon. Ce projet vise à explorer des mécanismes d'action novateurs et à identifier de nouveaux facteurs liés à la résistance aux thérapies. En rejoignant une équipe dynamique, vous contribuerez à des recherches de pointe qui pourraient transformer notre compréhension de l'oncologie. Si vous êtes passionné par la biologie des cancers et souhaitez faire une différence, cette position est faite pour vous.

Qualifications

• Expérience en biologie moléculaire et en oncologie requise.
• Compétences en analyse de données et en techniques expérimentales.

Responsabilités

• Identifier les isoformes miP-IPA exprimées dans les tumeurs NSCLC.
• Analyser les fonctions des miP codées par les isoformes dans les lignées cellulaires.

Connaissances

Analyse des données transcriptomiques

Techniques de déplétion par siRNA

Mutation CRISPR

Immunopeptidome

Formation

Doctorat en biologie

Formation en oncologie

Outils

3'-seq

Description du poste

Organisation/Company: Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health

Research Field: Biological sciences » Biology

Researcher Profile: Recognised Researcher (R2), Leading Researcher (R4), First Stage Researcher (R1), Established Researcher (R3)

Country: France

Application Deadline: 3 May 2025 - 22:00 (UTC)

Type of Contract: Temporary

Job Status: Full-time

Is the job funded through the EU Research Framework Programme? Not funded by a EU programme

Is the Job related to staff position within a Research Infrastructure? No

Offer Description

En plus des protéines canoniques, la plupart des gènes humains génèrent des produits alternatifs, tels que les isoformes protéiques générées par épissage alternatif, qui participent aux propriétés des cellules cancéreuses et à la résistance aux thérapies. D'autres types de produits géniques non-canoniques ont émergé ces dernières années en cancérologie, en particulier : les isoformes de polyadénylation intronique (IPA), qui sont des transcrits alternatifs se terminant en amont du dernier exon des gènes et qui codent souvent des isoformes protéiques (Chakraborty et coll., 2022) ; et les microprotéines (miP), qui sont des petites protéines (environ 100 acides aminés ou moins) codées au sein d'ARN messagers canoniques ou d'ARN annotés comme non-codants, et qui peuvent être fonctionnelles ou générer des peptides antigéniques (Chen et coll., 2020 ; Hofman et coll., 2025). Récemment, notre équipe a découvert que plusieurs centaines de gènes codants humains génèrent, par IPA dans les premiers introns, des transcrits courts codant des miP (isoformes miP-IPA), révélant ainsi une nouvelle source de miP (Devaux et coll., bioRxiv 2023).

Les cancers du poumon (majoritairement de type non à petites cellules, NSCLC) sont la première cause de mortalité liée au cancer. La plupart des patients NSCLC sont traités par chimiothérapie génotoxique avec sels de platine (cisplatine ou carboplatine), qui depuis quelques années est combinée à une immunothérapie avec inhibiteur de checkpoint, ce qui a significativement augmenté le taux de réponse ; cependant, la résistance à ces traitements reste un problème clinique majeur (Mamdani 2022).

Nos données transcriptomiques (par 3'-seq) montrent que de nombreuses isoformes miP-IPA sont régulées dans la réponse aigüe et/ou la résistance acquise de lignées cellulaires NSCLC au cisplatine ; pour plusieurs de ces isoformes, leur déplétion par siRNA diminue l'inhibition de croissance cellulaire par le cisplatine ; et pour l'une d'entre elles, nous avons montré que ce phénotype est dû à la miP codée, indiquant sa fonctionnalité (Devaux et coll., bioRxiv 2023 et données non publiées). Par ailleurs, les miP peuvent générer des peptides antigéniques.

Notre hypothèse est que certaines isoformes miP-IPA jouent un rôle dans la réponse/ résistance à la chimio- et immuno-thérapie dans les NSCLC. Les principaux objectifs de ce projet de thèse sont : (i) identifier par 3'-seq les isoformes miP-IPA différentiellement exprimées entre tumeurs NSCLC de patients répondant ou non à la combinaison chimiothérapie/ immunothérapie (ou à l'immunothérapie seule ; collections disponibles) ; (ii) identifier, dans des lignées cellulaires NSCLC, les fonctions et mécanismes d'action des miP codées par ces isoformes (analyses de déplétion, mutation CRISPR, surexpression, interactome) ; et (iii) déterminer si les isoformes miP-IPA peuvent générer des peptides présentés au système immunitaire par le complexe majeur d'histocompatibilité (analyses d'immunopeptidome) et constituer des antigènes tumoraux.

Ce projet identifiera de nouveaux facteurs impliqués dans la réponse et la résistance à la chimio- et immuno-thérapie dans les NSCLC et révélera le rôle d'un nouveau type de produit génique non-canonique (les isoformes miP-IPA) dans les cellules cancéreuses, ce qui ouvrira de larges perspectives de recherche en oncologie.

Début de la thèse : 01/10/2025

Funding category: Fondations ou associations (Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), Ligue contre le cancer ...)

Additional Information

Work Location(s)

Number of offers available: 1

Company/Institute: Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health

Country: France

City: ParisCedex