Ingénieur.e en expérimentation et instrumentation biologiques - FST

Campus des Métiers et des Qualifications; Créteil; Sur place; EUR 30 000 - 45 000; Plein temps

Résumé du poste

Un établissement de formation recherche un ingénieur d'études en biologie moléculaire pour développer des approches de séquençage haut-débit et participer à l'enseignement. Le candidat sera impliqué dans des projets de recherche et l'encadrement de stagiaires, avec un rôle central dans la préparation et l'analyse des échantillons.

Qualifications

• Connaissances en biologie moléculaire et génomique.
• Motivation pour apprendre les nouvelles technologies de séquençage.
• Capacité à rédiger des documents techniques.

Responsabilités

• Développer et conduire des approches de séquençage haut-débit.
• Préparer et coordonner des projets de recherche.
• Participer à l'enseignement des TP en biologie.

Connaissances

Biologie moléculaire

Génomique

Analyse bio-informatique

Techniques de séquençage haut-débit

Règles d’hygiène et de sécurité

Formation

Diplôme en biologie ou domaine connexe

Description du poste

Vous aurez pour missions de développer et de conduire les approches de séquençage haut-débit, de métagénomique et de métabarcoding au sein du laboratoire. Vous interagissez avec les chercheurs et les enseignants-chercheurs dans le cadre de projets et participerez à l’encadrement de stagiaires.

Enseignement :

• Participation à la préparation des TP de licence Sciences de la Vie et de la Terre SVT (L1, L2 et L3) et Masters (STA2E, Sciences du Vivant) en méthodologie expérimentale, biologie moléculaire, biotechnologie végétale et génétique
• Gestion des salles, de la logistique et des consommables permettant d’assurer le bon déroulement des TP en lien avec les équipes pédagogiques concernées

Recherche :

Dans le cadre du développement et du suivi de projets impliquant des approches de séquençage haut-débit, vous jouez un rôle central dans la préparation des échantillons, la coordination avec les prestataires, et l’accompagnement des utilisateurs. Vous serez également fortement impliqué.e dans le développement et l’optimisation de protocoles de barcoding et de métabarcoding basés sur les technologies Oxford Nanopore (MinION) :

• Choisir et adapter les protocoles de préparation des banques (ADN & ARN) et de séquençage haut-débit (MiSeq Illumina, Oxford Nanopore MinION) aux besoins des différents projets
• Assurer les manipulations de biologie moléculaire avant séquençage (extraction d’ADN et d’ARN, amplification par PCR) et après réception des résultats de séquençage haut-débit (qPCR et RT-qPCR)
• Produire des données de séquençage sur le dispositif MinION
• Interagir avec les plateformes de séquençage haut-débit et assurer le suivi des analyses réalisées par les prestataires extérieurs
• Rédiger des rapports d’expérience et formaliser le suivi des échantillons (préparation au sein du laboratoire, envoi au prestataire, livraison des données)
• Participer à l’analyse bio-informatique des données de séquence générées
• Participer à la veille scientifique et technologique sur les approches de séquençage haut débit, de métabarcoding et de métagénomique, en lien avec les projets scientifiques auxquels vous êtes associé.e
• Participer aux campagnes d’échantillonnage de matériel biologique
• Participer aux groupes de travail en lien avec les démarches de développement durable dans l’OSU Efluve et dans iEES-Paris
• Assurer l’application des règles d’hygiène et sécurité, et participer à la mise en place d’une démarche qualité

Agents titulaires de la fonction publique ou contractuels (CDD de 12 mois avec possibilité de renouvellement) ; rémunération basée sur la grille indiciaire des ingénieurs d'études

Compétences requises

Connaissances souhaitées :

• Techniques de biologie moléculaire et génomique
• Connaissances théoriques et recul sur les nouvelles technologies de séquençage haut-débit
• Connaissance des pipelines d’analyse bio-informatique des données de séquençage haut-débit ou avoir une motivation pour apprendre en suivant des formations
• Règles d’hygiène et de sécurité d’un laboratoire de biologie moléculaire

Savoir-faire :

• Savoir rendre compte de son activité, savoir rassembler et mettre en forme les résultats des expériences
• Rédiger des documents techniques
• Réaliser une veille scientifique et technique
• Transmettre des savoir-faire techniques
• Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes

Savoir être :

• Sens de l’organisation, de la rigueur et de la méthode
• Aptitude au travail en équipe et à la communication