Ingénieur.e d'Etude en calcul scientifique

INRAE Centre Clermont - Auvergne-Rhône-Alpes; Auvergne-Rhône-Alpes; Sur place; EUR 26 000 - 38 000; Plein temps

Résumé du poste

INRAE Centre Clermont - Auvergne-Rhône-Alpes recrute un(e) Ingénieur(e) d'Étude en calcul scientifique. Le candidat sera responsable du traitement bio-informatique des données de séquençage et de la maintenance des serveurs, avec une forte composante de développement et d'optimisation de pipelines. Une formation niveau Master est requise, ainsi qu'une bonne connaissance de la programmation et des systèmes bioinformatiques.

Qualifications

• Connaissances souhaitées en bioinformatique, génomique et traitement des données de séquençage.
• Niveau Master recommandé dans un domaine pertinent.
• Expérience en traitement de données long reads appréciée.

Responsabilités

• Assurer le traitement bio-informatique des données.
• Mettre en œuvre des méthodes bioinformatiques pour traiter des volumes massifs.
• Développer des étapes complémentaires de pipelines en Python, bash et R.

Connaissances

Programmation

Bioinformatique NGS/TGS

Linux

Bash

Python

R

Formation

Niveau Master

Outils

Snakemake

Nextflow

Docker

Singularity

Description du poste

Ingénieur.e d'Etude en calcul scientifique

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• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Employeur : INRAE Centre Clermont - Auvergne-Rhône-Alpes
  L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes.

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• Nature de l’emploi Emploi ouvert aux titulaires et aux contractuels
• Expérience souhaitée Débutant

Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels A partir de 26 937.48€ brut/an€ brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée

• Catégorie Catégorie A+ (Encadrement supérieur - Autres emplois fonctionnels)
• Management Non renseigné
• Télétravail possible Non renseigné

Contexte de travail :

La plateforme Gentyane propose une offre de service de séquençage "long-reads" avec les technologies développées par Pacific Biosciences (Revio) et par Oxford Nanopore Technologies (Promethion 2), ainsi qu'une offre de séquençage "short reads" avec le séquenceur Aviti d'Element Biosciences actuellement en production.

Votre mission consistera à assurer le traitement bio-informatique des données issues de ces technologies et de délivrer les données traitées aux clients.

Vous serez également amené.e à travailler sur les données de génotypage produites sur la plateforme.

Vous assurerez la maintenance des serveurs (mises en réseau, mises à jour, débogage), ce qui nécessitera d'interagir avec les supports techniques des fournisseurs (PacBio, ONT et Element Biosciences) et les supports informatiques internes à INRAE et l’UCA.

Vous serez plus particulièrement en charge de:

• Mettre en œuvre des méthodes bioinformatiques, notamment des méthodes de calculs distribués et de parallélisation sur les données afin de traiter des volumes massifs de données.
• Assurer le stockage et le traitement bioinformatique des données issues des séquenceurs ADN et délivrer les données traitées aux clients.
• Mettre en œuvre des techniques informatiques pour optimiser la programmation et l'accès aux données.
• Mener une veille technologique régulière, en particulier sur les technologies long-reads, via la consultation de publications scientifiques, les séminaires scientifiques et technologiques de la communauté clermontoise, la surveillance de dépôts GitHub et de forums bio-informatiques/informatiques spécialisés, l’analyse des retours d’expérience d'utilisateurs.
• Elaborer des stratégies d’analyse bioinformatique et des développements de pipelines pour traiter les données de séquençage selon les besoins du client en intégrant des gestionnaires d’outils, de workflow, et des conteneurs d’environnements (Conda, Snakemake, Singularity).
• Développer des étapes complémentaires de pipelines en langages de programmation Python, bash et R.
• Installer des outils bio-informatiques existants et les adapter aux caractéristiques du cluster de calcul du Mésocentre UCA.
• Assurer la maintenance des serveurs (mises en réseau, mises à jour, débogage), ce qui nécessitera d'interagir avec les supports techniques des fournisseurs (PacBio, ONT et Element Biosciences) et les supports informatiques internes à INRAE et l’UCA.
• Appliquer les principes FAIR, en intégrant notamment des gestionnaires d’outils (Conda), de workflow (Snakemake, Nextflow), et des conteneurs d’environnements (Docker, Singularity) dans les pipelines et en maintenant un dépôt de scripts Gitlab.

Prise de poste souhaitée au 01/08/2025.

Profil recherché

Formation recommandée:niveau Master

Connaissances souhaitées:

• Programmation, langages de script
• Linux, bash
• Génomique
• Bioinformatique NGS/TGS

Expérience appréciée:traitement de données de séquençage long reads

Aptitudes recherchées:

• Bioinformatique des génomes
• NGS, TGS, analyse des données "omiques"
• Maîtrise de l’environnement Linux (administration, gestionnaires de paquets/outils …)
• Maîtrise de Bash, Python/Perl, R, langages de workflow (Snakemake, Nextflow)
• Calcul haute performance (SLURM)
• Notions des technologies de virtualisation et stockage objet (CEPH, S3)
• Travailler en interaction au sein d'une équipe
• Rigueur et organisation
• Communiquer, transmettre les savoir-faire techniques et méthodologiques

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
• Spécialisation Spécialités plurivalentes de l'agronomie et de l'agriculture

Éléments de candidature

Documents à transmettre

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire

Personnes à contacter

Charles PONCET

Qui sommes-nous?

INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Descriptif du service

Vous exercerez votre activité au sein de l'infrastructure scientifique collective GENTYANE, dirigée par Charles Poncet. La plateforme propose des services en génomique, en particulier du génotypage et du séquençage courts et longs fragments. Au quotidien, vous travaillez en étroite collaboration avec les personnels de GENTYANE, ses clients et la plateforme Bioinformatique du GDEC dirigée par Pauline Lasserre-Zuber. Vous devrez également interagir avec le personnel du Mésocentre de l'Université Clermont-Auvergne (UCA) qui héberge et administre notre infrastructure de stockage et de calculs. Vous serez encadré.e directement par Véronique Gautier (Ingénieure d’Etude).

Le site de Crouël est directement desservi par les lignes de bus régulières T2C n°9, n°35 et n°36.

Travail sur une plateforme, nombreux interlocuteurs et projets à traiter en parallèle.

Susceptible d'être vacant à partir du 01/05/2025

Experte / Expert en calcul scientifique

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