Ingénieur.e biologiste en traitement de données

SFBI; Nantes; Sur place; EUR 35 000 - 55 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche recherche un(e) Ingénieur.e biologiste pour effectuer des analyses bio-informatiques de données génétiques et transcriptomiques. Le candidat idéal est détenteur d'un Bac+5 et maîtrise plusieurs langages de programmation, avec une capacité démontrée à collaborer dans un environnement interdisciplinaire. Le poste implique le développement de pipelines d'analyse, la rédaction de procédures, et un soutien aux étudiants en thèse.

Qualifications

• Maitrise des langages de programmation en bio-informatique.
• Connaissance des concepts en génétique humaine et des populations.
• Autonomie et sens de l’organisation.

Responsabilités

• Analyser des données bio-informatiques en collaboration avec des équipes interdisciplinaires.
• Développer et implémenter des pipelines d’analyse bio-informatique.
• Participer aux réunions de recherche et mettre en forme des résultats pour publications.

Connaissances

Bioanalyse

Analyse de données

Programmation (Python, R)

Formation

Bac+5 / Master en Biologie ou domaine connexe

Outils

Linux

Bash

Git

Description du poste

Ingénieur.e biologiste en traitement de données

CDD·IE·48 moisBac+5 / Masterl'institut du thorax ·Nantes (France)En fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent

bioanalyse génétique transcriptomique épigénétique maladies humaines

L’agent se verra confier l’analyse bio-informatique de données génétiques, transcriptomiques et épigénétiques en collaboration avec les membres de l’équipe I (Human Genetics), de la plateforme de bio-informatique BiRD de l’institut du thorax (https://umr1087.univ-nantes.fr ) et des collaborateurs internationaux participant aux projets.

Activités principales :
• Développer, tester et implémenter des pipelines d’analyse bio-informatique
• Analyser des données et discuter des résultats avec les membres de l’équipe
• Mettre en forme des résultats en vue de publications
• Organiser le stockage des données
• Assurer un support pour les étudiants en thèse du groupe
• Conseiller et former aux techniques et outils développés (stagiaires…)
• Participer aux réunions de recherche et développement de nouvelles approches
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité
• Possibilité de participer aux groupes de travail de la plateforme BiRD

Spécificité(s) et environnement du poste :
• Poste informatique : station immobile, utilisation intensive d’écran
• Participation hebdomadaire aux réunions de groupe, équipe et du laboratoire
• Lien étroit avec les cliniciens, généticiens et les biostatisticiens de l’institut du thorax et dans le cadre de projets de recherche translationnelle

Connaissances :
• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)
• Maitrise des différents langages de programmation
• Utilisation d’un cluster informatique
• Connaissances des concepts en génétique humaine et génétique des populations
• Veille bibliographique (PubMed)
• Maitrise du travail sous linux en ligne de commande (‘bash’)
• Être familier avec les formats de fichiers associés au séquençage à haut-débit
(FASTQ, BAM, VCF…)
• Cadre légal et déontologique
• Langue anglaise B1 à B2

Savoir-faire :
• Maitrise de langages de programmation compilés (java/c/c++/…), scripté (python/perl…) ainsi que le langage ‘R’
• Maitrise des gestionnaires de pipelines (make/snakemake/nextflow…)
• Rédaction et mise à jour de procédures

Aptitudes :
• Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs en anglais
• Ouverture à la collaboration interdisciplinaire et au travail en équipe
• Capacité de raisonnement analytique
• Être en mesure d’assurer la reproductibilité de ses résultats
• Organisation du travail afin d’aboutir à des scripts robustes et documentés, sauvegardés et partagés sur serveur git
• Autonomie, sens de l’organisation et pédagogie

Expérience(s) souhaité(s) :
• Connaissance en analyse bio-informatique et bio-statistique de données NGS
• Expérience en langages de programmation
• Connaissances en biologie

Procédure : Envoyer CV et lettre de motivation à [e-mail] et [e-mail]

Camille Maiano
[e-mail]

Offre publiée le 21 juillet 2025, affichage jusqu'au 19 septembre 2025