Ingénieur d'étude H/F en biologie moléculaire (épitranscriptomique virale)

CNRS; Paris; Hybride; EUR 29 000 - 39 000; Plein temps

Résumé du poste

Le CNRS, laboratoire CITCOM, recherche un ingénieur biologiste pour caractériser les ARN viraux et les épitranscriptomiques. Le poste est basé au centre de Paris, en collaboration avec des biologistes et des physiciens, et offre un environnement pluridisciplinaire et des équipements de pointe.

Vous effectuerez des expériences sur les ARN, SHAPE, modélisation et métabolisation, avec accès à des plateformes NGS et Cryo-EM, dans un cadre dynamique et international.

Qualifications

• Manipulation d'ARN et acides nucléiques selon les bonnes pratiques.
• Purification des fractions d'ARN (polyA, ribosomales, petits ARN).
• Utilisation d'ultracentrifugation et gradients de densité.

Responsabilités

• Sonder et modéliser la structure des ARN de paramyxoviridae.
• Déterminer la carte des modifications épitranscriptomiques sur les ARN viraux.
• Définir l'impact des modifications épitranscriptomiques sur la dynamique des ARN viraux.
• Réaliser le sondage chimique SHAPE des ARN viraux transcrits in vitro ou isolés.
• Modéliser la structure des ARN et réaliser la méthylation in vitro.
• Cartographier les sites de méthylation des ARN viraux et suivre les modifications.

Connaissances

ARN manipulation

Purification ARN

Gradient de densité

PCR

NGS/Nanopore prep

Microbiologie de base

Description du poste

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'offre en un coup d'oeil

L'unité

Cibles Thérapeutiques et Conception de Médicaments

Type de Contrat

Temps de Travail

Lieu de Travail

Durée du contrat

24 mois

Date d'Embauche

Rémuneration

2571 à 3500 € bruts mensuels selon experience

Description du Poste

Les Missions

Les missions attribuées à notre équipe consisteront à

• 1) Sonder et modéliser la structure des ARN de paramyxoviridae (Rougeole, nipah virus)
• 2) Déterminer la carte des modifications épitranscriptomiques sur les ARN de ces virus
• 3) Définir l'impact des modifications épitranscriptomiques sur la dynamique structurale des ARN viraux

L'Activité

• Sondage chimique SHAPE des ARN viraux transcrits in vitro ou isolés de virus (En collaboration avec l'équipe de virologie)
• Modélisation de la structure des ARN
• Méthylation des ARN in vitro
• Cartographie des sites de méthylation sur les ARN viraux issus de particules virales ou de cellules infectées (En collaboration avec l'équipe de virologie) par une technique de marquage métabolique, ou de séquençage direct des ARN (technologie nanopore).
• Identifier les changements structuraux apportés par les modifications épitranscriptomiques

Votre Profil

Compétences

• manipulation d'acides nucléiques et notamment d'ARN - bonnes pratiques de manipulation
• Purification des fractions d'ARN (polyadenylées, ribosomales, petits ARN)
• Ultracentrifugation, manipulation de gradient de densité
• PCR, transcription in vitro, réalisation de banque pour le séquençage NGS, réalisation de banque pour le séquençage Nanopore
• Techniques basiques de microbiologie, transformation et extraction de plasmide,
• Les technologies spécifiques seront acquises au laboratoire.

Votre Environnement de Travail

Le laboratoire CITCOM est hébergé par la faculté de pharmacie de l'université Paris Cité. Il est situé en plein centre de paris à proximité des jardins du luxembourg. Il se trouve donc également à proximité de nombreux centre de recherches parisiens, dont l'école Normale supérieure, l'Institut de bio-physico-chimie, l'hopital Cochin etc ... Le CITCOM est une unité constituée de chimiste, de biologistes structuraux et de biochimistes qui regroupe des scientifiques de compétences variées avec une forte composante sur la biochimie des protéines, des ARN, leur enzymologie et leurs structures. Nous disposons d'un équipement de biologie moléculaire et biochimie sophistiqué, l'unité vient notamment d'acquérir un microscope Cryo-EM à haute résolution. Nous avons accès privilégié à des plateformes de services pour le séquençage NGS et la spectroscopie de masse. L'équipe dirigée par B. Sargueil comprend une dizaine de membres, biologistes et biochimistes, auquel s'ajoute un sous-groupe de physiciens dont l'activité est consacrée à la modélisation et simulation in silico de la dynamique structurale des ARN. Le candidat trouvera dans l'équipe toutes les compétences nécessaires pour le conseiller et l'aider sur le projet. Par ailleurs il bénéficiera d'un réseau de collaborateurs pluridisciplinaire ou puiser de l'aide mais aussi une ouverture unique sur l'ensemble du projet.

Rémunération et avantages

Rémunération

2571 à 3500 € bruts mensuels selon experience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Référence de l’offre

Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type Ingenieur biologiste en traitement de donnees (H/F)

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.