Ingénieur bioinformaticien – Analyse computationnelle des protéines intrinsèquement désordonnée[...]

CNRS; Les Ulis; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Le CNRS recherche un ingénieur bioinformaticien spécialisé dans l'analyse computationnelle des protéines intrinsèquement désordonnées. Le candidat sera responsable du développement d'un pipeline en Julia et Python, pour contribuer à des projets de recherche à forte valeur ajoutée. Une solide expérience en programmation et une spécialisation en bioinformatique sont requises. Ce poste promet une immersion dans un environnement interdisciplinaire alliant biologie et informatique au sein d'une grande institution de recherche.

Qualifications

• Solide pratique de Julia et bonne maîtrise de Python requises.
• Bac+3 ou équivalent en sciences naturelles souhaité.
• Autonomie et sens de l'organisation recherchés.

Responsabilités

• Développer un pipeline modulaire pour analyser les IDPs.
• Maintenir un code en Julia/Python avec tests unitaires.
• Rédiger documentation et rapports techniques.

Connaissances

Pratique de Julia

Maîtrise de Python

Développement logiciel scientifique

Connaissances en bioinformatique structurale

Anglais scientifique B1-B2

Formation

Niveau 6 Licence/diplômes équivalents

Outils

Git

Tests

CI

Conteneurs

Description du poste

Ingénieur bioinformaticien – Analyse computationnelle des protéines intrinsèquement désordonnées (H/F)

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• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
• Localisation : 91198 GIF SUR YVETTE (France)

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• Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
• Nature du contrat Non renseigné
• Expérience souhaitée Non renseigné

Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels entre 2540€ et 3281€ bruts mensuels selon expérience€ brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée

• Catégorie Catégorie A (cadre)
• Management Non renseigné
• Télétravail possible Non renseigné

Missions :
L'ingénieur développera, en Julia et Python, un pipeline modulaire pour analyser et scorer les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs), en intégrant des méthodes évolutives et de deep-learning afin d’identifier les conformations et interactions biologiquement pertinentes ; il/elle assurera également la gestion complète des données générées(collecte, structuration FAIR, documentation) et publiera le code en open-source.
Activités :
- Développer et maintenir un code Julia/Python avec tests unitaires et intégration continue ;
- Implémenter des modèles de deep-learning sur graphes pour le scoring des IDPs ;
- Constituer et documenter des jeux de données conformes aux principes FAIR ;
- Exploiter les clusters CPU/GPU de l’institut et les infrastructures nationales HPC ;
- Rédiger documentation, rapports techniques et publications.
Contexte de travail :
Le poste est intégré à l’équipe AMIG – Assemblages Moléculaires et Intégrité du Génome – de l’I2BC (Institute for Integrative Biology of the Cell), qui comprend une composante wet-lab et une composante dry-lab ; l'ingénieur exercera dans cette dernière. L’environnement dispose de clusters CPU/GPU locaux ainsi que d’un accès aux supercalculateurs nationaux. La personne recrutée évoluera dans un écosystème interdisciplinaire à l’interface de la biologie structurale, de l’informatique et de l’IA, en interaction étroite avec les partenaires du réseau COST ML4NGP. Ses travaux contribueront directement aux objectifs scientifiques du projet ANR SPPICES (Scoring and Predicting Protein Interactions and Conformations based on Evolutionary Signals), visant à éclairer la dynamique conformationnelle et les interactions protéiques impliquant des régions désordonnées.
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay. Le poste est basé sur le site de Gif-sur-Yvette.

Profil recherché

Competences :
- Solide pratique de Julia (ou forte motivation à l’acquérir) et bonne maîtrise de Python ;
- Développement logiciel scientifique : Git, tests, CI, conteneurs ;
- Connaissances en bioinformatique structurale et modélisation ;
- Autonomie, sens de l’organisation, travail en équipe ;
- Anglais scientifique niveau B1-B2 (CECRL)
Contraintes et risques :

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents
• Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie)

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16000 chercheurs et plus de 16000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.

Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

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