INGENIEUR BIO INFORMATICIEN H/F

Centre Hospitalier Universitaire; Limoges; Hybride; EUR 50 000 - 70 000; Plein temps

Résumé du poste

Le Centre Hospitalier Universitaire de Limoges recrute un ingénieur bio-informaticien pour développer et intégrer des outils destinés à la biologie médicale et à la recherche.

Vous conduirez des pipelines, assurerez la qualification et la traçabilité des données, et contribuerez à l’accréditation des méthodes utilisées en laboratoire. Travail en équipe avec biologistes, cliniciens et services informatiques.

Qualifications

• Maîtrise des principes de bio-informatique appliquée à la biologie médicale et aux données de séquençage haut débit.
• Maîtrise des environnements Linux et des outils en ligne de commande.
• Compétences en programmation et scripting, notamment Python, Bash ou équivalents.
• Connaissance des formats biologiques: FASTQ, BAM/CRAM, VCF, BED, GFF/GTF.
• Capacité à concevoir, développer, tester, documenter et maintenir des outils bio-informatiques.
• Capacité à intégrer des outils existants dans un environnement de production diagnostique ou de recherche.
• Maîtrise des gestionnaires de workflows bio-informatiques (Nextflow, Snakemake).
• Connaissance des conteneurisation (Docker, Singularity).
• Maîtrise des outils de versioning (Git, GitLab, GitHub).
• Connaissance des bases de données biologiques et de la traçabilité des données.
• Connaissance des principes de reproductibilité et de validation des méthodes bio-informatiques.

Responsabilités

• Développement et intégration d’outils bio-informatiques et pipelines d’analyse.
• Analyse des données biologiques et production de rapports interprétables.
• Gestion, structuration et traçabilité des données de laboratoire.
• Participation à l’accréditation et à la documentation qualité.
• Formation et support des utilisateurs des outils bio-informatiques.

Connaissances

Bio-informatique

Linux

Python

Bash

Data formats

Outils pipelines

Workflows

Docker/Singularity

Git/GitLab/GitHub

Bases de données

Qualité/reproductibilité

Formation

Bac +5 Bio-informatique (École d’Ingénieur, Master…)

Outils

Nextflow

Snakemake

Docker

Singularity/Apptainer

GitLab

GitHub

Description du poste

À propos de nous

le CHU recrute un(e) INGENIEUR BIO INFORMATICIEN H/F, bio-informaticien, chargé du développement, de l’intégration, de la qualification, de la maintenance et de l’amélioration des outils et méthodes bio-informatiques pour la biologie médicale, la recherche et l’innovation du CHU.

Il travaille avec biologistes, cliniciens, techniciens, ingénieurs, qualiticiens et services informatiques afin d’assurer fiabilité, traçabilité, sécurité et qualité des analyses, et apporte son expertise dans l’analyse, l’interprétation technique, la gestion et la valorisation de données biologiques complexes, notamment issues du séquençage haut débit.

Dans les activités diagnostiques, il contribue à la qualification des outils bio-informatiques, à la documentation qualité et aux démarches d’accréditation en biologie médicale.

Mission

Les missions de l’ingénieur bio-informaticien s’articulent autour des axes suivants :

1. Développement et intégration d’outils bio-informatiques

Il participe à l’ensemble du cycle de vie des outils bio-informatiques, depuis l’analyse des besoins jusqu’à leur mise en production. A ce titre il assure notamment:

• La conception, le développement et la maintenance de logiciels bio-informatiques

• La conception et le développement d’interfaces web ou d’applications métiers

• L’intégration d’outils existants et le développement de pipelines d’analyse

• La conception, l’administration fonctionnelle et l’exploitation de bases de données

• L’utilisation des outils de gestion de versions et des forges logicielles, notamment Git et GitLab

• Le respect des bonnes pratiques de développement, de documentation, de test et de traçabilité

2. Analyse, exploration et interprétation des données

L’ingénieur bio-informaticien participe à l’analyse des données biologiques complexes, en particulier les données issues du séquençage haut débit et des technologies à haut contenu. Il contribue à la production de résultats fiables, exploitables et interprétables dans un contexte diagnostique, pronostique, théranostique ou de recherche.

Il intervient notamment dans :

• La définition et la mise en œuvre de plans d’analyse adaptés aux données et aux objectifs biologiques ou médicaux

• L’exploration, la contextualisation et la valorisation des données biologiques

• La réalisation d’analyses bio-informatiques, statistiques et de contrôles qualité

• L’interprétation technique des résultats en appui des biologistes

• La production de rapports d’analyse ou de synthèses adaptées aux utilisateurs

• La participation au processus analytique contribuant au rendu de résultats de biologie médicale

3. Gestion, structuration et traçabilité des données

L’ingénieur bio-informaticien participe à la gestion des données biologiques produites ou utilisées par le laboratoire. Il contribue à la mise en œuvre d’une organisation adaptée des données, intégrant leur collecte, leur structuration, leur mise à disposition, leur sauvegarde, leur archivage et leur traçabilité.

Il veille à garantir la qualité, l’intégrité, la sécurité et la pérennité des données dans le respect des exigences institutionnelles, réglementaires et qualité.

Ses activités comprennent notamment :

• L’organisation, la structuration et la gestion des données biologiques

• La mise en place et l’automatisation des processus d’archivage

• La gestion des bases de données d’annotation et des ressources bio-informatiques

• L’interaction avec les services informatiques pour les aspects liés au stockage, à la sauvegarde, à la sécurité et à la disponibilité des données

4. Qualification, documentation qualité et accréditation

Dans le cadre des activités diagnostiques, l’ingénieur bio-informaticien participe à la qualification des outils, pipelines et méthodes bio-informatiques utilisés en routine. Il contribue à garantir la fiabilité, la reproductibilité, la traçabilité et la conformité des analyses bio-informatiques aux exigences qualité applicables en biologie médicale. Il travaille en lien avec les biologistes, les qualiticiens et les équipes techniques pour la constitution des dossiers de validation de méthode, la rédaction de la documentation qualité et le suivi des procédures.

Ses missions comprennent notamment :

• La conception, la réalisation et la mise à jour des dossiers de validation de méthode des outils et pipelines bio-informatiques

• La rédaction et la maintenance de la documentation qualité associée aux analyses bio-informatiques

• La définition et le suivi des procédures d’utilisation, de qualification, de mise à jour et de maintenance des outils

• La traçabilité des versions logicielles, des paramètres, des bases de données et des environnements d’analyse

• La participation aux démarches d’accréditation, de renouvellement d’accréditation et d’amélioration continue

5. Support, accompagnement et formation utilisateurs

L’ingénieur bio-informaticien apporte son expertise aux équipes biologiques dans l’utilisation et la compréhension des outils et résultats bio-informatiques. Il contribue à la résolution des problèmes techniques rencontrés dans la chaîne de production et d’analyse des données, notamment dans le cadre du séquençage haut débit.

Il participe également à la montée en compétence des équipes et assure une veille technologique afin d’anticiper les évolutions des pratiques, des outils et des besoins du laboratoire.

Ses missions comprennent notamment :

• La formation des utilisateurs aux outils et méthodes bio-informatiques

• L’accompagnement des équipes dans l’utilisation des logiciels, pipelines et bases de données

• L’aide à la résolution de problèmes techniques dans la chaîne de production et d’analyse des données

• La participation à des actions de communication interne ou externe : cours, présentations, posters, séminaires, congrès

• L’encadrement éventuel d’étudiants, de stagiaires ou de personnels en formation

• la réalisation d’une veille scientifique, technologique et réglementaire dans le domaine de la bio-informatique appliquée à la santé

Profil

Formations – Qualifications (Savoir):

Bac + 5 Bio-informatique (École d’Ingénieur, Master…) ou équivalent

Connaissances particulières (Savoir-faire):

• Maîtrise des principes de bio-informatique appliquée à la biologie médicale et aux données de séquençage haut débit.

• Maîtrise des environnements Linux et des outils en ligne de commande.

• Compétences en programmation et Scripting, notamment Python, Bash ou équivalents.

• Connaissance des formats standards de données biologiques : FASTQ, BAM/CRAM, VCF, BED, GFF/GTF.

• Capacité à concevoir, développer, tester, documenter et maintenir des outils ou pipelines bio-informatiques.

• Capacité à intégrer des outils existants dans un environnement de production diagnostique ou de recherche.

• Maîtrise ou utilisation de gestionnaires de workflows bio-informatiques, tels que Nextflow, Snakemake ou équivalents.

• Connaissance et utilisation des technologies de conteneurisation, telles que Docker, Singularity/Apptainer ou équivalents.

• Maîtrise des outils de gestion de versions et de collaboration logicielle, notamment Git, GitLab ou GitHub.

• Connaissance des bases de données biologiques, des bases d’annotation et des principes de gestion des données.

• Capacité à réaliser des contrôles qualité, à interpréter les indicateurs produits et à identifier les anomalies techniques.

• Connaissance des principes de reproductibilité, de traçabilité, de qualification et de validation des méthodes bio-informatiques.

• Capacité à rédiger une documentation technique, utilisateur et qualité.

• Capacité à former, accompagner et assister les utilisateurs.

• Capacité à travailler en interface avec les biologistes, cliniciens, techniciens, qualiticiens et services informatiques.

Qualités professionnelles (Savoir être):

– Avoir le sens de l’organisation

– Être disponible, rigoureux, réactif, précis, faire preuve de méthode et être autonome dans la prise en charge du poste de travail

– Faire preuve de qualités relationnelles pour établir aisément avec ses interlocuteurs, une relation propice à la communication, Savoir travailler en équipe.

– Respecter une très grande discrétion professionnelle conformément à un engagement de confidentialité

– Se conformer au système de management de la qualité en vigueur au sein du Pôle de Biologie-pharmacie