H/F Ingénieur en analyse de données transcriptomiques

Icmn; Saclay; On-site; EUR 28,000 - 42,000; Full time

Benefits offered by this job

Transport pris en charge 75%

Forfait mobilité durable 300€

44 jours RTT annuels

Job summary

Institut des Neurosciences Paris-Saclay recherche un analyste en bio-informatique pour traiter des données transcriptomiques et réaliser des analyses avancées sur des échantillons souris.

Le candidat travaillera sur les circuits nerveux des mouvements et participera à la rédaction de publications, tout en s’intégrant dans une équipe multidisciplinaire du CNRS.

Qualifications

• Formation: Master 2 en bio-informatique, biologie des systèmes, génomique ou neurosciences avec forte analyse de données.
• Compétences: analyse de données single-cell / single-nucleus RNA-seq, statistiques, visualisation des données.
• Programmation: maîtrise de R et idéalement Seurat et Python; gestion de scripts et données.

Responsibilities

• Analyser des données transcriptomiques et assembler des jeux de données issus d’expérimentations.
• Réaliser des analyses statistiques, normalisation, clustering et annotation avec Seurat.
• Préparer et illustrer les résultats (graphiques, heatmaps, UMAP).
• Participer à la rédaction et à la diffusion des résultats.

Skills

R programming

Seurat

Python

Single-cell RNA-seq

Bioinformatics

Biostatistics

Génomique

Education

Master 2 Bio-informatique / Biologie des Systèmes / Génomique / Neurosciences

Tools

GitHub

Job description

Nouveau

Institut des Neurosciences Paris-Saclay

SACLAY

• Essonne
• IT en contrat CDD
• 6 mois
• BAC+3/4

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'offre en un coup d'oeil

• L'unité : Institut des Neurosciences Paris-Saclay
• Type de Contrat : IT en contrat CDD
• Temps de Travail : Complet
• Lieu de Travail : 91400 SACLAY
• Durée du contrat : 6 mois
• Date d'Embauche : 01/01/2027
• Rémuneration : Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.
• Date limite de candidature : lundi 26 octobre 2026 23:59

Description du Poste

Les Missions

La personne recrutée rejoindra une équipe de recherches en Neurosciences travaillant sur les circuits nerveux des mouvements chez la souris. Il.elle devra réaliser des analyses transcriptomiques sur noyaux isolés (snRNA-seq)

L'Activité

La personne recrutée pourra participer, si il.elle le souhaite, aux étapes expérimentales (tri, isoation et séquençage des noyaux). Néanmoins, le poste est ciblé sur l'analyse des données, en aval des expérimentations.

Activites a Mener En Autonomie

• Préparation des librairies
• Contrôle qualité (doublets, contamination, intégrité des ARNs,...)
• Analyse et statistiques avec Seurat: normalisation et réduction de dimension, clustering et annotation, détection des gènes différentiellement exprimés entre conditions, intégration de jeux de données multiples.
• illustration des résulats: graphiques, barplots, dotplots, heatmaps, UMAPs...

Activites En Collaboration Avec L'equipe

• Interprétations biologiques: Comparaison de compositions cellulaires entre échantillons, hétérogénéité transcriptionnelle au sein d'une population neuronale
• Validation des résultats : croisement des marqueurs identifiés avec des bases de données anatomiques, ou des expériences d'immunomarquages ou in situ.
• Documentation et reproductibilité : rédaction de protocoles standardisés, archivage des scripts/données brutes/résultats (ex: GitHub).
• Présentation des résultats aux réunions d’équipe
• Participation à la rédaction d’articles scientifiques (ex: figures, tableaux, méthodes).

Votre Profil

Compétences

Générales

• Formation initiale en Master 2 Bio-informatique, Biologie des Systèmes, Génomique, ou Neurosciences avec une forte composante en analyse de données.

Spécifiques

• Connaître le principe du séquençage d'ANRm en noyaux ou cellules isolé.es.
• Bioinformatique et biostatistiques: analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq, tests statistiques, visualisation des données.
• Programmation : Maîtrise de R et idéalement Seurat et Python.
• Plateformes de disséminiation des codes informatiques (ex Github).

Transversales

• Excellente autonomie en analyse et programmation : évolution dans une équipe de neurobiologiques sans forte expertise en programmation.
• Excellente communication, capacités didactiques et de synthèse, esprit d'équipe
• Anglais professionnel (présentations d'équipes et écriture en anglais impérativement).

Votre Environnement de Travail

Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d'un maître de conférences, d’une ingénieure d’études, d’une assistante ingénieure, de 2 postdoctorants, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master.

Contraintes et risques

Travail à l'ordinateur.

Rémunération et avantages

Rémunération

Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

Référence de l’offre UMR9197-JULBOU-033 Secteur d’activité Informatique, Statistiques et Calcul scientifique Emploi type Ingenieur statisticien (H/F)

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.