Enseignant-Chercheur en Bio-Informatique appliquée à la Génomique et à la Métagénomique

ECOLE DE BIOLOGIE INDUSTRIELLE; Cergy; Sur place; EUR 36 000 - 42 000; Plein temps

Résumé du poste

Une École de Biologie Industrielle recherche un Enseignant-Chercheur en Bio-Informatique. Le candidat participera à l'enseignement et à la recherche en analyses génomiques et métagénomiques, incluant des aspects de Machine Learning et de pédagogie en français et en anglais. Les responsabilités incluent la supervision de projets étudiants, la rédaction de publications scientifiques et la participation à des activités académiques et administratives. Le poste est basé à Cergy et implique des interactions avec les secteurs industriels.

Prestations

Tickets restaurant

Mutuelle

Prévoyance

PEE

Qualifications

• Doctorat requis dans un domaine spécialisé.
• Expérience dans l'enseignement et l'encadrement d'étudiants.
• Compétences avancées en analyses génomiques et en intelligence artificielle.

Responsabilités

• Assurer l'enseignement en génomique et métagénomique.
• Développer des projets de recherche appliquée et des collaborations.
• Encadrer des étudiants et superviser des stages et projets.

Connaissances

Analyses génomiques

Machine Learning

Bioinformatique

Statistiques

Pédagogie

Formation

Doctorat en bioinformatique, biostatistique ou domaine connexe

Outils

Python

R

Power BI

Description du poste

L’enseignant-chercheur recruté intégrera l’axe de compétences « numérique » et participera activement :

• À la formation initiale et continue des étudiante
• s, en assurant la conception, l’animation et la coordination pédagogique des cours et projets transversaux ;
• Au développement scientifique, notamment à travers la recherche appliquée en analyses génomiques et métagénomiques, l’utilisation d’outils d’intelligence artificielle et de Machine Learning, et la mise en œuvre de workflows bioinformatiques ;
• Au rayonnement de l’institution, et en développant des collaborations académiques et industrielles.

Il / elle interviendra dans les formations Bachelor, Cycle Ingénieur, Mastère Spécialisé, en français et en anglais

Le volet scientifique (expertise et recherche) sera défini en lien avec le laboratoire EBInnov , en cohérence avec les axes de recherche de l’EBI.

1. Enseignement et accompagnement des étudiants

Responsabilités pédagogiques sur les thématiques suivantes par dispensation ou supervision portant sur les thèmes suivants :

Analyses génomiques et métagénomiques :

• Recherche, extraction et interprétation de séquences génomiques à partir de bases comme NCBI et ENSEMBL.
• Alignements, recherche d’homologies, annotations fonctionnelles et construction d’arbres phylogénétiques (comparative genomics).
• Traitement de données massives issues du séquençage haut débit (NGS), incluant les analyses single-cell, spatial omics et exposome.
• Déploiement et supervision de workflows bioinformatiques sur des environnements cloud ou HPC.

Traitement et analyse de données et en intelligence artificielle :

• Enseignement des méthodes statistiques appliquées aux données biologiques et biotechnologiques
• Introduction à l’intelligence artificielle : concepts clés, algorithmes de machine learning et les bases du deep learning.
• Mise en œuvre pratique avec Python

Projets interdisciplinaires :

• Conception et supervision de projets en lien avec les besoins industriels
• Intégration de l’approche par compétences et des outils numériques
• Encadrement des projets étudiants, stages et travaux appliqués.
• Assurera en pleine responsabilité les cours définis par la responsable de l'axe en lien avec le comité des programmes
• Concevra, structurera et délivrera des enseignements en français et en anglais dans son domaine, en produisant l’ensemble des supports pédagogiques nécessaires
• Interviendra en cours magistraux, TD, TP, projets, en cycle préparatoire (Bac ), ingénieur (Bac ), Bachelor, Mastère spécialisé
• Mobilisera le réseau alumni et professionnel pour enrichir les interventions
• Concevra et réalisera les évaluations de savoirs et de compétences associés aux enseignements de son domaine
• Accompagnera les étudiant.e.s dans leurs projets académiques et d’innovation
• Assurera annuellement le tutorat d’étudiants et les guidera dans leurs projets, méthodes de travail et développement personnel
• Suivra des stages de courte durée ou de fin d’études

2. Recherche, Expertise, Formation continue et Conseil

Les activités de recherche seront conduites au sein du laboratoire EBInnov. Le

• e devra :
• Développer des activités de recherche, d’expertise et de conseil en lien avec les secteurs industriels de l’EBI.
• Encadrer des projets scientifiques, répondre à des appels d’offres et développer des collaborations industrielles.
• Concevoir et animer des modules de formation continue à destination des professionnels.
• Rédiger des projets de recherche et participer à des appels d’offres, notamment pour des financements compétitifs.
• Publier régulièrement dans des revues scientifiques de référence.
• Encadrer des, stagiaires, doctorants et post-doctorants, et assurer un mentorat scientifique.

3. Contribution à la vie institutionnelle

Le-la candidat.e participera aux instances académiques et administratives en lien avec ses missions, notamment :

• Journées portes ouvertes, jurys d’admission
• Commissions internes (programmes, qualité, vie étudiante…)
• Ces missions s’appuient sur les compétences de chaque membre de l’équipe.

Occasionnal

42 jours par an

• Doctorat en bioinformatique, biostatistique, biotechnologie ou domaine connexe.
• Expérience industrielle ou académique serai apprécié dans les secteurs pharmaceutiques, cosmétique ou biotechnologique.
• Maîtrise des bases de données génomiques et des outils bioinformatiques
• Expertise en analyses génomiques et métagénomiques, y compris comparative genomics, single-cell et exposome.
• Maîtrise des workflows bioinformatiques et des environnements collaboratifs
• Compétences avancées en Machine Learning, Deep Learning et intelligence artificielle appliquée aux biotechnologies
• Gestion et structuration de données massives issues du séquençage haut débit (NGS).
• Maîtrise des outils statistiques et de visualisation de données (R, Python, Power BI).
• Capacité à concevoir et à dispenser des formations pédagogiques innovantes, intégrant la pédagogie active.

QUALITÉS PROFESSIONNELLES ET PERSONNELLES

• Excellente capacité de transmission des connaissances et sens de la pédagogie.
• Communication scientifique et vulgarisation : capacité à synthétiser et transmettre des résultats complexes à différents publics.
• Parfaite aisance en français et en anglais (oral et écrit).
• Autonomie, rigueur et esprit d’équipe.
• Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire et à collaborer avec les équipes pédagogiques et industrielles.
• Sens de l’innovation pédagogique et de la mise en œuvre de projets concrets en lien avec les besoins industriels et scientifiques.
• Maîtrise des outils bureautiques et collaboratifs (Microsoft )

LES + RECHERCHÉS

• Expérience dans la formation et l’encadrement d’étudiants.
• Maîtrise des outils pédagogiques numériques.
• Qualification Maître de Conférences (section CNU 61, 64 ou 69).
• CDI, à pourvoir dès que possible
• Rémunération brute annuelle : 36K€ à 42K€, selon expérience
• Avantages : tickets restaurant, mutuelle, prévoyance, PEE
• Poste basé à Cergy, avec déplacements ponctuels (national et international : enseignements, stages, congrès, salons, visites partenaires)

Objectifs visés à 1 an

• Concevoir et assurer des enseignements dans son domaine
• Réaliser h de face-à-face pédagogique
• Évaluer les compétences étudiantes
• Suivre et accompagner les stages et mémoires
• Encadrer des projets étudiants innovants ou de recherche
• Contribuer à des projets scientifiques (au moins une publication tous les 2 ans)
• Proposer des évolutions pédagogiques et scientifiques

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Enseignant-Chercheur en Bio-Informatique appliquée à la Génomique et à la Métagénomique • Cergy, Ile-de-France, FR