Alternance en biologie des systèmes

INRIA; Talence; Sur place; EUR 25 000 - 35 000; Plein temps

Résumé du poste

Un projet passionnant dans le domaine de la bioinformatique vous attend, où vous aurez l'opportunité de contribuer à la compréhension des efflorescences de cyanobactéries. En tant qu'alternant, vous travaillerez sur des modèles métaboliques, analyserez les interactions entre Microcystis et ses bactéries associées, et participerez à des recherches innovantes qui ont un impact sur l'environnement et la santé publique. Ce rôle vous permettra de développer vos compétences en bioinformatique tout en collaborant avec une équipe dynamique et engagée dans des projets de recherche de pointe. Ne manquez pas cette chance de faire la différence dans un domaine crucial.

Prestations

Restauration subventionnée

Transports publics partiellement remboursés

7 semaines de congés annuels

10 jours de RTT

Équipements professionnels

Accès à la formation professionnelle

Prestations sociales, culturelles et sportives

Qualifications

• Testez un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques.
• Reconstruction des cartes métaboliques des souches de Microcystis.

Responsabilités

• Conception de modèles du métabolisme et analyse des interactions.
• Développement d'un pipeline d'analyse robuste et documenté.

Connaissances

Bioinformatique

Modélisation mathématique

Analyse métagénomique

Analyse métabolomique

Formation

Master 1 en bioinformatique

Outils

Outils de modélisation

Description du poste

Dans le cadre d’un partenariat avec INRAE, à travers le projet COMIC, l’objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.

Les efflorescences de cyanobactéries sont une préoccupation internationale en raison de leurs impacts écologiques, sanitaires et économiques : dégradation de la biodiversité, perte de production en aquaculture et pêche, impact sur le tourisme avec fermeture des sites récréatifs, risques pour la santé végétale, humaine et animale (mortalité du bétail, légumes empoisonnés, etc.), et coûts importants pour le traitement de l’eau (Ibelings et al., 2016; Svircev et al., 2017). Avec l’augmentation de l’anthropisation et de l’eutrophisation des milieux aquatiques, ces efflorescences deviennent plus fréquentes et impactent davantage les écosystèmes aquatiques. Notamment, celles du genre Microcystis sont particulièrement décrites comme très impactantes (Svircev et al., 2019).

Dans ce contexte, le projet COMIC vise à mieux comprendre la survenue des efflorescences toxiques de cyanobactéries en contexte agri-alimentaire, en analysant les interactions chimiques de type cross-feeding entre Microcystis et bactéries hétérotrophes dans la phycosphère. Le projet adopte une approche pluridisciplinaire combinant méta-omiques et modélisation mathématique. L’un des objectifs est la caractérisation des interactions au sein des consortiums cyanobactéries-bactéries hétérotrophes, in situ lors d’efflorescences en plans d’eau et en conditions contrôlées en laboratoire, avec des analyses métagénomiques et métabolomiques ciblées (recherche de cyanotoxines). Cela permet d’étudier la biodiversité, la fonction et la complémentarité métabolomique dans ces micro-assemblages, notamment la production de métabolites comme les microcystines.

Mission confiée

Les principaux objectifs de l'alternant

• Tester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques des micro-organismes à l’échelle individuelle et communautaire à partir de données de séquençage.

Les missions de l'alternant

• Reconstruction des cartes métaboliques des souches de Microcystis et de leur microbiote à partir des génomes annotés.
• Inference des interactions de cross-feeding entre Microcystis et ses bactéries associées.
• Étude de l’effet des cyanotoxines sur ces interactions via l’analyse des voies métaboliques et la validation expérimentale.

Principales activités

Principales activités :

• Conception de modèles du métabolisme.
• Utilisation d’outils pour prédire le fonctionnement des communautés microbiennes.
• Analyse de la littérature pour valider ou invalider les prédictions.
• Développement d’un pipeline d’analyse robuste et documenté.
• Rédaction d’un article scientifique.

Activités complémentaires :

• Participation à la vie scientifique de l’équipe.
• Présentation régulière des avancées aux partenaires.

Compétences

Master 1 en bioinformatique requis.

• Restauration subventionnée.
• Transports publics partiellement remboursés.
• 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT + autorisations d’absence exceptionnelles possibles.
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, matériel informatique).
• Prestations sociales, culturelles et sportives via l’Association de gestion des œuvres sociales d’Inria.
• Accès à la formation professionnelle.
• Sécurité sociale.

Rémunération

Selon la grille de contrat d’apprentissage en fonction de l’âge.