Doctorat sur les changements de forme des cellules au cours de l'embryogenèse : application à l[...]

CNRS; Provence-Alpes-Côte d'Azur; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche scientifique à Sophia Antipolis recrute un doctorant pour étudier les changements de forme des cellules lors de l'embryogenèse. Le candidat idéal a une formation en informatique ou en bio-informatique comprenant des compétences en traitement d'images et en programmation Python. Ce poste offre une rémunération de 2200,00 € brut par mois.

Qualifications

• Connaissances requises en traitement d'images, de préférence en 3D.
• Compétences informatiques : programmation (Python) et traitement d'images.
• Anglais écrit et parlé nécessaire.

Responsabilités

• Travaux d’expérimentation (numérique) sur l'embryogenèse.
• Écriture de code pour l'analyse d'images.
• Rédaction d’articles scientifiques basés sur les résultats obtenus.

Connaissances

Connaissances en traitement d'images

Compétences en programmation (Python)

Anglais écrit et parlé

Formation

Master en informatique, mathématiques appliquées ou bio-informatique

Description du poste

Doctorat sur les changements de forme des cellules au cours de l'embryogenèse : application à l'oursin

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• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)

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• Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
• Nature du contrat Non renseigné
• Expérience souhaitée Non renseigné

Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels La rémunération est d'un minimum de 2200,00 € mensuel€ brut/an Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée

• Catégorie Catégorie A (cadre)
• Management Non renseigné
• Télétravail possible Non renseigné

Sujet de thèse :
Étude des changements de forme des cellules au cours de l’embryogenèse : application à l’oursin.

Activités :
- Travaux d’expérimentation (numérique)
- Écriture de code
- Génération de résultat
- Présentation (orale) des résultats obtenus
- Rédaction d’articles scientifiques

Compétences :
- Connaissances en traitement d'images, de préférence en 3D
- Compétences informatiques : programmation (python), traitement d'images/bibliothèques graphiques
- Anglais écrit et parlé

Expérience souhaitée : Master en informatique ou en mathématiques appliquées (avec intérêt pour la biologie) ou en bio-informatique (avec intérêt pour l'informatique).
Contexte :
Ce poste est à pourvoir au sein de l'équipe Morpheme - Pôle SIS du Laboratoire i3S UMR 7271 à Sophia Antipolis. Le Laboratoire d'informatique, Signaux et Systèmes de Sophia Antipolis (i3S), créé en 1989, mène des recherches en sciences informatiques. Avec près de 300 personnes, enseignants-chercheurs d'Université Côte d'Azur, chercheurs CNRS et Inria, personnels administratifs et techniques, doctorants et stagiaires, il est l'un des plus grands laboratoires publics de la Côte d'Azur et a été l'un des premiers à être établi dans le parc technologique de Sophia Antipolis.
La biologie du développement vise à mieux comprendre la morphogenèse. Les études par imagerie représentent donc une méthode de choix. Désormais, les techniques de microscopie permettent d'acquérir des séquences temporelles d'images 3D avec une résolution spatio-temporelle suffisante pour suivre le développement d'un embryon ou d'un organe à l'échelle subcellulaire [1]. Alors que chaque image fixe permet d'individualiser chaque cellule, l'étude des séries temporelles peut permettre d'extraire la lignée cellulaire et donc de suivre une cellule au cours du développement et de reconnaître la division cellulaire.
L'acquisition de séries 3D+t permet d'obtenir d'énormes quantités de données. Il est évident que l'analyse manuelle d'un tel nombre d'images n'est pas possible et des outils d'analyse d'images sophistiqués ont été développés ces dernières années dans ce but particulier [2]. Une première étude [3] a déjà permis de segmenter les cellules et de les suivre dans le temps, chaque acquisition étant composée de plus d'une centaine d'images 3D. Cette approche a été adaptée avec succès à des séries temporelles d'images d'embryons d'oursins [4] dans le cadre d'une recherche conjointe entre l'équipe de Morpheme et l'équipe de Rauzi qui a abouti à la segmentation de plusieurs acquisitions microscopiques 3D+t d'embryons d'oursins en développement. Cela a permis une morphométrie quantifiée des cellules de l'embryon tout au long de l'acquisition. Ces résultats donnent accès à une analyse morphométrique détaillée de la forme des cellules individuelles.
Nous nous intéressons à la phase de gastrulation de l'embryon d'oursin. Durant cette phase, une cavité apparaît, ce qui implique
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Profil recherché

Contraintes et risques :
Aucun

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents

C’est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 33 000 femmes et hommes (dont plus de 16000 chercheurs et plus de 16000 ingénieurs et techniciens), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines.

Depuis plus de 80 ans, le CNRS développe des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait du CNRS un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde.

Le partenariat qui lie le CNRS avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Chercheuse / Chercheur

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