Doctorant sciences (H/F)

Cnrs; Toulouse; On-site; EUR 20,000 - 25,000; Full time

Job summary

CNRS Toulouse propose un stage doctoral de 36 mois dans le cadre du projet imHODA, mené en collaboration avec le laboratoire de l’IMFT sous la direction de Mme Pauline Assémat. Le candidat valorisera les travaux par communications orales, posters et au moins une publication dans une revue internationale à comité de lecture.

Activités: génération et caractérisation d’organoïdes BM-MSC en 3D, imagerie avancée et analyses moléculaires (RT-qPCR).

Qualifications

• Docteur ou doctorant en sciences, inscription en thèse et enrollment dans le cadre d’un stage doctoral.
• Expérience pratique des techniques de culture cellulaire 3D et d’imagerie avancée souhaitée.
• Connaissance des marquages ostéoblastiques et des approches de caractérisation moléculaire est un atout.

Responsibilities

• Réaliser un stage doctoral de 36 mois sur le projet imHODA au sein de l’équipe 2 Flames de l’institut Restore.
• Générer et caractériser des organoïdes MSC puis évaluer les marqueurs et les voies liées à l’ostéogenèse et à la sénescence.
• Conduire des analyses RT-qPCR et des analyses d’imagerie 3D, et préparer des publications et communications.

Skills

Biologie cellulaire

Imagerie 3D

Education

Doctorat en sciences ou équivalent

Tools

RT-qPCR

Western blot

Microscopie confocale

Lightsheet

Imagerie 3D

Job description

Missions:
Mener un stage de recherche de 3 ans dans le cadre du projet imHODA. Il est demandé de valoriser les travaux via des communications orales, poster et par au moins une publication dans une revue internationale avec comité de lecture. Ces travaux se feront à travers une collaboration avec le laboratoire de l’IMFT sous la direction de Mme Pauline Assémat.
Activités:
WP1. Génération d’organoïdes / caractérisation moléculaire.
T1.1 Cultures 3D d’organoïdes. Des cellules souches mésenchymateuses médullaires (BM-MSC) issues de donneurs d’âges différents (jeunes vs âgés) seront cultivées en 3D ; elles formeront spontanément des organoïdes ostéogéniques en 7 jours, selon une méthodologie décrite dans nos travaux précédents (publiés et brevetés) . Par ailleurs, des organoïdes contenant des cellules sénescentes seront obtenus par co-culture de MSC avec des MSC rendues sénescentes par induction de stress. Les organoïdes seront collectés quotidiennement pour des analyses 3D utilisant diverses techniques de microscopie, ainsi que des analyses de biologie moléculaire (RT-qPCR quantitative) , afin de caractériser l’expression de marqueurs ostéoblastiques (voir Tâche 1.2) .
T1.2 Caractérisation des organoïdes par imagerie (microscopie confocale, biphotonique, microscopie à feuille de lumière [lightsheet] et microscopie confocale 3D dédiée aux organoïdes) et par RT-qPCR quantitative. L’objectif est d’évaluer l’engagement lignée, les marqueurs de sénescence, les facteurs associés au phénotype sécrétoire lié à la sénescence (SASP) , la différenciation vasculaire et la structure tissulaire, grâce à une imagerie 3D à haut contenu (high-content imaging) .
T1.3 Évaluation fonctionnelle du cil primaire. Différents marqueurs (ARL13B, γ-tubuline) seront utilisés pour visualiser le cil primaire dans les organoïdes, qu’ils contiennent ou non des cellules sénescentes. La longueur des cils primaires sera également mesurée, car elle influence la fonction de cette structure.
Détails techniques: Organoïdes: Des BM-MSC immatures, isolées à partir de têtes fémorales ou de crêtes iliaques (issues de donneurs sains, équilibrés en termes de sexe et d’âge — jeunes/âgés) , sont amplifiées en 2D, puis cultivées en 3D (agrégation induite en conditions de très faible adhérence) selon nos protocoles standardisés. Les MSC sénescentes sont obtenues par des traitements génotoxiques ou par exposition à des cytokines inflammatoires (phénomène de sénescence induite par le stress [SIPS] ; caractérisé par un marquage γH2AX, la présence d’inhibiteurs de CDK, une diminution de la lamine B1 et une augmentation des facteurs SASP) . L’engagement dans la lignée ostéoblastique est évalué par RT-qPCR, immunobuvardage (Western blot) et microscopie 3D des marqueurs d’ostéogenèse ; les structures vasculaires sont identifiées grâce à des marqueurs endothéliaux et des marqueurs de péricytes (visualisation 3D par microscopie confocale et microscopie
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr…

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur key à l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:

Poste de doctorant de 36 mois sur un projet de recherche financé par TIRIS au sein de l’équipe 2 Flames de l’institut Restore. Cet Institut est une unité de recherche rattachée à différentes tutelles (Inserm, CNRS, EFS-Occitanie, Univ. Toulouse 3, ENVT) . Cet institut regroupe plus d’une centaine de personne réparties en 5 équipes dont l’objectif est de développer une recherche intégrée et pluri-disciplinaire (biologie cellulaire, physiologie, immunologie, ingénierie cellulaire et tissulaire, bio-informatique, mathématiques, biophysique, machine learning, IA) , support à une médecine préventive et prédictive peu invasive et ciblée capable de limiter les troubles fonctionnels liés à l’âge. C’est au sein de l’équipe 2 que sont menées des recherches (and développement) sur les organoïdes mimant des tissus comme la moelle osseuse humaine.

Contraintes et risques:

Les contraintes et les risques sont liés à la culture cellulaire humaine issue de tissue sanguins et à la manipulation de produits chimiques clairement identifiés. Il sera demandé de suivre des formations pour être autorisé à faire ces expériences et à la manipulation de ces produits.

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.