DESIMIK – Identification et localisation des métabolites secondaires impliqués dans l’interacti[...]

Laboratoire SONAS; Pays de la Loire; Sur place; EUR 20 000 - 40 000; Plein temps

Résumé du poste

Un laboratoire de recherche recherche un stagiaire pour développer une méthode de détection de métabolites par imagerie. Les responsabilités incluent l'optimisation de l'analyse par DESI-HRMS et l'étude des interactions entre bactéries et champignons. Une bonne connaissance en chimie, ainsi que de la rigueur et de l'autonomie, sont indispensables. Ce stage commence le 1er mai.

Qualifications

• Profil orienté chimie avec de bonnes bases en spectrométrie de masse.
• Des connaissances en microbiologie sont un plus.
• Rigueur, autonomie et motivation exigées.

Responsabilités

• Développer une méthode de détection de métabolites par imagerie.
• Optimiser l'analyse par DESI-HRMS.
• Effectuer des confrontations bactérie-champignon.

Connaissances

Chimie analytique

Phytochimie

Spectrométrie de masse

Microbiologie

Traitement d'image

Description du poste

Description

L’objectif principal de ce stage est de développer une méthode de détection et de localisation de métabolites impliqués dans le dialogue moléculaire entre la bactérie et le champignon, par imagerie par spectrométrie de masse (DESI-HRMS).

Dans un premier temps, des confrontations bactérie-champignon seront effectués sur milieu solide en boite de Petri, suivies de micro-extractions et analyses par UHPLC-QTOF des zones d’intérêt (microorganismes seuls ou en confrontation) afin de mettre en évidence les analytes discriminants selon les zones de prélèvement.

Cette étape, en complément de la littérature, permettra d’obtenir une liste de métabolites à rechercher prioritairement lors de l’analyse par imagerie. Puis dans un second temps, la méthode par DESI-HRMS devra être développée et optimisée en termes de préparation de surface d’échantillon (base de départ : confrontation bactérie-champignon sur surface de gélose déposée sur lame de verre testée lors d’essais préliminaires), mais surtout en termes d’analyse en modulant différents paramètres(solvants d’ionisation, vitesse de balayage, résolution, etc.), et également en termes de traitement d’images via le logiciel HDI pour aboutir à l’annotation et la localisation des métabolites impliqués dans l’interaction bactérie-champignon.

Profile

La personne recrutée aura un profil orienté chimie (chimie analytique, phytochimie) avec notamment des bonnes bases en spectrométrie de masse et avec si possible des connaissances et compétences de base en microbiologie.

Appétence pour l'utilisation de logiciels d etraitement d'image.

Rigueur, autonomie et motivation.

Starting date

• 01-05