Data scientist CDCR

Centre Hospitalier Universitaire; Limoges; On-site; EUR 42,000 - 64,000; Full time

Job summary

Le CHU de Limoges recrute un(e) data scientist pour mettre en place un EdSh et alimenter des études à partir de données médicales volumineuses. Vous industrialiserez les flux ETL, enrichirez le catalogue et garantirez la qualité et l’intégrité des données, tout en proposant des améliorations et en collaborant avec médecins, informaticiens et biostatisticiens.

Profil Bac+5 en informatique ou équivalent, maîtrise de PostgreSQL, R/Python et Linux; Anglais médical souhaité.

Qualifications

• Formation Bac+5 en informatique ou équivalent avec spécialisation en traitements informatiques des données ou biostatistiques.
• Connaissance des bases de données et SQL (PostgreSQL, Oracle).
• Maîtrise d’outils de statistiques et de scripting (R, Python, Bash, Jupyter).
• Anglais écrit médical souhaité.

Responsibilities

• Mettre en place les flux ETL entre systèmes de soins et nouvelle infrastructure EdSh.
• Industrialiser la production d’un rapport qualité hebdomadaire.
• Suivre l’évolution des critères qualité et proposer des améliorations.
• Participer à la valorisation scientifique des résultats (articles, résumés, posters).
• Conseiller les futures études sur les données et variables à utiliser.
• Maintenir le Catalogue des Transformations et la documentation qualité.
• Participer à la diffusion des bonnes pratiques au niveau régional/national.

Skills

PostgreSQL

R/Python/Bash/Jupyter

Git/SQL

Anglais médical

Education

Bac +5 en informatique, ou cursus médical avec une spécialisation en traitements informatiques des données ou biostatistique

Tools

Nifi

DBT

Linux (Debian)

Job description

À propos de nous

Établissement support du Groupement Hospitalier de Territoire du Limousin associant les 18 établissements publics de santé de l’ex-Région Limousin depuis juillet 2016, le CHU de Limoges s’inscrit par son attractivité dans un territoire qui dépasse les anciennes frontières administratives régionales en rayonnant sur un bassin de population de l’ordre du million d’habitants. Il y joue tant son rôle d’établissement de proximité qu’un rôle d’établissement de recours et de référence dans une logique de gradation des soins avec les autres centres hospitaliers parties au GHT et au-delà (CH Périgueux, CH Châteauroux, CH Angoulême, cliniques privées…).

Le CHU de Limoges est composé de 5 hôpitaux et d’un EHPAD. Les hôpitaux sont regroupés sur un même site géographique, à proximité immédiate de la faculté de médecine et de pharmacie ainsi que des écoles et instituts de formation paramédicale : la configuration du site hospitalo-universitaire contribue à la qualité du partenariat entre le CHU et l’Université, lequel se traduit par des synergies de moyens et de compétences.

Le CHU de Limoges est lauréat de l’appel à projets « Accompagnement et soutien à la constitution d’Entrepôts de Données de Santé hospitaliers » (EdSh) soutenu par France 2030. Le plan « France 2030 », doté de 54 milliards d’euros déployés sur 5 ans, vise à développer la compétitivité industrielle et les technologies d’avenir à l’horizon 2030. Cet entrepôt de données permettra aux chercheurs un accès aux données dans un cadre technique sécurisé.

Certains développements sont réalisés en collaboration avec les équipes des CHU de Bordeaux et de Poitiers dans une vision d’infrastructure régionalisée en Nouvelle-Aquitaine (projet EDS@NOVA).

Le CHU Limoges recrute un-e datascientist.

Mission

Mettre en place un EdSh consiste à créer des flux sécurisés (ETL) entre les systèmes de soins informatisés et une nouvelle infrastructure dédiée, en s’assurant de la qualité, de l’intégrité et la cohérence des données récupérées avant de réorganiser puis d’alimenter les études qui y seront menées.

Le/la datascientist assurera les missions suivantes:

• Enrichir le catalogue actuel de descriptions, de contrôles qualité et d’intégrité déjà opérés par l’équipe EDSh
• Industrialiser la production d’un rapport qualité hebdomadaire sur les informations indexées dans l’EDSh, dans ses premières versions prévues, intégrant des visualisations adaptées pour faciliter l’interprétation par les chercheurs et cliniciens
• Suivre l’évolution des principaux critères qualité et proposer des améliorations à l’équipe en charge des flux de données
• Le cas échéant, participer à la valorisation scientifique des résultats obtenus (articles, résumés, posters)
• Conseiller les futures études sur données en terme de variables à utiliser pour décrire une information donnée
• Tenir à jour un Catalogue des Transformations opérées tout au long du processus d’intégration des informations
• Participer à la gestion documentaire: procédures, guides techniques et documents qualité demandés par le réseau NOVA
• Participer à l’échelle de ce réseau comme à l’échelle nationale ou européenne, aux groupes de travail permettant la diffusion des bonnes pratiques d’extraction et de transformations de données massives

Forfait cadre

Profil

Formations obligatoires requises :

Bac +5 en informatique, ou cursus médical avec une spécialisation en traitements informatiques des données ou biostatistique (M2 Pro, ISUP, ENSAI, ENSAE, 3IL, INSA…)

Profil junior accepté

Connaissances obligatoires (Savoir):

• Connaissance des logiciels de gestion de bases de données (PostGresQL, Oracle)
• Connaissance de logiciels de statistiques & de scripting (R, Python, bash, jupyter notebook…)
• Connaissance d’outils de gestion de versions de code (Git) et de langages d’interrogation de bases de données (SQL…)
• Anglais écrit médical

Connaissances optionnelles (Savoir):

• Logiciels de transformations de données (ex: Nifi, DBT…)
• Réglementation en matière de recherche clinique et de la terminologie médicale
• Réglementation sur les données personnelles et/ou sensibles (RGPD)
• Environnement Linux (Debian)

Expériences professionnelles (Savoir-faire):

• Première expérience appréciée dans le domaine médical et/ou la manipulation de données massives

Qualités professionnelles (Savoir-être):

• Esprit d’équipe et d’initiative
• Sens relationnel pour une intégration rapide au sein d’une équipe composite, pluridisciplinaire intégrant des médecins, des informaticiens, ingénieurs et des biostatisticiens
• Rigueur, autonomie et organisation

Renseignements:

Pr MAGNE Julien, responsable de service CDCR

RASTELLO Fabien, chef de projet EDSh