Data Manager H/F - GCS Auragen

Le projet AURAGEN est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025). Le laboratoire de biologie médicale multisite (LBMMS) AURAGEN comporte une plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire localisée sur l’hôpital Edouard Herriot de Lyon (HEH), dont l’objectif est de produire, à terme, 18 000 équivalents génomes par an. Le site HEH du LBMMS AURAGEN a pour mission de recevoir les prélèvements, extraire l’ADN, préparer les librairies et réaliser des exomes, transcriptomes et génomes entiers. L’environnement est le Groupement Hospitalier Centre des Hospices Civils de Lyon (HCL) avec les services supports des HCL. Les données de séquence sont traitées sur les sites du CHU Grenoble Alpes et du Centre Léon Bérard de Lyon. Le data manager sera localisé sur le site HEH.

Le data manager du LBMMS AURAGEN a pour principales missions :

1. Collecte/centralisation des données venant des différents systèmes d’informations du laboratoire.
2. Suivi/Formulation des données en indicateur de suivi de performance (KPI).
3. Réalisation des tableaux de bord permettant de suivre l’activité et la qualité de la plateforme.
4. Vérification de la validité et fiabilité des données.
5. Analyses exploratoires des données multiparamétriques (Description, explication, prédiction des données, interprétation des résultats).
6. Tests et études statistiques.
7. Assurer le flux des données sur la plateforme de séquençage, jusqu'au cluster de calcul de Grenoble.
8. Seconder l’ingénieur informatique pour la gestion des systèmes d’information, des réseaux et la sécurité du SI.

Qualifications requises :

Titulaire d’un diplôme de niveau (Bac +5) : ingénieur ou équivalent, avec 2 ans d'expérience souhaitée. Bonne connaissance des systèmes d’exploitation Linux/Unix, Windows. Maîtrise du pack office (Bon niveau EXCEL). Maîtrise du langage R et des extensions pour le traitement et l’analyse de données (Rshiny, Rmarkdown, flexdashboard). Maîtrise d’outils de datavisualisation et reporting (R, JasperReports).

Connaissance de langages de programmation (R, java, python, bash). Connaissance en statistique et analyse des données multivariées (Clustering, Machine learning). Connaissance en systèmes de gestion de base de données (SQL). Connaissance en systèmes de gestion de laboratoire (SGL / LIMS). Connaissance dans la gestion des données de santé et en statistiques. Des connaissances en bioinformatique et en particulier concernant le séquençage à haut débit seront un plus.

Compétences personnelles :

Capacité à discuter avec différents professionnels : bioinformaticiens, biologistes, techniciens, secrétaires. Connaissance de l’anglais technique. Respect du secret professionnel. Capacité à communiquer et s’adapter au travail en équipe. Sens de l’organisation et rigueur méthodologique. Sens des responsabilités, précision, rigueur dans l’organisation et l’exécution du travail. Capacités à suivre des instructions de travail. Conscience professionnelle, disponibilité, autonomie.