Chercheur (post-doctoral) en microbiologie évolutive (H/F)

UNIVERSITE GRENOBLE ALPES; La Tronche; Sur place; EUR 29 000 - 35 000; Plein temps

Résumé du poste

Université Grenoble Alpes recrute un·e Chercheur·se post-doctoral en microbiologie évolutive (H/F) pour rejoindre le laboratoire TIMC à La Tronche.

Vous travaillerez au sein de l'équipe TrEE et collaborerez avec compBio pour étudier l'évolution du métabolisme microbien. Doctorat en bioinformatique ou microbiologie évolutive exigé, 2 à 5 ans d'expérience et compétences en Python et génomique évolutive.

Qualifications

• Doctorat en bioinformatique ou microbiologie évolutive requis.
• 2 à 5 ans d'expérience dans le domaine.
• Bonne maîtrise de la bioinformatique et analyse de séquences.
• Compétences en programmation Python et scripting Bash.
• Maîtrise de Linux et des outils Git.

Responsabilités

• Développer des outils d'annotation de voies métaboliques dans les génomes procaryotes.
• Proposer des prédictions pour compléter des voies de biosynthèse.
• Étudier l'évolution du métabolisme énergétique bactérien et archéen par phylogénomique.
• Collecter les séquences de référence à partir de la littérature et des collaborateurs.
• Créer et valider une stratégie d'annotation des voies métaboliques.
• Élaborer une stratégie pour suggérer des enzymes candidates.
• Construire des arbres phylogénétiques et mapper les résultats.
• Communiquer les avancées par présentations et publications.

Connaissances

Bioinformatique

Analyse de séquences

Génomique évolutive

Phylogénétique

Python

Bash/Shell

Linux

Git

Formation

Doctorat en bioinformatique ou microbiologie évolutive

Outils

GitHub

GitLab

Serveur de calcul

Description du poste

Chercheur (post-doctoral) en microbiologie évolutive (H/F)

Chercheur (post-doctoral) en microbiologie évolutive (H/F) 38 - La Tronche

Offre n° 213MCVS
Chercheur (post-doctoral) en microbiologie évolutive (H/F)

Présentation de la structure :Vous travaillerez au sein du laboratoire TIMC (Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité), une unité mixte de recherche (CNRS, UGA, G-INP, VetAgro Sup) regroupant près de 300 membres, dont 70 doctorants répartis en 10 équipes. Le laboratoire TIMC porte des projets novateurs en plaçant la recherche translationnelle au cœur de ses activités, grâce à une collaboration étroite avec le CHU de Grenoble. Acteur clé de l'innovation, le laboratoire répond aux besoins de la société et valorise ses travaux de recherche par la création de start-ups. TIMC offre un environnement interdisciplinaire stimulant où cliniciens et chercheurs collaborent autour de l'utilisation de l'informatique et des mathématiques appliquées dans le domaine de la biologie et de la santé. Vous évoluerez dans un milieu professionnel enrichissant, collaboratif et bienveillant, bénéficiant d'un accompagnement personnalisé tout au long de votre parcours. Engagé en faveur de l'égalité et de la diversité, le laboratoire est situé sur le campus santé du CHU de Grenoble, offrant un cadre scientifique stimulant et une qualité de vie agréable au cœur des montagnes.

Missions principales :Sous la responsabilité des responsables du groupe de biologie computationnelle (compBio@TrEE) Nelle Varoquaux et Sophie Abby, et sous la direction du responsable d'équipe Fabien Pierrel, vous intégrerez l'équipe interdisciplinaire TrEE qui regroupe des biochimistes, microbiologistes moléculaires, généticiens, biostatisticiens et bioinformaticiens autour de l'évolution microbienne. Vous travaillerez en lien direct avec les membres de l'équipe et du groupe compBio@TrEE, actuellement composé de deux chercheuses, six doctorants, une post-doctorante et un ingénieur en bioinformatique.

• Développer des outils d'annotation de voies métaboliques de la bioénergétique dans des génomes procaryotes en intégrant la génomique comparative et des outils de recherche de similarité de structure et de séquence.
• Proposer des prédictions pour compléter des voies de biosynthèse pouvant mener à des validations expérimentales au sein de l'équipe et en collaboration.
• Investiguer l'évolution du métabolisme énergétique bactérien et archéen par des approches de phylogénomique.
• Collecter les séquences de référence pour les voies métaboliques à annoter à partir de la littérature et auprès des collaborateurs.
• Créer et valider une stratégie d'annotation de ces voies métaboliques dans les génomes issus de bases de données publiques et privées.
• Élaborer une stratégie visant à suggérer des enzymes candidates pour la complétion de voies de biosynthèse d'intérêt (notamment la production de quinones isoprénoïdes).
• Construire des arbres phylogénétiques pour les clades bactériens et archéens ainsi que pour les voies métaboliques d'intérêt.
• Cartographier (mapper) les résultats d'annotation sur ces arbres afin de les interpréter et d'élaborer des scénarios évolutifs.
• Communiquer l'avancée du projet et les résultats obtenus par le biais de présentations orales ou d'affiches (réunions internes et conférences) et rédiger des articles scientifiques.

Expérience professionnelle souhaitée : 2 à 5 ans.Formation / Diplôme souhaité : Doctorat en bioinformatique ou en microbiologie évolutive

Compétences complémentaires demandées :

• Solide formation et maîtrise en bioinformatique et en analyse de séquences.
• Compétences avérées en annotation des génomes et du métabolisme.
• Maîtrise de la phylogénétique et de la génomique comparative.
• Compétences en programmation avec le langage Python et en scripting bash/shell.
• Maîtrise de l'environnement Linux, d'un serveur de calcul informatique et des outils de gestion de version (Git, GitHub, GitLab).
• Solides connaissances sur le métabolisme procaryote et compétences en génomique évolutive

Type de contrat CDD - 12 Mois
Contrat travail Durée du travail 35H/semaineTravail en journée
Salaire

• Salaire brut : Mensuel de 2900.0 Euros

Profil souhaité

Expérience

• Débutant accepté
• Bac+5 et plus ou équivalents Cette formation est indispensable

Compétences

• Annotation des génomes et du métabolisme Cette compétence est indispensable
• Aptitude au travail en équipe interdisciplinaire Cette compétence est indispensable
• Bioinformatique et en analyse de séquences Cette compétence est indispensable
• Bonnes capacités de communication orale et écrite Cette compétence est indispensable
• Esprit collaboratif Cette compétence est indispensable
• Métabolisme procaryote, génomique évolutive Cette compétence est indispensable
• Phylogénétique et génomique comparative Cette compétence est indispensable
• Programmation langage Python et script bash/shell Cette compétence est indispensable
• Rigueur scientifique, autonomie, initiative Cette compétence est indispensable
• Analyser, exploiter, structurer des données
• Déterminer et développer les méthodes de recherche, de recueil et d'analyse de données
• Etablir un rapport d'étude ou de recherche
• Réaliser et vérifier des calculs de mathématiques généraux ou appliqués

Savoir-être professionnels

• Avoir l'esprit d'équipe
• Faire preuve de rigueur et de précision
• Faire preuve d'autonomie

Informations complémentaires

• Secteur d'activité : Enseignement supérieur

Ancrée sur son territoire, pluridisciplinaire et ouverte sur l'international, l'Université Grenoble Alpes rassemble, depuis le 1er janvier 2020, les forces de l'enseignement supérieur public de Grenoble et Valence.En association avec les organismes nationaux de recherche et les grands instruments internationaux présents sur son territoire, elle construit sa politique de recherche et d'innovation à l'échelle mondiale.M. Igor JACQUET

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