Chercheur.e en bio-analyse et génomique comparative du palmier à huile

CIRAD; Montpellier; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche agronomique recherche un chercheur en bio-analyse et génomique à Montpellier. Le candidat idéal a un doctorat en génétique, des compétences avancées en bio-informatique, et une expérience en analyse comparative. Ce poste offre un salaire à partir de 37K€, un 13ème mois, et des avantages tels que le télétravail et des titres restaurant.

Prestations

13ème mois

Télétravail

Titres restaurant

Assurance sociale complète

Qualifications

• Deux années de post-doctorat ou expérience professionnelle réussie sont souhaitées.
• Connaissances en génomique fonctionnelle et biostatistique appréciées.
• Aptitude à des missions à l'étranger appréciée.

Responsabilités

• Assembler et annoter des génomes d'Elaeis.
• Comparer les structures des génomes.
• Analyser des séquences de régions QTL.

Connaissances

Bio-informatique

Analyse comparative de séquences

Programmation (Python, Bash)

Analyse des variations structurales

Expression orale et rédaction en anglais

Formation

Doctorat en génétique

Outils

Outils d'analyse des variations

Clusters de calcul (SLURM)

Description du poste

Description du poste

de la mission

Au sein du Cirad, l'UMR AGAP Institut, « Amélioration Génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales » met en synergie une grande diversité de compétences et de ressources pour développer / sélectionner en partenariat des plantes cultivées mieux adaptées à des agrosystèmes variés, notamment par ses recherches en génétique et génomique en appui à la sélection assistée par marqueurs, ceci dans le contexte de l'adaptation au changement climatique.

L'UMR AGAP Institut conduit un projet de recherche génomique du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.) intitulé OPGP-GeneExpress, financé par un consortium international “Oil Palm Genome Projects (OPGP)” rassemblant 14 partenaires publics ou privés de la filière R&D du palmier à huile. Ce projet soutient une sélection assistée par marqueurs intra- ou interspécifique du palmier à huile, contribuant à une culture plus éco-responsable de cette plante oléagineuse tropicale.

Dans ce contexte, le collectif Génome et Sélection des plantes Pérennes (GSP) de l'UMR AGAP Institut à Montpellier recrute un.e chercheur.e en bio-analyse et génomique comparative du palmier à huile, pour spécifier et comparer la structure et l'annotation de séquences de génomes entiers Elaeis, en lien avec la cartographie de liaison, les QTL / gènes d'intérêt agronomique, et les données phénotypiques du projet. Il/elle devra également caractériser la diversité de l'exome de régions à QTL et le polymorphisme de séquences de gènes de résistance et de régulateurs liés à la résistance ou à la sensibilité aux maladies.

En collaboration avec le coordinateur du projet et sous la supervision du chercheur bio-analyste de l'équipe GSP, vous serez responsable des activités suivantes :

1. Assemblage et annotation de génomes clés d'Elaeis (~ 1.8 Gb)
2. Comparaison des structures et annotation des génomes entiers Elaeis
3. Établissement d'un catalogue des variants (SNP, Del indel, etc.) des génomes Elaeis comparés
4. Analyse de séquences de régions QTL sur un panel de diversité génétique du genre Elaeis
5. Définition d'un répertoire des gènes de résistance aux maladies
6. Conception des cibles de séquençage par capture pour les régions à QTL et les gènes de résistance
7. Analyse de séquences de capture-séquençage de l'exome de régions à QTL et de séquences génomiques de gènes et régulateurs liés à la résistance ou à la sensibilité aux maladies
8. Amélioration d'un « Palm Genome Hub » et visualisation pour l'extraction des données omiques du projet
9. Transfert et valorisation des résultats auprès des partenaires du projet

Profil souhaité

Doctorat en génétique, spécialisé en pangénomique, génomique comparative, variations structurales, et annotation des génomes. Deux années de post-doctorat ou expérience professionnelle réussie sont souhaitées et seraient un plus.

Compétences et savoir-faire indispensables :

• Compétences en bio-informatique et analyse comparative de séquences entières de génomes, et étude fine des régions d'intérêt (QTLs)
• Compétences en analyse d'orthologie pour étudier la dynamique des familles de gènes dans le genre Elaeis
• Maîtrise des outils d'analyse des variations structurales (SNP / INDELS, PAV, CNV, inversions, translocations)
• Maîtrise de la programmation (python, bash) et utilisation de clusters de calcul (SLURM)
• Bonnes capacités d'expression orale et de rédaction scientifique en anglais

Compétences souhaitées :

• Connaissances en génomique fonctionnelle, biostatistique ou génétique quantitative
• Capacités en formation ou encadrement
• Aptitude à des missions à l'étranger dans des pays du Sud

Savoir-être :

• Esprit d'équipe
• Capacités relationnelles
• Intérêt pour l'interdisciplinarité
• Dynamisme, créativité, initiative

Merci d'indiquer dans votre CV des références de responsables de précédentes fonctions.

Nos atouts

Avantages sociaux : 13ème mois, télétravail, titres restaurant, assurance sociale complète.

Contraintes : travail sur écran + 4h

Poste en cadre, salaire à partir de 37K€ selon expérience, basé en France, hors indemnités d'expatriation si applicable.