Caractérisation d’un mutant de Bacillus cereus résistant aux endolysines.

INRAE; Avignon; On-site; EUR 7,500 - 9,200; Full time

Job summary

INRAE recherche un stagiaire en microbiologie pour caractériser le phénotype du mutant ΔargS et explorer les mécanismes de résistance aux endolysines. Vous étudierez propriétés de surface, mobilité et biofilm, et effectuerez un transcriptome comparatif selon les stades de croissance.

Travail en équipe au sein de l’unité SQPOV. Formation Bac+5 en microbiologie ou biologie moléculaire, avec première expérience souhaitée; rythme et rigueur nécessaires.

Qualifications

• Master/Ingénieur (Bac+5) en microbiologie ou biologie moléculaire.
• Première expérience en microbiologie expérimentale et/ou biologie moléculaire appréciée.
• Manipulations microbiologiques et culture bactérienne requises.
• Analyse de résultats expérimentaux et utilisation de techniques de biologie moléculaire.
• Connaissance des données de transcriptomique valorisée.

Responsibilities

• Caractériser le phénotype du mutant ΔargS et ses mécanismes de résistance.
• Étudier la surface bactérienne, hydrophobicité, mobilité et biofilm.
• Analyser la réponse à la pression des endolysines et la réponse stringente.
• Réaliser un transcriptome comparatif et orienter les expériences complémentaires.

Skills

Microbiologie

Biologie moléculaire

Physiologie bactérienne

Transcriptomique

Culture bactérienne

Rigueur

Esprit d'équipe

Education

Master/Ingénieur (Bac+5)

Job description

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La contamination d’un aliment par Bacillus cereus peut engendrer une altération de ses qualités organoleptiques, de sa durée de conservation ou encore représenter un risque pour sa sécurité sanitaire. Le développement de nouvelles stratégies permettant de détecter ou de contrôler B. cereus constitue donc un enjeu important pour la maîtrise de la chaîne alimentaire. Les endolysines, enzymes produites par les bactériophages et capables de dégrader le peptidoglycane bactérien, constituent des outils prometteurs pour le développement de nouvelles stratégies de détection et de contrôle de B. cereus. Dans le cadre du projet ANR BCLysin, un criblage d’une banque de mutants obtenue par transposition a permis d’identifier plusieurs mutants présentant une résistance accrue aux endolysines. Parmi les gènes identifiés, un gène codant pour une arginyl-ARNt synthétase (ArgS), enzyme impliquée dans le chargement des ARNt avec l’arginine, a été sélectionné pour une caractérisation approfondie. Un mutant propre correspondant, ΔargS, a été construit.

L’objectif de ce stage sera de caractériser le phénotype du mutant ΔargS et de déterminer les mécanismes pouvant expliquer sa résistance aux endolysines. Le stagiaire étudiera notamment les propriétés de surface et certains caractères physiologiques du mutant, tels que l’hydrophobicité, la mobilité, la formation de biofilm et la sensibilité aux antibiotiques. Une attention particulière sera portée à l’étude de la réponse stringente, afin de déterminer si l’altération de l’arginyl-ARNt synthétase entraîne une perturbation de l’homéostasie des acides aminés et une activation de cette réponse. En parallèle, un transcriptome comparatif du mutant et de la souche sauvage à différents stades de croissance est actuellement en cours. Les résultats attendus fin 2026 permettront d’identifier les voies biologiques et les gènes dont l’expression est modifiée chez le mutant et d’orienter les expériences complémentaires. Ces analyses pourront notamment conduire à étudier plus précisément certaines voies métaboliques ou des modifications de la surface bactérienne susceptibles de contribuer à la résistance aux endolysines.

Ce stage permettra ainsi d’aborder une problématique à l’interface entre microbiologie, physiologie bactérienne, biologie moléculaire et caractérisation des interactions entre bactéries et enzymes antimicrobiennes.

Equipe : SporAlim, SQPOV (Sécurité et qualité des produits d’origine végétale)

L’UMR SQPOV est classée en zone à régime restrictif (ZRR). Le recrutement est soumis à validation par le SGDSN (Secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale).

Les contractuels accueillis à INRAE, établissement public de recherche, sont soumis à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’ils soient ou non au contact du public, ils ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles sont religieuses, philosophiques ou politiques

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Vous préparez une formation de niveau bac+5 en microbiologie, biologie moléculaire, physiologie bactérienne ou dans un domaine proche.

Une première expérience en microbiologie expérimentale et/ou en biologie moléculaire serait appréciée.

Savoir-faire :

• Réaliser des manipulations de microbiologie.
• Mettre en œuvre des techniques de culture bactérienne.
• Analyser et interpréter des résultats expérimentaux.
• Utiliser des méthodes de biologie moléculaire.
• Exploiter des données issues d’expériences de transcriptomique.

Savoir-être :

• Rigueur et sens de l’organisation.
• Goût pour le travail expérimental.
• Capacité à travailler en équipe.

Curiosité scientifique et capacité d’analyse

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles sont religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr

Référence de l'offre

• Durée :6 mois
• Début du contrat : 04/01/2027
• Rémunération :La gratification minimale est égale à 15 % du plafond horaire de la Sécurité sociale : 4,50 € par heure

SQPOV - Sécurité et Qualité des Produits d'Origine Végétale