Bio-informaticien (H / F)

Agence nationale de sécurité sanitaire - Anses; Ploufragan; Sur place; EUR 30 000 - 45 000; Plein temps

Résumé du poste

L’ANSES recrute un(e) bioinformaticien(ne) pour un CDD de 24 mois au sein de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité. Vous serez impliqué(e) dans la conception d'une base de données pour l'analyse de séquençage, en utilisant des langages de programmation et en collaborant avec une équipe dynamique. Le poste requiert un Bac+5 en bioinformatique et des compétences spécifiques en développement logiciel et en gestion de bases de données.

Qualifications

• Formation bioinformatique Bac+5 (Bac+3 min. requis).
• Connaissances en génomique virale un plus.
• Compétences en outils bioinformatiques souhaitées.

Responsabilités

• Conception et développement d'une base de données de virus.
• Automatisation de mise à jour avec des séquences publiques.
• Création de documentation et formation des utilisateurs.

Connaissances

SQL

Linux / Unix

Développement web (Django)

Travail en équipe

Autonomie

Organisation

Rigueur

Interaction collective

Anglais technique

Formation

Bac+5 en bioinformatique

Outils

Git

GitLab

Conda / Mamba

Singularity

Description du poste

• Contrat à durée déterminée de droit public de 24 mois -

Date de prise de fonctions : Dès que possible

Rémunération : Selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles indiciaires des agences sanitaires ou selon statut particulier si fonctionnaire.

Conditions particulières : Vous travaillerez en laboratoire P2+(locaux en pression négative, changement de vêtements à l’entrée et à la sortie).

Rattaché à l’équipe bioinformatique de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité, la personne recrutée s’appuiera sur les analyses de données de séquençage et sur un environnement déjà en place (gitlab, slurm, linux). Elle sera impliquée dans la conception et le développement d’une base de données relationnelle partagée par plusieurs unités. Outre sa capacité à gérer différents virus et leurs métadonnées associées, elle fera l’objet de mises à jour automatiques régulières et disposera d’interfaces web conviviales pour son utilisation (django). Elle permettra également la génération automatique de rapports pdf, de pages web de visualisation de métadonnées sur une carte, ainsi que l’alimentation automatisée d’une instance Nextstrain. Composant majeur attendu, elle permettra d’étendre la portée de l’automatisation de nos analyses, en en facilitant en outre le partage.

Votre équipe

La direction pilote : ANSES, laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort.

Au sein du laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort, l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité (UGVB) est une unité à positionnement transversal avec une forte orientation de son activité axée sur l’innovation appliquée aux méthodologies analytiques moléculaires et aux approches bioinformatiques associées.

Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique, séquençage long reads) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort ainsi qu’aux autres unités de l’ANSES.

Vous rejoindrez une équipe de quatre personnes dédiées à l’analyse de données de séquençage haut débit et collaborerez également avec les deux bioinformaticiens des Laboratoires Nationaux de Référence (LNR) Influenza Porcin (unité de Virologie et Immunologie Porcines, VIP) et Aviaire (Unité de Virologie, Immunologie, Parasitologie Aviaires et Cunicoles, VIPAC).

Votre quotidien

Activité 1 : 10%

• Conception d’une base de données de virus répondant au cahier des charges des laboratoires de référence.

Activité 2 : 80%

• Développement de la base de données, des formulaires et / ou scripts d’import, des interfaces web (django).
• Automatisation de sa mise à jour avec des séquences de banques de données publiques. Génération de page web de visualisation de metadonnées sur une carte. Export automatique vers une instance Nextstrain.

Activité 3 : 10%

• Bibliographie, création de la documentation et formation des utilisateurs.

Votre profil

Formation et expérience requises :

• De formation bioinformatique Bac+5 (Bac+3 minimum), vous avez un goût prononcé pour le développement et avez des connaissances biologiques générales.

Compétences :

• Connaissances de SQL, conda / mamba, git et gitlab, singularity idéalement
• Des connaissances en génomique virale seraient un plus
• Une connaissance préalable des outils bioinformatiques et des méthodes de traitement des données issues de séquençages haut débit serait un plus.
• Bonne maîtrise de l’anglais technique lu, écrit, parlé
• Maîtrise des environnements Linux / Unix
• Travail en équipe indispensable (intra équipe et inter équipes)
• Qualités requises : grande autonomie, organisation, rigueur, capacité d’interaction avec le collectif de travail

Contacts opérationnels :

Adresser au plus tard le 27 / 06 / 2025, lettre de motivation + CV en indiquant la référence 2025-073 à

L’Anses recrute, accompagne et valorise les talents dans leur diversité pour s’engager au service de la santé publique.

Créer une alerte emploi pour cette recherche