Bio-informaticien F/H

Aix-Marseille Université; Marseille; Sur place; EUR 35 000 - 55 000; Plein temps

Résumé du poste

Aix-Marseille Université recherche un bio-informaticien pour rejoindre le C2VN à Marseille. Le candidat sera chargé de l'analyse de données de single-cell RNA-seq et d'améliorer les pipelines existants en bioinformatique. Ce poste offre des avantages tels que du télétravail, des congés généreux et un soutien pour les personnels en situation de handicap.

Prestations

Flexibilité du travail avec télétravail jusqu'à 2 jours par semaine

Jusqu'à 50 jours de congés la première année

Primes mensuelles et annuelles après 12 mois

Accompagnement pour les personnels en situation de handicap

Prise en charge à 75% des transports en commun

Possibilité de parking ou de vélo pour les trajets domicile-travail

Accès à des prestations loisirs, sport, culture et social

Qualifications

• Expérience confirmée en bioinformatique appliquée aux données génomiques.
• Maîtrise de la programmation en R et Python indispensable.
• Connaissance des softwares d'analyse single-cell requis.

Responsabilités

• Développer des pipelines pour l'analyse de données de single-cell RNA-seq.
• Concevoir et optimiser de nouvelles méthodes d'analyse moléculaire.
• Diffuser et valoriser les résultats via rapports et publications.

Connaissances

Programmation en R

Programmation en Python

Analyse de données génomiques

Bioinformatique

Méthodes mathématiques d'analyse multidimensionnelle

Formation

Diplôme en bioinformatique ou domaine connexe

Outils

CellRanger

Seurat

Docker

GitHub

Snakemake

Description du poste

Le C2VN est une unité mixte de recherche de plus de personnes, sous la triple tutelle d'Aix-Marseille Université, de l'INSERM et d'INRAE, située sur le Campus Universitaire de la Timone à Marseille. L'unité étudie les mécanismes moléculaires et cellulaires impliqués dans le développement de la pathologie cardiovasculaire, la dysfonction endothéliale et la thromboinflammation.

Rattaché à la Faculté des sciences médicales et paramédicales, le bio-informaticien au sein du C2VN sera principalement responsable du démultiplexage et de l'analyse de données de single cell RNA-seq et de données de single cell multiome de 10x Genomics (accessibilité de la chromatine et expression génique) pour les projets du laboratoire. Il développera également les outils nécessaires aux travaux de bioinformatique, prendra en main et adaptera les pipelines existants, et produira des rapports en fonction des besoins des projets. Il devra également améliorer ces pipelines en y intégrant de nouvelles méthodes issues de la littérature.

Activités principales :

1. Développer des pipelines pour l'analyse des données de single-cell RNA-seq
2. Concevoir et optimiser de nouvelles méthodes d'analyse moléculaire et cellulaire
3. Rédiger des protocoles d'utilisation des outils et méthodes
4. Veiller au respect des principes d'accessibilité, d'interopérabilité et de portabilité des données et outils
5. Fournir conseils et soutien technique aux chercheurs et ingénieurs
6. Adapter les applications informatiques aux besoins des projets
7. Diffuser et valoriser les résultats via rapports, publications, présentations et formations
8. Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine
9. Définir et faire respecter les procédures qualité

Position hiérarchique : Sous la responsabilité directe du professeur PE Morange, co-directeur du C2VN.

Le candidat doit avoir une expérience confirmée en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou transcriptomiques, notamment en single-cell, et un intérêt pour la biologie. La maîtrise de la programmation en R et Python est indispensable, ainsi que la connaissance des logiciels d'analyse de données génomiques et single-cell (CellRanger, Seurat, Monocle, CiteSeq, etc.). Une compréhension pratique des méthodes mathématiques d'analyse multidimensionnelle (normalisation, quality control, clustering, t-SNE, UMAP, pseudotime, etc.) est requise. La connaissance des outils de conteneurisation (Docker, Singularity), gestionnaires de version (GitHub) et workflow (Snakemake) est souhaitée.

Processus de recrutement :

Après réception de votre candidature, deux étapes : un échange téléphonique personnalisé, puis un entretien avec les responsables. En cas de succès, un parcours d'accueil et de formation sera organisé pour faciliter votre intégration et développement professionnel.

Avantages et environnement :

• Flexibilité du travail avec télétravail jusqu'à 2 jours par semaine après 6 mois d'ancienneté
• Jusqu'à 50 jours de congés la première année, puis 58 jours
• Primes mensuelles et annuelles après 12 mois
• Accompagnement pour les personnels en situation de handicap
• Prise en charge à 75% des transports en commun, forfait mobilité durable
• Possibilité de parking ou de vélo pour les trajets domicile-travail
• Accès à des prestations loisirs, sport, culture et social