Ingénieur d'études en transcriptomique - H/F

Inserm France; Toulouse; Sur place; EUR 25 000 - 29 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Congés annuels 32 j + RTT

Mutuelle MGEN

Prévoyance

Restauration collective

Transports remboursés

Forfait mobilité durable

Résumé du poste

Inserm France recrute un ingénieur d’étude en transcriptomique pour contribuer au développement de projets à haut débit et spatialisation des analyses. Vous préparerez des librairies scRNAseq (10x Genomics) et des lames pour les expériences, tout en coordonnant avec les plateformes de séquençage et en assurant le suivi des résultats.

Le poste implique la gestion d’expériences de transcriptomique, la mise en œuvre et l’optimisation des approches spatiales et l’analyse des données avec R, Python

Qualifications

• Solides connaissances en biologie moléculaire et biologie cellulaire.
• Expérience en préparation de librairies scRNAseq et transcriptomique spatiale est un atout.
• Anglais écrit et parlé niveau B1–B2.
• Bonne capacité à communiquer et transférer des technologies au sein d'une équipe.

Responsabilités

• Choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation dans le cadre d'une approche spécialisée (scRNAseq, transcriptomique spatiale).
• Développer des techniques et instruments adaptés à la transcriptomique et à l'imagerie confocale.
• Former et assurer un transfert technologique au sein de l'équipe.
• Conseiller sur les possibilités techniques, les méthodes d'analyse et leur interprétation.
• Rédiger des rapports d'expériences et notes techniques.
• Concevoir et optimiser des expériences en biologie cellulaire et moléculaire.

Connaissances

Esprit d'équipe

Rigueur

Planification

Bonnes capacités de communication

Formation

Diplôme d'Ingénieur ou équivalent en biologie ou bioinformatique

Outils

R

Python

Imaris

10x Genomics

Description du poste

Ingénieur d'études en transcriptomique - H/F

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Infinity est un institut de recherche interactif, offrant un environnement scientifique productif et structuré centré sur trois axes disciplinaires : l’Immunologie et les Maladies Infectieuses et Inflammatoires. Infinity est labellisé par l’INSERM, le CNRS et l’Université Toulouse III. L’institut se compose de 14 équipes de recherche de réputation internationale, de 4 plateaux technologiques de pointe et de services supports efficaces (plus de 260 membres au total).

Dans le cadre de projets de recherche financés par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR) et le Conseil Européen de la Recherche (ERC), nous recrutons un.eingénieur.e d’étude expérimenté.epour contribuer au développement de projets en transcriptomique à haut débit et en transcriptomique spatiale.

La personne recrutée sera principalement impliquée dans lapréparation de librairies de scRNA-seq (10x Genomics)ainsi que dans lapréparation des lames pour les expériences de transcriptomique spatiale, notamment avec la technologieXenium (10x Genomics).

Il/elle assurera également lacommunication et la coordination avec les plateformes de séquençage, notamment pour l’organisation et le suivi des envois d’échantillons, la planification des séquençages et le suivi des résultats.

En étroite collaboration avec les chercheurs de l’équipe, l’ingénieur.e d’étude prendra en charge une part importante des expériences de transcriptomique, depuis la préparation des échantillons et des librairies jusqu’à la mise en œuvre et à l’optimisation des approches de transcriptomique spatiale. Il/elle contribuera également audéveloppement et à l’optimisation des stratégies d’analyse des données spatiales.

La personne recrutée participera par ailleurs à l’analyse, l’interprétation et la valorisation des données générées, en s’appuyant notamment sur les logiciels et environnementsR, Python et Imaris.

Une expérience complémentaire engénotypage, en imagerie par microscopie confocale ou en digestion et préparation de tissusconstituerait unatout apprécié, notamment afin de pouvoir apporter ponctuellement un soutien aux différents projets et activités expérimentales de l’équipe en fonction des besoins.

Par son expertise technique, son autonomie et son interaction étroite avec les membres de l’équipe, l’ingénieur.e recruté.e occupera unrôle central dans le développement des approches technologiques et contribuera directement à l’avancée des projets de recherche de l’équipe.

A2A42 – Ingénieur d’études

Emploi-Type

Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques

Rémunération

A partir de 2421.65€ brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.

Sur la politique handicap de l’Inserm et sur la mise en place d’aménagements de poste de travail, contactez la Mission Handicap: [e-mail]

Activités principales :

• Choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation en fonction des objectifs de recherche dans le cadre d'une approche spécialisée (scRNAseq, transcriptomique spatiale)
• Développer des techniques et des instruments adaptés à une approche méthodologique de la transcriptomique et imagerie confocale
• Former et assurer un transfert technologique
• Conseiller sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d'analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi
• Rédiger des rapports d'expériences ou d'études, des notes techniques
• Concevoir et optimiser des expériences dans le cadre d'un domaine d'étude de la biologie cellulaire et moléculaire (biologie de la peau, immunologie principalement)
• Participer à la gestion des moyens techniques, humains et financiers alloués
• Organiser et contrôler l'utilisation collective de l'appareillage et des postes de travail
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité et présentation des résultats en réunion d’équipe ou de laboratoire
• Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité

Savoir-faire :

• Solides connaissances pratiques en biologie moléculaires et biologie cellulaire. Des expériences sur les préparations de librairies scRNAseq est un atout
• Compétence dans les techniques de présentation orale
• Capacité à travailler en équipe
• Maitrise du pack office (Excel, Word, Powerpoint)
• Esprit d’équipe
• Rigueur
• Esprit de planification

Spécificité(s) et environnement du poste

• Equipe labellisée ERC, jeune et dynamique
• Contraintes d’horaires en fonction du type d’échantillons, notamment aux horaires déjeuners et en soirée
• Connaissances théoriques en biologie moléculaire et transcriptomique single cell et bulk
• Connaissances théoriques cytométrie en flux et en culture cellulaire / préparation des échantillons
• Connaissance en microscopie et préparation de tissus
• Connaissances théoriques en analyse bio-informatique. La maitrise de R et Python est un atout
• Connaissances théoriques et pratiques en immunologie et en biologie cellulaire
• Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues) écrit et parlé nécessaire

• 32 jours de Congés Annuels et 13 jours de RTT
• Mutuelle santé collective obligatoire MGEN avec participation de l'employeur à hauteur de 50% pour le socle de base et à hauteur de 50% dans la limite de 5€ pour les options
• Prévoyance collective facultative avec participation de l'employeur à hauteur de 7€ pour le socle de base
• Restauration collective subventionnée sur place
• Comité d'action sociale (prestations sociales, culturelles, sportives)
• Transports publics remboursés à 75%
• Forfait mobilité durable