Architecte Bioinformatique – Single-cell RNA-seq

Inserm France; Marseille; Hybride; EUR 42 000 - 64 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Mutuelle

Remboursement frais de transport

Restauration collective

Résumé du poste

Inserm recrute un ingénieur d'études bioinformaticien et analyste single-cell RNAseq pour le laboratoire CIML à Marseille. Vous analyserez des données single-cell issues d’échantillons humains et travaillerez au sein d’un réseau de bioinformaticiens expérimentés.

Vous prendrez en main des pipelines existants, les adapterez et produirez des rapports en tenant compte des exigences des porteurs de projet, tout en développant un pipeline convivial pour l’analyse de la maladie résiduelle.

Qualifications

• BAC+5 en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées.
• Expérience réussie de >1 an en bioinformatique appliquée aux données transcriptomiques, idéalement à l’échelle single-cell.
• Bonne maîtrise de l’anglais scientifique.
• Bonne communication et autonomie dans le travail d’équipe.

Responsabilités

• Analyser des données single-cell RNA-seq (démultiplexage, alignement, QC).
• Standardiser et intégrer des pipelines d’analyse single-cell déjà développés.
• Rédiger des rapports et présenter les résultats aux porteurs de projet.
• Mettre en place des pipelines dédiés à l’analyse de la maladie résiduelle.
• Améliorer les méthodes et rendre l’analyse plus user-friendly.

Connaissances

Programmation R

Analyse statistique

Pipelines single-cell

Communication scientifique

Formation

BAC+5 en bioinformatique, informatique ou mathématiques appliquées

Outils

Docker

Singularity

Snakemake

Git

CellRanger/STAR/Trinity

Seurat/Monocle/Velocyto

Description du poste

Inserm recrute un ingénieur d'études bioinformaticien et analyste single-cell RNAseq pour le laboratoire CIML à Marseille. Vous analyserez des données single-cell issues d’échantillons humains et travaillerez au sein d’un réseau de bioinformaticiens expérimentés.

Vous prendrez en main des pipelines existants, les adapterez et produirez des rapports en tenant compte des exigences des porteurs de projet, tout en développant un pipeline convivial pour l’analyse de la maladie résiduelle.