Apprenti Master Bioinformatique (H/F)

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• Fonction publique : Fonction publique de l'État
• Employeur : Centre national de la recherche scientifique (CNRS)

Nature de l’emploi : Emploi ouvert uniquement aux contractuels

Nature du contrat : Non renseigné

Expérience souhaitée : Non renseignée

Rémunération : Fourchette indicative pour les contractuels non renseignée, pour les fonctionnaires non renseignée

• Catégorie : Catégorie C (employé)
• Management : Non renseigné
• Télétravail possible : Non renseigné

Poste :

Dans le cadre des développements actuels sur la plateforme, la mission de l’apprenti sera de faciliter l’exploitation des données pour les équipes de recherche et les ingénieurs, en créant une double interface d’analyse : une interface graphique pour générer des figures publiables et une interface intégrant du calcul GPU, notamment pour l’exploitation graphique de données de single-cell RNA-Seq.

Description des tâches :

1. Comprendre l’environnement d’une plateforme de bioinformatique et créer un script d’analyse en R.
2. Créer une interface R Shiny pour l’exploitation graphique en collaboration avec l’experte de la plateforme et les équipes de recherche.
3. Adapter le script d’analyse R en Python, en passant de Seurat à Scanpy et RAPIDS-GPU, en se basant sur les premiers résultats.
4. Mettre en place une interface locale pour l’analyse inférentielle de données issues de cellranger, pour accélérer les analyses primaires.

Employeur :

La plateforme de génomique de l’Institut Cochin réalise et analyse des données en génomique pour divers projets de recherche, en utilisant des techniques telles que RNA-seq, ChIP-seq, et ATAC-seq. Elle est spécialisée dans ces analyses et développe de nouvelles applications pour répondre aux besoins des équipes.

Encadrement : L’étudiant sera encadré par deux ingénieurs de la plateforme et participera à un projet à la frontière entre développement informatique et recherche biologique, avec la possibilité de proposer et de développer ses initiatives.

Profil recherché :

Étudiant en Master Bioinformatique avec des connaissances en R, Python, Unix, et une familiarisation avec les systèmes GPU serait un plus.

Niveau d’études minimum :

• Niveau : Master 7 ou diplôme équivalent
• Spécialisation : Sciences naturelles (biologie, géologie)