Analyste de données de biodiversité moléculaire marine (H/F)

CNRS; Nantes; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Le CNRS recrute un analyste de données de biodiversité moléculaire marine à Nantes, responsable de l’analyse des données de métabarcoding. Le candidat devra maîtriser R et Python, contribuer à des publications scientifiques et développer des outils pour améliorer la visualisation des données.

Qualifications

• Maîtrise de R et Python pour l'analyse de données.
• Compétences en métabarcoding.
• Connaissance des principes de phylogénie moléculaire.

Responsabilités

• Intégration et analyse de données de métabarcoding.
• Contribuer à la rédaction d'articles scientifiques.
• Développement de workflows pour le traitement des données.

Connaissances

R

Python

Analyse de données biologiques

Gestion de workflow

Phylogénie moléculaire

Écologie marine

Interopérabilité des données

Anglais

Formation

BAC+5

Outils

SLURM

Nextflow

Description du poste

Analyste de données de biodiversité moléculaire marine (H/F), Nantes

Informations générales

Intitulé de l'offre : Analyste de données de biodiversité moléculaire marine (H/F)
Référence : FR2424-BARRAF0-007
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail :
Date de publication : vendredi 20 juin 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 11 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : de 3143.64€ à 3403.43€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en analyse de donnees

L'ingénieur(e) sera responsable de l’analyse et de l’intégration de données de metabarcoding dans le cadre du programme AO-EMBRC et d’autres projets associés.

Activités

- Intégrer et analyser de nouvelles données de metabarcoding dans le cadre de AO EMBRC et de l’ANR BONUS.
- Contribuer à la production d’articles scientifiques via la production de figures et d’analyses statistiques associées
- Utiliser et prendre part au développement de workflows de traitement de données de metabarcoding dont un dédié aux données virales
- Participer au développement de nouvelles fonctionnalités pour améliorer la visualisation des données, faciliter leur analyse au sein des portails, accroître l’interopérabilité entre les différents portails et outils.
- Interagir avec les groupes de recherche participants au programme AO-EMBRC et les ingénieurs de la plateforme ABiMS pour définir et affiner les besoins futurs.
- Participer à la diffusion et valorisation des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales.

Compétences

- Maîtrise de R et/ou Python et notions en scripting Bash pour l’analyse de données biologiques
- Utilisation d’un cluster de calcul haute performance pour l’analyse de données (SLURM) et de gestionnaire de workflow (Nextflow)
- Compétences en analyse de données metabarcoding
- Bonne compréhension des principes de phylogénie moléculaire et des outils associés
- Notions de biodiversité, d’écologie marine et virale
- Connaissance des outils et concepts lié à la gestion, l'interopérabilité et à la diffusion ouverte de données multimodales
- Anglais parlé et écrit (niveau B2)
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contexte de travail

Au sein de la plateforme ABiMS de bioinformatique et de gestion de données marines de la station biologique de Roscoff , l’ingénieur(e) recruté(e) travaillera dans la cadre des deux projets PIA AO-EMBRC et ANR BONUS. Le projet « Observatoires Augmentés du Centre National de Ressources Biologiques Marines (EMBRC-France) », AO-EMBRC, vise à soutenir et développer des observatoires augmentés de biologie marine en France, afin de mener des études de suivi temporel des communautés d’organismes marins sur plusieurs sites des côtes métropolitaines.
Dans ce contexte, l’ingénieur(e) recruté(e) sera en charge de l’intégration, du traitement et d’une partie de l’analyse des données de biodiversité moléculaire (metabarcoding) depuis leur collecte sur les sites étudiés jusqu’à leur mise à disposition au sein de la communauté scientifique partenaire du projet puis leur diffusion à l’ensemble de la communauté scientifique au travers des entrepôts de données existants.
Dans le contexte du projet ANR BONUS (porté par Anne Claire Baudoux, UMR 7144), un suivi temporel de diversité moléculaire de virus de microalgues dominantes (diatomées) sera plus spécifiquement étudiée par des approches innovantes dans des échantillons d’eau de mer prélevés au large de Roscoff.
L’ingénieur(e) sera localisé(e) à la Station Biologique de Roscoff, au sein de la plateforme ABiMS, avec de fortes interactions avec les équipes de recherche de la station, les autres stations de biologie marine (Banyuls-sur-mer et Villefranche-sur-mer) ainsi qu’avec le CEA / Genoscope à Evry.
L’ingénieur(e) sera sous la responsabilité de technique de l’ingénieur en charge du traitement des données de diversité au sein de l’équipe, et sous l'autorité hiérarchique du responsable de service.
À l’issue de ce contrat, une poursuite jusqu’à fin décembre 2027 est programmée dans le cadre d’un second contrat de 15 à 16 mois.