Alternance en biologie des systèmes

TN France; Talence; Sur place; EUR 20 000 - 30 000; Plein temps

Résumé du poste

Un projet passionnant en alternance se concentre sur la biologie des systèmes, visant à comprendre les efflorescences de cyanobactéries et leurs impacts environnementaux. En collaboration avec un institut de recherche, l'alternant·e travaillera sur des modèles métaboliques, en utilisant des approches pluridisciplinaires alliant méta-omiques et modélisation mathématique. Ce rôle offre une occasion unique de contribuer à une recherche innovante tout en développant des compétences en bioinformatique et en analyse de données. Rejoignez une équipe dynamique et participez à des projets qui ont un impact réel sur l'écologie et la santé publique.

Qualifications

• Expérience en bioinformatique et analyse de données de séquençage.
• Connaissance des interactions microbiennes et des cyanobactéries.

Responsabilités

• Tester un pipeline bioinformatique pour inférer des voies métaboliques.
• Reconstruire des cartes métaboliques des souches de Microcystis.

Connaissances

Bioinformatique

Analyse métagénomique

Modélisation mathématique

Séquençage

Formation

Master en Biologie

Formation en bioinformatique

Outils

Outils de bioinformatique

Description du poste

Alternance en biologie des systèmes, Talence

Contexte et atouts du poste

Dans le cadre d’un partenariat avec INRAE, à travers le projet COMIC, l’objectif de ce projet d'alternance est de produire des modèles du métabolisme de souches de cyanobactéries et de leurs communautés bactériennes associées.

Les efflorescences de cyanobactéries sont une préoccupation internationale du fait de leurs impacts écologiques, sanitaires et économiques : dégradation de la biodiversité des écosystèmes, perte de production en aquaculture et à la pêche, impact sur le tourisme avec fermeture des sites récréatifs, impact sur la santé végétale, humaine et animale (mortalité du bétail, légumes empoisonnés, etc.) par empoisonnement aux cyanotoxines, et coûts économiques importants pour le traitement de l’eau (Ibelings et al., 2016; Svircev et al., 2017). Dans le contexte d’anthropisation et d’eutrophisation croissante des milieux aquatiques, ces efflorescences deviennent de plus en plus fréquentes et impactantes, notamment celles du genre Microcystis, parmi les plus décrites dans la littérature (Svircev et al., 2019).

Le projet COMIC vise à mieux comprendre la survenue des efflorescences de cyanobactéries toxiques en contexte agri-alimentaire, en décryptant les interactions chimiques de type cross-feeding entre cyanobactéries du genre Microcystis et bactéries hétérotrophes dans la phycosphère, en proposant des approches pluridisciplinaires combinant méta-omiques et modélisation mathématique. Un objectif spécifique est la caractérisation des interactions dans ces consortiums, in situ lors d’efflorescences, en plan d’eau ou en laboratoire, avec des analyses métagénomiques et métabolomiques ciblées (recherche de cyanotoxines). Cela permet d’étudier la biodiversité, la fonction, et la complémentarité métabolomique de ces micro-organismes dans la production de métabolites, comme les microcystines.

Mission confiée

Les principaux objectifs de l'alternant·e seront de tester un pipeline bioinformatique pour inférer les voies métaboliques de micro-organismes à l’échelle individuelle et communautaire à partir de données de séquençage.

Les missions de l'alternant·e seront donc de :

1. Reconstruction des cartes métaboliques des souches de Microcystis et de leur microbiote à partir des génomes annotés.
2. Inférence des interactions de type cross-feeding entre ces souches et leurs bactéries associées.
3. Analyse de l’effet des cyanotoxines sur ces interactions via l’étude des cartes métaboliques et la précision des voies de synthèse des métabolites lors des expérimentations.