Bioinformatiker / Bioinformatikerin / Research Software Engineer...

Ludwig-Maximilians-Universität München; München; Vor Ort; EUR 60.000 - 80.000; Vollzeit

Benefits dieser Stelle

TV-L-Bezahlung

Gleitzeit

Moderne HPC-Infrastruktur

Zusammenfassung

Die Ludwig-Maximilians-Universität München sucht für das Biomedical Center eine Bioinformatician/Research Software Engineer mit Schwerpunkt IT-Infrastruktur.

Die Stelle ist zunächst auf zwei Jahre befristet und in Vollzeit am Standort München angesiedelt.

Qualifikationen

• Abgeschlossene Promotion in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik, Mathematik oder verwandtem Fachgebiet.
• Sehr gute Kenntnisse Linux-basierter Arbeitsumgebungen und Erfahrung mit HPC-Systemen.
• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen (Nextflow, Snakemake).
• Erfahrung mit NGS-Datenformaten (FASTQ, BAM, VCF) sowie mit bioinformatischen Analysen.
• Nachgewiesene Erfahrung in explorativer Datenanalyse und Interpretation komplexer biologischer Datensätze.
• Sehr gute Programmierkenntnisse in Python und/oder R.
• Erfahrung in der Systemadministration.
• Hohe Eigeninitiative, Selbstständigkeit sowie Teamfähigkeit.
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift; gute Deutschkenntnisse.

Aufgaben

• Entwicklung und Pflege bioinformatischer Workflows zur Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten.
• Entwicklung computergestützter Methoden zur Integration und Modellierung von Multi-Omics-Daten.
• Fortgeschrittene explorative Analyse genomischer und epigenomischer Datensätze.
• IT-Support für wissenschaftliche und administrative Nutzer:innen.
• Planung und Optimierung der Computerinfrastruktur (Server, Speicher, Backup, HPC).
• Durchführung eigenständiger Forschungsprojekte an der Schnittstelle von Data Science, Computational Biology und Neuroepigenetik.
• Mitwirkung an wissenschaftlichen Publikationen und Präsentationen.

Kenntnisse

Linux-Umgebung

HPC-Experience

Nextflow

Snakemake

NGS-Datenformate

Python

R

Datenanalyse komplexer Datensätze

Teamfähigkeit

Englische Sprachkenntnisse

Ausbildung

Promotion in Bioinformatik/Computational Biology/Informatik/Mathematik

Tools

Nextflow

Snakemake

FASTQ

BAM

VCF

Jobbeschreibung

Stellendetails zu: Bioinformatiker / Bioinformatikerin / Research Software Engineer...

Kopfbereich

Angebotsart: Arbeit

Arbeitgeber: Ludwig-Maximilians-Universität München

Veröffentlichungsdatum: Vor 4 Tagen veröffentlicht

Änderungsdatum: Vor 2 Tagen bearbeitet

Stellenbeschreibung

Die Ludwig-Maximilians-Universität München ist eine der führenden Universitäten in Europa mit einer über 500-jährigen Tradition. Sie steht für anspruchsvolle akademische Ausbildung und herausragende Forschung.

Einrichtung Medizinische Fakultät - Biomedical Center (BMC) Vergütung TV-L Umfang Vollzeit (100%) Besetzungsdatum Zum nächstmöglichen Zeitpunkt (zunächst für zwei Jahre befristet mit der Möglichkeit einer Verlängerung)

Das sind wir:

Unsere Forschung bewegt sich an der Schnittstelle von Data Science, Computational Biology und Neuroepigenetik. Wir entwickeln neue computergestützte Methoden zur Integration und Analyse von Multi-Omics-Daten, um die molekularen Mechanismen zu untersuchen, die der Funktion von Gehirnzellen, dem Gehirnaltern und neurodegenerativen Erkrankungen zugrunde liegen. Wir legen großen Wert auf ein kooperatives, interdisziplinäres und innovatives Forschungsumfeld.

Die Position
Wir bieten eine Postdoktorandenstelle für zunächst zwei Jahre mit der Möglichkeit einer Verlängerung.
Der wissenschaftliche Schwerpunkt der Stelle liegt auf der Entwicklung und Anwendung computergestützter Methoden zur Analyse und Integration von Next-Generation-Sequencing- sowie Single-Cell-Multi-Omics-Daten im Kontext der Neuroepigenetik.
Die erfolgreiche Kandidatin bzw. der erfolgreiche Kandidat wird an allen Phasen des Forschungsprozesses beteiligt sein – von der Projektplanung und Datenanalyse über die Entwicklung bioinformatischer Workflows und Software bis hin zur wissenschaftlichen Interpretation und Publikation der Ergebnisse.
Die Position umfasst darüber hinaus die laufende Wartung und den Support der Nutzern sowie die langfristige Planung und Weiterentwicklung unserer IT-Infrastruktur (Server, Speicherlösungen, Backup-Systeme und High-Performance-Computing-Ressourcen) für ein Forschungsinstitut, in dem große Mengen an Bildgebungs- und Sequenzierungsdaten erzeugt und analysiert werden.

Wir suchen Sie:

Bioinformatiker / Bioinformatikerin / Research Software Engineer mit Verantwortung für die IT-Infrastruktur (m/w/d)

am Standort München

Das sind Ihre Aufgaben:

Wir suchen eine hochmotivierte und wissenschaftlich eigenständige Postdoktorandin bzw. einen Postdoktoranden zur Verstärkung der neu gegründeten Arbeitsgruppe Neuroepigenetik und Data Science am Biomedical Center der LMU München.

• Entwicklung und Pflege bioinformatischer Workflows zur Analyse von Next-Generation-Sequencing-Daten
• Entwicklung computergestützter Methoden zur Integration und Modellierung von Multi-Omics-Daten
• Fortgeschrittene explorative Analyse genomischer und epigenomischer Datensätze
• IT-Support für wissenschaftliche und administrative Nutzer und Nutzerinnen
• Planung und Optimierung der Computerinfrastruktur, einschließlich Servern, Speicher- und Backup-Systemen sowie High-Performance-Computing-Ressourcen
• Planung und Durchführung eigenständiger Forschungsprojekte an der Schnittstelle von Data Science, Computational Biology und Neuroepigenetik
• Mitwirkung an wissenschaftlichen Publikationen und Präsentationen

Das sind Sie:

• Abgeschlossene Promotion in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik, Mathematik oder einem verwandten Fachgebiet
• Sehr gute Kenntnisse Linux-basierter Arbeitsumgebungen sowie Erfahrung mit High-Performance-Computing-Systemen
• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen, z. B. Nextflow oder Snakemake
• Erfahrung mit NGS-Datenformaten, z. B. FASTQ, BAM und VCF, sowie mit bioinformatischen Analysetools
• Nachgewiesene Erfahrung in der explorativen Datenanalyse und der Interpretation komplexer biologischer Datensätze
• Sehr gute Programmierkenntnisse in Python und/oder R
• Erfahrung in der Systemadministration
• Hohes Maß an Eigeninitiative, Selbstständigkeit sowie ausgeprägte Kommunikations- und Teamfähigkeit
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift; gute Deutschkenntnisse

Wünschenswerte Qualifikationen

• Erfahrung in der Analyse von Single-Cell-Sequenzierungsdaten, einschließlich scRNA-seq und/oder scATAC-seq
• Erfahrung in der Analyse bulk-epigenomischer Daten, einschließlich WGBS, RRBS, ChIP-seq und/oder CUT&Tag

Das ist unser Angebot:

• Ein stimulierendes und kollegiales Forschungsumfeld innerhalb einer neu gegründeten Arbeitsgruppe
• Ein offenes Forschungsumfeld, das wissenschaftliche Eigenständigkeit und interdisziplinäre Zusammenarbeit fördert
• Die Möglichkeit, ein eigenständiges wissenschaftliches Profil an der Schnittstelle von Computational Biology, Neuroepigenetik und Data Science zu entwickeln
• Ein interdisziplinäres Forschungsumfeld am Biomedical Center mit Arbeitsgruppen der LMU München, der Technischen Universität München und des Deutschen Zentrums für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE)
• Möglichkeiten zur Zusammenarbeit mit Forschenden des SyNergy Excellence Cluster for Systems Neurology
• Möglichkeiten zur Zusammenarbeit mit dem Universitätsklinikum der LMU München, dem Universitätsklinikum Würzburg und dem Universitätsklinikum Leipzig
• Zugang zu einer modernen und leistungsfähigen computationalen Infrastruktur
• Flexible Arbeitszeiten
• Vergütung nach dem Tarifvertrag für den öffentlichen Dienst der Länder (TV-L)
• Möglichkeiten zur beruflichen Weiterentwicklung und zur Teilnahme an der Postdoc Initiative des Biomedical Centers, einschließlich Karriereentwicklungsprogrammen und eines Postdoc-Netzwerks
• Die Möglichkeit einer Teilzeitbeschäftigung (50 %) zur Berücksichtigung individueller Bedürfnisse
• Vielfältige Möglichkeiten, die Initiativen des BMC aktiv mitzugestalten (z. B. BMC Green Lab, Öffentlichkeitsarbeit sowie die BMC-Arbeitsgruppe für Diversität und Inklusion)
• Gute Anbindung an den öffentlichen Nahverkehr
• Vereinbarkeit von Familie und Wissenschaft, z. B. durch einen Eltern-Kind-Raum und eine Kindertagesstätte auf dem Campus sowie Betreuungsangebote während der Schulferien und bei kurzfristigem Betreuungsbedarf
• Zahlreiche Vorteile für LMU-Beschäftigte, z. B. vergünstigte Fitness- und Kulturangebote, ein vergünstigtes Deutschlandticket/Jobticket, JobRad sowie mehrere Mensen und ausgezeichnete Cafés auf dem Campus

Wir begrüßen Bewerbungen aus allen Bereichen. Die Förderung von Vielfalt ist ein wichtiges strategisches Ziel am BMC. Dies spiegelt sich im BMC-Verhaltenskodex wider, der Vielfalt und Chancengleichheit aktiv fördert. Die LMU München setzt sich für Chancengleichheit ein und begrüßt Bewerbungen aller qualifizierten Personen.

Ziel Deutschland
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