Bioinformatiker – NGS-Workflow & Präzisionsmedizin

myitjob GmbH; Bern; Vor Ort; CHF 90.000 - 150.000; Vollzeit

Zusammenfassung

myitjob GmbH in Bern sucht eine/n Bioinformatiker/in zur Entwicklung, Validierung und Betreuung klinischer NGS-Workflows (Panels, WES, WGS). Sie automatisieren Workflows, pflegen Datenbanken und Monitoring-Tools sowie sLIMS-Integration.

Erfahrung mit Python/Linux/Shell-Scripting ist erforderlich; Kenntnisse in Nextflow/Snakemake, HPC, Java oder Groovy, Docker oder Singularity gelten als Vorteil. Deutsch- und Englischkenntnisse runden das Profil ab.

Qualifikationen

• Masterabschluss in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder vergleichbare Qualifikation.
• Gute Kenntnisse in Python, Linux und Shell-Scripting.
• Grundverständnis der Hochdurchsatzsequenzierung (NGS) ist Voraussetzung.
• Erfahrung mit SQL, Nextflow, Snakemake, HPC, Java/Groovy sowie Docker oder Singularity ist von Vorteil.
• Gute Deutsch- und Englischkenntnisse, strukturierte Arbeitsweise und Teamfähigkeit.

Aufgaben

• Du entwickelst, validierst und betreust klinische NGS-Workflows für Panels, WES und WGS.
• Dazu gehören Varianten-Calling, Annotation, Qualitätskontrolle und Datenübertragung.
• Du automatisierst reproduzierbare Bioinformatik-Workflows, pflegst Datenbanken und Monitoring-Werkzeuge.
• Du entwickelst Anwendungen für den Zugriff auf Sequenzierdaten.
• Du integrierst Labor-Workflows in sLIMS.

Kenntnisse

Deutsch

Englisch

Ausbildung

Masterabschluss in Bioinformatik/Computational Biology/Informatik oder vergleichbar

Tools

Docker

Singularity

Nextflow

Snakemake

HPC

Java

Jobbeschreibung

myitjob GmbH in Bern sucht eine/n Bioinformatiker/in zur Entwicklung, Validierung und Betreuung klinischer NGS-Workflows (Panels, WES, WGS). Sie automatisieren Workflows, pflegen Datenbanken und Monitoring-Tools sowie sLIMS-Integration.

Erfahrung mit Python/Linux/Shell-Scripting ist erforderlich; Kenntnisse in Nextflow/Snakemake, HPC, Java oder Groovy, Docker oder Singularity gelten als Vorteil. Deutsch- und Englischkenntnisse runden das Profil ab.