Bioinformatiker NGS (m/w) 80-100%

myitjob GmbH; Bern; Vor Ort; CHF 90.000 - 150.000; Vollzeit

Zusammenfassung

myitjob GmbH in Bern sucht eine/n Bioinformatiker/in zur Entwicklung, Validierung und Betreuung klinischer NGS-Workflows (Panels, WES, WGS). Sie automatisieren Workflows, pflegen Datenbanken und Monitoring-Tools sowie sLIMS-Integration.

Erfahrung mit Python/Linux/Shell-Scripting ist erforderlich; Kenntnisse in Nextflow/Snakemake, HPC, Java oder Groovy, Docker oder Singularity gelten als Vorteil. Deutsch- und Englischkenntnisse runden das Profil ab.

Qualifikationen

• Masterabschluss in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder vergleichbare Qualifikation.
• Gute Kenntnisse in Python, Linux und Shell-Scripting.
• Grundverständnis der Hochdurchsatzsequenzierung (NGS) ist Voraussetzung.
• Erfahrung mit SQL, Nextflow, Snakemake, HPC, Java/Groovy sowie Docker oder Singularity ist von Vorteil.
• Gute Deutsch- und Englischkenntnisse, strukturierte Arbeitsweise und Teamfähigkeit.

Aufgaben

• Du entwickelst, validierst und betreust klinische NGS-Workflows für Panels, WES und WGS.
• Dazu gehören Varianten-Calling, Annotation, Qualitätskontrolle und Datenübertragung.
• Du automatisierst reproduzierbare Bioinformatik-Workflows, pflegst Datenbanken und Monitoring-Werkzeuge.
• Du entwickelst Anwendungen für den Zugriff auf Sequenzierdaten.
• Du integrierst Labor-Workflows in sLIMS.

Kenntnisse

Deutsch

Englisch

Ausbildung

Masterabschluss in Bioinformatik/Computational Biology/Informatik oder vergleichbar

Tools

Docker

Singularity

Nextflow

Snakemake

HPC

Java

Jobbeschreibung

Arbeitsort: BernPensum: 80-100%Deine Aufgaben:Du entwickelst, validierst und betreust klinische NGS-Workflows für Panels, WES und WGS. Dazu gehören Varianten-Calling, Annotation, Qualitätskontrolle und Datenübertragung. Du automatisierst reproduzierbare Bioinformatik-Workflows, pflegst Datenbanken und Monitoring-Werkzeuge, entwickelst Anwendungen für den Zugriff auf Sequenzierdaten und integrierst Labor-Workflows in sLIMS.Dein Profil:Du verfügst über einen Masterabschluss in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder eine vergleichbare praktische Qualifikation. Gute Kenntnisse in Python, Linux und Shell-Scripting sowie ein Grundverständnis der Hochdurchsatzsequenzierung werden vorausgesetzt. Erfahrung mit SQL, Nextflow, Snakemake, HPC, Java oder Groovy sowie Docker oder Singularity ist von Vorteil. Gute Deutsch- und Englischkenntnisse, eine strukturierte Arbeitsweise und Freude an interdisziplinärer Zusammenarbeit runden dein Profil ab.Geboten werden eine sinnstiftende Tätigkeit in der Präzisionsmedizin, moderne Technologien, eine strukturierte Einarbeitung sowie fachliche und persönliche Entwicklungsmöglichkeiten.

Benötigte Skills

• Deutsch
• Englisch

Pensum Voll-/Teilzeit