Researcher in Deep-Learning Peptide Design

Stockholms-Universitet; Stockholms kommun; On-site; SEK 368,000 - 469,000; Full time

Job summary

Stockholms universitet söker en forskningsassistent inom beräkningsbaserad protein- och peptiddesign vid MBW. Du kommer att utveckla djupinlärningspipelines för strukturförutsägelse och konformationsprovtagning samt köra dessa i HPC-miljö.

Arbetet omfattar strukturmodellering mot membranproteiner, GPCR och cykliska peptider, samt dataanalyser och underhåll av källkod i Git. Tidsbegränsad anställning på sex månader med individuell lönesättning.

Qualifications

• Masterexamen (MSc) inom bioinformatik, beräkningsbiologi eller annat kvantitativt område.
• Mycket goda programmeringskunskaper i Python och erfarenhet av ramverk för djupinlärning (PyTorch eller JAX).
• God förståelse för strukturbiologiska principer samt erfarenhet av moderna verktyg för strukturförutsägelse (t.ex. AlphaFold, ESMFold, PyMOL).
• Förmåga att arbeta självständigt, felsöka tekniska problem och snabbt anpassa dig till nya arbetsflöden.
• Mycket goda kunskaper i engelska i både tal och skrift.

Responsibilities

• Utveckla, benchmarka och köra djupinlärningspipelines för strukturförutsägelse, konformationsprovtagning och de novo peptid-/proteindesign.
• Utföra strukturmodellering riktad mot komplexa membranproteiner, GPCR:er och cykliska peptider.
• Hantera beräkningsarbetsflöden och jobbkörningar i klustermiljöer för högpresterande beräkningar (HPC).
• Analysera biofysiska data, underhålla rena källkodsarkiv (Git) samt presentera resultat inom forskargruppen.

Skills

Python

PyTorch

JAX

Engelska (tal & skrift)

Education

Masterexamen inom bioinformatik eller beräkningsbiologi

Tools

AlphaFold

ESMFold

PyMOL

Docker/Singularity

Job description

Stockholms universitet söker en forskningsassistent inom beräkningsbaserad protein- och peptiddesign vid MBW. Du kommer att utveckla djupinlärningspipelines för strukturförutsägelse och konformationsprovtagning samt köra dessa i HPC-miljö.

Arbetet omfattar strukturmodellering mot membranproteiner, GPCR och cykliska peptider, samt dataanalyser och underhåll av källkod i Git. Tidsbegränsad anställning på sex månader med individuell lönesättning.