Beräkningsgenomik-Forskarsassistent inom CNS

Karolinska Institutet; Stockholms kommun; On-site; SEK 468,720 - 580,320; Full time

Job summary

Karolinska Institutet söker en entusiastisk forskningsassistent för beräkningsgenomik och genterapi.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi (CMB) arbetar med scRNA-seq, spatiala genomik och deep learning för att förstå skador och reparationsmekanismer i CNS.

Du kommer analysera dataset från musmodeller och mänskliga prover, samt samarbeta med forskare för att koppla computational prediction till genomikvalidering. Placering i Stockholm erbjuds inom KI-miljön.

Qualifications

• Masterexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, bioteknik eller ett närliggande område.
• Dokumenterad erfarenhet av analys av single-cell- och/eller spatiala genomikdataset (scRNA-seq, scATAC-seq, multiome).
• Goda kunskaper i R och/eller Python för dataanalys och visualisering.
• Vana vid genreglering, epigenomik och enhancerbiologi är önskvärt.
• Intresse för maskininlärningsbaserade metoder tillämpade på biologiska data (tidigare erfarenhet är ett plus men inte ett krav).
• Utmärkt engelska i tal och skrift.

Responsibilities

• Analysera single-cell- och spatiala multiome-dataset (transkriptomik och epigenomik) från musmodeller och prover från mänskliga patienter för att studera genreglering som ligger till grund för skaderesponsmekanismer.
• Stödja utvecklingen och tillämpningen av deep learning-modeller för att förutsäga aktivitet och specificitet hos genterapikonstruktioner.
• Samarbeta med experimentella forskare för att koppla beräkningsbaserade prediktioner till genomikbaserade valideringsstrategier.

Skills

R/Python

Single-cell genomik

Engelska (tal/skrift)

Maskininlärning

Epigenomik/ enhancerbiologi

Education

Masterexamen i bioinformatik/beräkningsbiologi/bioteknik

Tools

R

Python

Job description

Karolinska Institutet söker en entusiastisk forskningsassistent för beräkningsgenomik och genterapi.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi (CMB) arbetar med scRNA-seq, spatiala genomik och deep learning för att förstå skador och reparationsmekanismer i CNS.

Du kommer analysera dataset från musmodeller och mänskliga prover, samt samarbeta med forskare för att koppla computational prediction till genomikvalidering. Placering i Stockholm erbjuds inom KI-miljön.