Research Assistant in Computational Peptide Design

Stockholms-Universitet; Stockholms kommun; On-site; SEK 368,000 - 469,000; Full time

Job summary

Stockholms universitet söker en forskningsassistent inom beräkningsbaserad protein- och peptiddesign vid MBW. Du kommer att utveckla djupinlärningspipelines för strukturförutsägelse och konformationsprovtagning samt köra dessa i HPC-miljö.

Arbetet omfattar strukturmodellering mot membranproteiner, GPCR och cykliska peptider, samt dataanalyser och underhåll av källkod i Git. Tidsbegränsad anställning på sex månader med individuell lönesättning.

Qualifications

• Masterexamen (MSc) inom bioinformatik, beräkningsbiologi eller annat kvantitativt område.
• Mycket goda programmeringskunskaper i Python och erfarenhet av ramverk för djupinlärning (PyTorch eller JAX).
• God förståelse för strukturbiologiska principer samt erfarenhet av moderna verktyg för strukturförutsägelse (t.ex. AlphaFold, ESMFold, PyMOL).
• Förmåga att arbeta självständigt, felsöka tekniska problem och snabbt anpassa dig till nya arbetsflöden.
• Mycket goda kunskaper i engelska i både tal och skrift.

Responsibilities

• Utveckla, benchmarka och köra djupinlärningspipelines för strukturförutsägelse, konformationsprovtagning och de novo peptid-/proteindesign.
• Utföra strukturmodellering riktad mot komplexa membranproteiner, GPCR:er och cykliska peptider.
• Hantera beräkningsarbetsflöden och jobbkörningar i klustermiljöer för högpresterande beräkningar (HPC).
• Analysera biofysiska data, underhålla rena källkodsarkiv (Git) samt presentera resultat inom forskargruppen.

Skills

Python

PyTorch

JAX

Engelska (tal & skrift)

Education

Masterexamen inom bioinformatik eller beräkningsbiologi

Tools

AlphaFold

ESMFold

PyMOL

Docker/Singularity

Job description

Forskningsassistent inom beräkningsbaserad protein- och peptiddesign

Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut (MBW) bedriver experimentell grundforskning inom molekylär cellbiologi, intergrativ biologi och infektions- och immunbiologi. Forskningsmiljön präglas av en modern och avancerad metodik och har en stark internationell profil. MBW är en av de större institutionerna inom Naturvetenskapliga fakulteten vid Stockholms universitet med drygt 30 forskargrupper och ca 180 anställda varav 65 är doktorander. Mer information om oss finns på: Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut

Som forskningsassistent inom beräkningsbiologi och maskininlärning kommer dina huvudsakliga arbetsuppgifter att inkludera:

• Utveckla, benchmarka och köra djupinlärningspipelines för strukturförutsägelse, konformationsprovtagning och de novo peptid-/proteindesign.
• Utföra strukturmodellering riktad mot komplexa membranproteiner, GPCR:er och cykliska peptider.
• Hantera beräkningsarbetsflöden och jobbkörningar i klustermiljöer för höpresterande beräkningar (HPC).
• Analysera biofysiska data, underhålla rena källkodsarkiv (Git) samt presentera resultat inom forskargruppen.

Kvalifikationer

Vi söker dig som:

• Masterexamen (MSc) inom bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap, biofysik eller annat relevant kvantitativt område.
• Mycket goda programmeringskunskaper i Python samt erfarenhet av ramverk för djupinlärning (PyTorch eller JAX).
• God förståelse för strukturbiologiska principer samt erfarenhet av moderna verktyg för strukturförutsägelse (t.ex. AlphaFold, ESMFold, PyMOL).
• Förmåga att arbeta självständigt, felsöka tekniska problem och snabbt anpassa dig till nya arbetsflöden.
• Mycket goda kunskaper i engelska i både tal och skrift.

Meriterande:

• Erfarenhet av att köra beräkningsjobb i HPC-miljöer (Linux / SLURM).
• Bakgrund inom molekylärdynamik, GPCR-strukturbiologi eller modellering av cykliska peptider.
• God vana av mjukvaruutvecklingssed (versionshantering, containerisering med Docker/Singularity).

Om anställningen

Anställningen är tidsbegränsad på sex månader och avser projektbaserat arbete. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning. Tillträde enligt överenskommelse.

Hos oss får du dynamiken i samspelet mellan högre utbildning och forskning som gör Stockholms universitet till en spännande och kreativ miljö. Du arbetar i en internationell miljö och får förmånliga villkor. Universitetet ligger beläget i Nationalstadsparken med goda förbindelser till city.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.