Postdoktor inom biologiska datasystem, Alpha Cell-programmet

Kungliga Tekniska högskolan; Stockholms kommun; On-site; SEK 520,000 - 600,000; Full time

Benefits offered by this job

Goda arbetsvillkor

Förmåner

Job summary

KTH annonserar en postdoktor inom biologiska datasystem inom Alpha Cell‑programmet. Arbetet fokuserar på att bygga skalbara datainfrastrukturer och beräkningssystem för stora biologiska dataset, med nära samarbete med SciLifeLab, Human Protein Atlas och forskargrupper.

Det krävs doktorsexamen i bioinformatik eller liknande samt starka programmeringsfärdigheter. Postdoktorrollen erbjuder möjlighet till utveckling i en tvärvetenskaplig miljö med fokus på dataintegration, AI‑drivna arbetsflöden och

Qualifications

• Avlagd doktorsexamen i relevant fält inom bioinformatik/beräkningsbiologi.
• Gedigen erfarenhet av biologiska data och deras användning inom cellbiologi såsom bilddata, transkriptomik eller proteomik.
• Gedigen erfarenhet av öppna databaser och bioinformatiska verktyg.
• Gedigen programmeringsförmåga (Python eller liknande) och bra mjukvarupraxis.
• Goda kommunikations- och samarbetsförmågor samt förmåga att arbeta i tvärfunktionella team.

Responsibilities

• Bygga en beräkningsbaserad modell av mänskliga celler baserad på HPA.
• Utveckla skalbara datainfrastrukturer och beräkningssystem för stora biomedicinska dataset.
• Utveckla pipelines, standardiserade representationer och AI‑anpassade gränssnitt för effektiv modellering.
• Arbeta nära SciLifeLab/HPA‑team och samarbeta över institutioner för dataintegration och öppna data.

Skills

Python

Bioinformatik

Git/GitHub

AI‑verktyg

Data integration

Education

Doktorsexamen i bioinformatik

Job description

Postdoktor inom biologiska datasystem, Alpha Cell-programmet

Kungliga Tekniska Högskolan

Sammanfattning

Alpha Cell-programmet vid SciLifeLab söker en postdoktor i biologiska datasystem för att utveckla datainfrastrukturer och beräkningssystem för stora biologiska dataset. Tjänsten är placerad vid KTH och involverar samarbete med forskargrupper för att skapa en cellmodell baserad på Human Protein Atlas. Arbetet fokuserar på dataintegration, utveckling av pipelines och användarvänliga gränssnitt för effektiv modellering.

Möjlighet att växa och utvecklas inom en kreativ och dynamisk arbetsmiljö. God arbetsvillkor och förmåner. Engagemang för jämställdhet och mångfald som en del av KTH:s värdegrund.

Arbetsuppgifter

Alpha Cell är ett nytt SciLifeLab-program som syftar till att bygga en beräkningsbaserad modellen av den mänskliga cellen. Programmet leds av Jan Ellenberg, föreståndare för SciLifeLab, och Mathias Uhlén, föreståndare för Human Protein Atlas, tillsammans med ett samverkande, multi-institutionellt nätverk av forskare och infrastrukturella enheter inom SciLifeLab. Human Protein Atlas (HPA) är ett storskaligt internationellt initiativ som kartlägger proteiner i mänskliga celler, vävnader och organ med hjälp av antikroppsbaserad bildanalys, transkriptomik och systembiologiska metoder. Sedan starten har atlasen blivit en av världens mest omfattande öppna resurser för spatial molekylärbiologi, med miljontals bilder och omfattande molekylära mätdata. All data tillgängliggörs öppet och används brett av forskare världen över. Alpha Cell-programmet rekryterar en postdoktor i biologiska datasystem för att utveckla skalbara datainfrastrukturer och beräkningssystem för stora biologiska data. Tjänsten är inom Human Protein Atlas vid KTH och SciLifeLab. Kandidaten kommer att arbeta nära Avlant Nilssons grupp för cancercellmodellering samt Wei Ouyangs AICell grupp, vilka tillsammans kommer att utveckla en cellmodell baserad på HPA och andra externa storskaliga dataset. Tjänsten fokuserar på att etablera och stödja dataunderlaget för programmets initiala modelleringsinsatser genom att identifiera, utvärdera, strukturera och integrera stora biologiska dataset samt utveckla skalbara pipelines, standardiserade representationer och AI-anpassade, användarvänliga gränssnitt för effektiv beräkningsmodellering. Arbetet bedrivs i SciLifeLabs tvärvetenskapliga miljö där bilddata, molekylära data och beräkningsmetoder utvecklas parallellt, och omfattar utveckling av system och tjänster som tillgängliggör data för AI-system och beräkningsverktyg. Postdoktorn kommer arbeta nära Human Protein Atlas (HPA)‑teamet och andra forskare för att förbättra dataintegration, annotering, struktur och tillgänglighet, koppla externa datakällor samt bidra till öppen delning av vetenskap och AI-drivna arbetsflöden.

Kvalifikationer

Krav

Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas.

God förståelse av biologiska data och dess relevans inom cellbiologi, såsom bilddata, transkriptomik, proteomik eller spatialt data

Gedigen erfarenhet av att använda öppna databaser och bioinformatiska verktyg

Gedigen programmeringsförmåga för utveckling av beräkningsverktyg eller dataflöden (Python eller liknande), god mjukvaruteknisk praxis, erfarenhet av samarbetsutveckling (t.ex. Git/GitHub) samt förmåga att använda AI‑assisterade kodverktyg effektivt

God kommunikations- och samarbetsförmåga samt förmåga att arbeta mot experimentella, beräkningsrelaterade och infrastrukturfokuserade team

Meriterande

Vid sista ansökningsdag högst tre år sedan doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen avlades.

Doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, cellbiologi med starkt beräkningsinslag, eller närliggande område

Erfarenhet av arbete med stora heterogena dataset

Erfarenhet av biologiska datatyper såsom bilddata, genomik, proteomik eller spatial kartläggning

Erfarenhet av att bygga skalbara eller automatiserade databehandlingsflöden

Erfarenhet av att bygga API:er eller datatjänster för stora vetenskapliga datamängder

Kunskap om Model Context Protocol eller liknande system för att exponera data för AI‑verktyg och agenter

Erfarenhet av att utveckla infrastruktur för maskininlärningsflöden

Erfarenhet av att bidra till öppna dataplattformar eller stora vetenskapliga databaser

Medvetenhet om mångfalds- och likabehandlingsfrågor med särskilt fokus på jämställdhet

Vi kommer att lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Bli en del av KTH

KTH formar framtiden genom utbildning, forskning och innovation. Som ett ledande internationellt tekniskt universitet spelar vi en aktiv roll i att driva och medverka i omställningen till ett hållbart samhälle. Här erbjuds du möjligheten att växa och utvecklas på en kreativ och dynamisk arbetsplats med goda arbetsvillkor och förmåner. Jämställdhet, mångfald och lika villkor är en kvalitetsfråga och en självklar del av KTH:s värdegrund som universitet och statlig myndighet.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att arbeta och utvecklas på KTH.

Ansökan

CV inklusive relevant yrkeserfarenhet och kunskap.

Kopia av examensbevis och betyg från dina tidigare universitetsstudier. Översättningar till engelska eller svenska om de ursprungliga dokumenten inte utfärdas på något av dessa språk.

Kortfattad redogörelse för varför du vill bedriva forskning, dina akademiska intressen och hur de relaterar till dina tidigare studier och framtida mål. max 2 sidor lång.

Ansökan ska vara KTH tillhanda senast sista ansökningsdagen vid midnatt, CET/CEST (Central European Time/Central European Summer Time).

Övrigt

Anställningen gäller tillsvidare, dock längst två år.

En anställning som postdoktor är en tidsbegränsad meriteringsanställning med huvudinriktning mot forskning avsedd som ett första karriärsteg efter disputation.

För information om behandling av personuppgifter i samband med rekrytering.

Det kan förekomma att en anställning hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna anställning görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Fackliga representanter

Kontaktuppgifter till fackliga representanter.