PhD student in advanced data analysis for data integration, image analysis, and precision oncology

Lunds Universitet; Lunds kommun; On-site; SEK 391,000 - 558,000; Full time

Job summary

Lunds universitet söker en doktorand inom avancerad dataanalys för mångsidig hantering av multimodala data inom precisionsonkologi. Du kommer att utveckla AI-verktyg, integrera DNA- och bilddata samt arbeta med vävnads- och flytande biomarkörer.

Du samarbetar nära kliniker och forskare, deltar i publicering, ansöker om forskningsfinansiering och bidrar till utvecklingen av prognostiska och behandlingsprediktiva metoder.

Qualifications

• Bakgrund inom bioinformatik, beräkningsbiologi eller motsvarande (minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå).
• Erfarenhet av arbete med AI-modeller för bildanalys och sekvenseringsbaserad DNA-data.
• Förmåga att kommunicera på engelska i tal och skrift.

Responsibilities

• Avancerad dataanalys och utveckling av mjukvaruinfrastruktur för dataflöden.
• Integrering av olika typer av sekvenseringsbaserad DNA-data.
• Utveckling av beräkningsmodeller för prognostisering och prediktion.
• Integrering av spatiala encelldata och bilddata med AI-baserade modeller.
• Bidra i publiceringsprocessen och ansöka om forskningsfinansiering.

Skills

AI-modeller för bildanalys

DNA-sekvensanalys

Engelska kommunikation

Självständigt arbete

Spatiala encellsteknologier

Education

Avancerad nivå i bioinformatik eller beräkningsbiologi

Minst 240 högskolepoäng varav 60 på avancerad nivå

Job description

Doktorand inom avancerad dataanalys för dataintegration, bildanalys och precisionsonkologi.

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Beskrivning av arbetsplatsen

Det övergripande målet med vår forskning är att främja precisionsmedicin genom att förbättra prognostisering och behandlingsval för cancerpatienter genom utveckling av nya prognostiska och behandlingsprediktiva biomarkörer, samt genom att klarlägga tumörbiologi för att bättre förstå mekanismer bakom behandlingsresistens och identifiera nya terapeutiska måltavlor. För att uppnå detta använder vi toppmodern teknologi för molekylär tumöranalys med både solida vävnadsprover och blodbaserade flytande biopsier från unika och välkarakteriserade kliniska kohorter. Vår forskning integrerar avancerade flytande biopsimetoder, inklusive analys av cirkulerande tumörceller och cirkulerande tumör-DNA, med omfattande vävnadsbaserade profileringsmetoder såsom genexpressionsanalys, DNA-sekvensering, encellssekvensering och spatial transkriptomik. Dessa högdimensionella data analyseras med avancerade bioinformatiska och biostatistiska metoder.

Beskrivning av doktorandprojekt

Doktoranden kommer att ansvara för att leda projekt med fokus på utveckling av nya beräkningsmässiga och AI-baserade verktyg för att förbättra vår förståelse av multimodala data inom precisionsonkologi. Projekten omfattar integrering av olika typer av sekvenseringsbaserad analys av cellfritt DNA vid metastaserad prostatacancer, utveckling av nya metoder för analys av spatial transkriptomik på encellsnivå och proteindata från parade prostatoktomi- och lymfkörtelprover vid prostatacancer, samt utveckling av en ny metod för klassificering av lymfovaskulär invasion i primär bröstcancer baserat på digitala histopatologiska helslidsbilder och genexpressionsdata.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Som doktorand kommer du, under handledning, att ansvara för att initiera, genomföra och slutföra forskningsprojekt inom precisionsmedicin för cancer. Dina arbetsuppgifter omfattar särskilt:

• Avancerad dataanalys, inklusive utveckling av mjukvaruinfrastruktur för att optimera dataflöden.
• Utveckling av analytiska metoder för att integrera olika typer av sekvenseringsbaserad DNA-data.
• Utveckling av beräkningsmodeller för prognostisering och behandlingsprediktion.
• Integrering av olika typer av spatial encellsdata, såsom genexpressions- och proteinexpressionsdata.
• Utveckling av bildanalysmetoder för histopatologiska prover med hjälp av AI-baserade modeller.

Som doktorand kommer du även, under handledning, att:

• Bidra i olika delar av den vetenskapliga publiceringsprocessen.
• Presentera vetenskapliga resultat i olika forum.
• Ansöka om forskningsfinansiering.

Ytterligare arbetsuppgifter kopplade till anställningen kan förekomma.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid.

Kvalifikationer

För anställningen krävs:

• Bakgrund inom bioinformatik, beräkningsbiologi eller motsvarande (minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå).
• Erfarenhet av arbete med AI-modeller för bildanalys.
• Erfarenhet av sekvenseringsbaserad analys av DNA.
• Dokumenterad förmåga att arbeta självständigt i nära samarbete med kliniker och andra forskare.
• Erfarenhet av arbete med spatiala encellsteknologier.
• Förmåga att kommunicera på engelska i tal och skrift.

Meriterande är:

• Avancerade kurser inom datavetenskap eller beräkningsbiologi med relevans för cancerforskning.
• Tidigare forskningsprojekt som använt bioinformatiska metoder inom cancerforskning, särskilt utveckling av nya verktyg för prognostiska eller behandlingsprediktiva biomarkörer.
• Tidigare erfarenhet av forskning inom bröst- eller prostatacancer.
• Tidigare erfarenhet av arbete med flytande biopsier för cancerdiagnostik
• Avlagt examen på avancerad nivå
• Fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Anställning som doktorand regleras i högskoleförordningen (1998:80). Endast den som är eller har antagits till utbildning på forskarnivå får anställas som doktorand. Vid anställning ska i första hand beaktas den sökandes förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen.

Utöver sina studier kan doktoranden åläggas att utföra undervisning, forskning och administrativa uppgifter i enlighet med gällande bestämmelser i förordningen.

Behörighet

Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.