Systemingenjör/bioinformatiker till enheten Klinisk genomik

Region Örebro län; Örebro kommun; On-site; SEK 390,600 - 558,000; Full time

Benefits offered by this job

Dynamisk arbetsmiljö

Del av en nationell forskningsmiljö

Job summary

En regional myndighet i Örebro län söker en systemingenjör/bioinformatiker för att stödja utvecklingen av precisionsmedicin. Du kommer att arbeta med systemintegration och driftsättning av bioinformatiska pipelines. Vi söker en kandidat med teknisk utbildning och erfarenhet av både molnbaserade miljöer och projektledning. Arbetet kräver god samarbetsförmåga och språkbehärskning i såväl svenska som engelska. Detta är en tidsbegränsad heltidsanställning på 2 år.

Qualifications

• Teknisk eller naturvetenskaplig utbildning inom bioinformatik, datateknik, bioteknik eller relevant disciplin.
• Förmåga att arbeta med systemintegration och tekniska lösningar.
• Goda projektledaregenskaper för samarbete med flera aktörer.

Responsibilities

• Stötta och genomföra anslutningar till NGP.
• Installera och driftsätta bioinformatiska pipelines.
• Samverka med arbetsgrupper för mikroorganismer med NGS.

Skills

Systemintegration

Projektledarskap

Molnbaserade beräkningsmiljöer

Education

Civilingenjörs-, master- eller forskarnivå inom bioinformatik, datateknik eller bioteknik

Tools

Linux

Nextflow

Snakemake

Job description

Systemingenjör/bioinformatiker till enheten Klinisk genomik

Vill du jobba i gränslandet mellan forskning och klinisk tillämpning och bidra till framtidens precisionsmedicin? Vi söker en systemingenjör/bioinformatiker till Enheten klinisk genomik på Kliniskt forskningscentrum, Region Örebro län. Vid enheten samlas utveckling inom next generation sequencing (NGS) för klinisk diagnostik och nationella satsningar baserade på genomik såsom Genomic Medicine Sweden (GMS). GMS samordnar på nationell nivå införandet av precisionsmedicin och banar väg för bättre diagnostik, vård och behandling i Sverige. Region Örebro län och Örebro universitet utgör en del av GMS genom Genomiskt medicincentrum Örebro (GMC Örebro) och har i uppgift att bidra till att utföra bred gensekvensering av patientprover inom sjukvården.

Som systemingenjör/bioinformatiker kommer du att arbeta med tekniska och bioinformatiska moment kopplade till den Nationella Genomikplattformen (NGP), GMS:s nationella satsning för säker lagring, analys och delning av genetisk data. Dina arbetsuppgifter kommer bland annat innefatta:

• att tekniskt stödja och genomföra anslutning av regioner till NGP, inklusive systemintegration och anpassning av lokala miljöer
• installation, konfigurering och driftsättning av bioinformatiska pipelines utvecklade inom GMS
• samverkan med nationella arbetsgrupper för att möjliggöra snabb och tillförlitlig identifiering och typning av mikroorganismer med NGS

Kvalifikationer:

Vi söker dig med teknisk eller naturvetenskaplig utbildning, gärna på civilingenjörs-, master- eller forskarnivå inom bioinformatik, datateknik, bioteknik eller annan relevant disciplin. Du bör ha:

• förmåga att arbeta med systemintegration och tekniska lösningar vid anslutning av externa miljöer till en central plattform
• goda projektledaregenskaper, såsom förmåga att planera, koordinera och driva tekniska uppdrag i samverkan med flera aktörer, både lokalt och nationellt
• erfarenhet av molnbaserade eller klusterbaserade beräkningsmiljöer

Meriterande:

• erfarenhet av installation, konfigurering och driftsättning av analyspipelines i Linuxmiljö
• erfarenhet av större nationella, distribuerade eller forskningsnära projekt
• praktisk erfarenhet av NGS-datahantering och bioinformatiska analyser
• arbete med pipeline-ramverk som Nextflow eller Snakemake

Arbetet sker i nära samarbete med bioinformatiker, forskare, molekylärbiologer, medicinskt ansvariga läkare och biomedicinska analytiker, både lokalt och nationellt. Vi förutsätter därför god samarbetsförmåga samt mycket goda kunskaper i svenska och engelska i tal och skrift.

Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper.

Varför ska du välja oss?

Hos oss får du en dynamisk och stimulerande arbetsmiljö där klinik och forskning möts. Du blir en del av en nationell forskningsmiljö med stor möjlighet att påverka framtidens diagnostik och sjukvård.

Välkommen med din ansökan!

Särskild visstid

Heltid. Tidsbegränsad anställning 2 år. Tillträde snarast enligt överenskommelse.

Inom Område forskning och utbildning (FoU) finns cirka 300 medarbetare i sju olika verksamhetsområden. Här finns kompetens för att ge positiva förutsättningar för medicinsk forskning, utbildning, läkemedelsfrågor och sambandet mellan hälsa och miljö. Området stödjer klinisk forskning och utbildning i syfte att ge bästa möjliga förutsättningar för medborgarnas hälsa, vård och omsorg.

Region Örebro län är en av länets största arbetsgivare och en viktig tillväxtmotor i regionen. Vi arbetar för människors hälsa, trygghet och välbefinnande och för länets utveckling. Hos oss finns spännande och viktiga jobb inom bland annat hälso- och sjukvård, tandvård, kollektivtrafik, kultur och näringslivsutveckling. Tillsammans skapar vi ett bättre liv.