Bioinformatiker: Driv data i diabetesforskning

Lunds universitet Medicinska fakulteten Inst för kliniska vetenskaper Malmö; Malmö kommun; On-site; SEK 520,000 - 760,000; Full time

Job summary

Lund University Diabetes Centre (LUDC) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. Du kommer att tillhöra enheten för bioinformatik vid LUDC och stödja forskare med state‑of‑the‑art analyser, utveckla pipelines och analysera genomik, epigenomik, transcriptomik, proteomik och kliniska data.

Du kommunicerar effektivt med icke-experter, planerar flera projekt samtidigt och bidrar till manuskriptförberedelser samt utbildning och support till personal och forskare.

Qualifications

• Bevisad erfarenhet av att tillämpa kvantitativa metoder på dataanalysuppgifter samt erfarenhet av programmering och computing cluster.
• Praktisk erfarenhet av att hantera, analysera och annotera olika typer av omikdata från högkapacitetstekniker såsom single-cell-, bulk- och spatial RNA‑sekvensering, ChIP‑seq, DNA‑metyleringsanalyser, eQTL‑kartläggning och immunrepertoarsekvensering.
• Färdighet i R och kunskap och erfarenhet från BASH/UNIX.
• Erfarenhet av biostatistik samt maskininlärningsalgoritmer och ramverk (t.ex. scikit-learn, Keras och TensorFlow).
• Erfarenhet av dataanalys och datautvinning för att identifiera trender och producera betydelsefulla datavisualiseringar.
• Mycket kapabel att samarbeta i tvärvetenskapliga team.
• Självmotiverad och flexibel, kunna arbeta självständigt på ett väldokumenterat sätt och prioritera flera projekt.

Responsibilities

• Tillhöra enheten för bioinformatik vid LUDC och tillhandahålla bioinformatik, biostatistik och computationell support.
• Hantera förfrågningar och leverera kort- och långsiktiga bioinformatiklösningar till forskare som inte är bioinformatiker.
• Kommunicera effektivt med icke-experter och planera/fördela sin tid mellan flera projekt.
• Bidra till manuskriptförberedelser med state‑of‑the‑art analyser och kvalitetsgrafer.
• Utveckla, implementera och hantera bioinformatics/computational pipelines för olika typer av data.
• Hålla sig à jour med utvecklingen i bioinformatikfältet och presentera alternativa lösningar.
• Delta i utbildning och ge support till LUDC:s personal och forskare vid valet och användningen av verktyg.

Skills

PhD i bioinformatic

Kvantuativa metoder

Programmering

UNIX/BASH

Biostatistik

Maskininlärning

Tvärvetenskapligt samarbete

Education

PhD i bioinformatik

Tools

R

BASH/UNIX

Git

Snakemake

Conda

Quarto/R Markdown

Job description

Lund University Diabetes Centre (LUDC) utlyser härmed en tjänst som bioinformatiker. Du kommer att tillhöra enheten för bioinformatik vid LUDC och stödja forskare med state‑of‑the‑art analyser, utveckla pipelines och analysera genomik, epigenomik, transcriptomik, proteomik och kliniska data.

Du kommunicerar effektivt med icke-experter, planerar flera projekt samtidigt och bidrar till manuskriptförberedelser samt utbildning och support till personal och forskare.