Stage M2: Génomique comparative BGC et défense anti-phage
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Job summary
Genoscope, Genopole Campus 2, Évry (France), propose un Stage Master 2 de 6 mois sur l’étude des associations entre biosynthèse et systèmes de défense antiphage dans des génomes issus de métagénomes. Encadré par l’équipe Microbial Genomics and Epigenomics, le stage débute février/mars 2027.
Le candidat travaillera sur le criblage à grande échelle de plus de 70 000 génomes et analysera les résultats pour prioriser environ cinq à dix loci.
Qualifications
- Étudiant·e en M2 ou dernière année d’école d’ingénieur en bioinformatique ou biologie computationnelle.
- Maîtrise de Linux en ligne de commande et d’au moins Python ou R.
- Intérêt pour la génomique microbienne et les bactériophages.
- Rigueur dans l’annotation et traitement de données réelles.
- Anglais de travail (écrit et oral).
Responsibilities
- Analyser les associations génomiques entre BGC et systèmes de défense antiphage.
- Sélectionner et étudier 5 à 10 loci prioritaires selon les critères donnés.
- Vérifier annotations et organiser les gènes et opérons.
- Comparer régions génomiques et évaluer distribution phylogénétique.
- Réaliser une analyse détaillée et préparer des candidats pour tests phagiques.
Skills
Education
Tools
Job description
Genoscope, Genopole Campus 2, Évry (France), propose un Stage Master 2 de 6 mois sur l’étude des associations entre biosynthèse et systèmes de défense antiphage dans des génomes issus de métagénomes. Encadré par l’équipe Microbial Genomics and Epigenomics, le stage débute février/mars 2027.
Le candidat travaillera sur le criblage à grande échelle de plus de 70 000 génomes et analysera les résultats pour prioriser environ cinq à dix loci.
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