Stage M2 en Bio-informatique H/F

ASNR - Autorité de sûreté nucléaire et de radioprotection; Fontenay-aux-Roses; Sur place; EUR 20 000 - 40 000; Plein temps

Résumé du poste

Une autorité administrative indépendante cherche un stagiaire en bio-informatique pour intégrer des données de scRNA-seq et de transcriptomique spatiale. Le candidat devra posséder un Master 2 ou une formation d'ingénieur, avec des compétences en R et Python, pour mener des analyses sur la réponse vasculaire et inflammatoire. Ce stage offre une expérience enrichissante dans un domaine de recherche innovant.

Qualifications

• Mandatory: Master 2 ou école d'ingénieur en Bio‑informatique.
• Strong skills in R and Python.
• Experience with single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics.

Responsabilités

• Data integration of MERFISH and scRNA-seq data.
• Study of cell trajectories in irradiated tissue.
• Analysis of intercellular communication networks.

Connaissances

Maitrise des langages R et Python

Analyse de données single‑cell RNA‑seq

Transcriptomique spatiale

Notions en Machine Learning

Notions en Deep Learning

Formation

Master 2 ou école d'ingénieur en Bio‑informatique

Description du poste

L'Autorité de sûreté nucléaire et de radioprotection est une autorité administrative indépendante créée par la loi du 21 mai 2024 relative à l'organisation de la gouvernance de la sûreté nucléaire et de la radioprotection pour répondre au défi de la relance de la filière nucléaire. Elle assure, au nom de l'État, le contrôle des activités nucléaires civiles en France et remplit des missions d'expertise, de recherche, de formation et d'information des publics. L'ASNR est composée de fonctionnaires, d'agents de droit public et de salariés de droit privé.

Objectif du stage

L'objectif du stage est d'analyser et d'intégrer des données de ST et de scRNA‑seq afin d'étudier deux phénomènes :

• La réponse vasculaire, à travers l'analyse des changements phénotypiques des sous-populations de cellules endothéliales pulmonaires. Ces cellules sont au cœur de la réponse radio‑induite dans les tissus sains irradiés.
• La réponse inflammatoire et immunitaire avec la caractérisation approfondie des modifications des sous-populations myéloïdes et lymphoïdes détectées dans les jeux de données.

Approche bio‑informatique

L'approche bio‑informatique reposera sur des méthodes d'intégration multi‑omiques combinant scRNA‑seq et ST, afin de tirer parti de la complémentarité de ces deux technologies. Cette intégration permettra ensuite d'approfondir l'analyse des jeux de données à l'aide d'outils de reconstruction de trajectoires cellulaires et d'inférence d'interactions cellule‑cellule, en intégrant la dimension spatiale.

Données

Le stage s'appuie sur des jeux de données déjà obtenues au laboratoire :

• Des données de transcriptomique spatiale (MERFISH), technologie basée sur l'imagerie et l'hybridation in situ d'un panel de 500 gènes d'intérêt.
• Plusieurs jeux de données scRNA‑seq couvrant le transcriptome des cellules endothéliales et immunitaires pulmonaires.

Travail demandé

Intégration multi‑omique : associer l'information spatiale obtenue par MERFISH avec les profils d'expression obtenus par scRNA‑seq.

2a. Étude des trajectoires cellulaires : identifier et appliquer les outils méthodologiques les plus adaptés, dans le but de reconstruire les trajectoires de différenciation ou d'activation cellulaire au sein du tissu irradié.

2b. Analyses des interactions cellules‑cellules : évaluer et appliquer les approches bio‑informatiques pertinentes pour l'étude des réseaux de communication intercellulaire en intégrant la dimension spatiale.

Qualifications

Master 2 ou école d'ingénieur, spécialité Bio‑informatique.

• Maitrise des langages R et Python
• Analyse de données single‑cell RNA‑seq et transcriptomique spatiale
• Des notions en Machine Learning et Deep Learning pour comprendre les algorithmes d'intégration, de trajectoire et d'interaction seraient un plus.