Stage Ingénieur agronome - H/F

ARVALIS; Ploërmel; Sur place; EUR 8 900 - 11 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Indemnité de stage

Frais de déplacement remboursés

Résumé du poste

ARVALIS - Institut du végétal propose un stage centré sur la prédiction génomique des paramètres d’un modèle écophysiologique de la phénologie chez l’orge. Le travail combine analyses bibliographiques et calibrage de modèles pour des variétés variées, avec validation et évaluation des prédictions.

Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet HORLORGE et est financé par FSOV. Indemnité de stage en vigueur et frais de déplacement remboursés.

Qualifications

• Master II ou diplôme d'ingénieur en génétique quantitative, statistiques, modélisation ou équivalent.
• Bonne maîtrise des concepts de phénologie et de sélection variétale.
• Connaissances en analyses GWAS et traitement de grands jeux de données.

Responsabilités

• Réaliser une revue bibliographique approfondie sur les facteurs génétiques du contrôle de la phénologie chez l’orge.
• Optimiser les paramètres génétiques du modèle pour les variétés du panel.
• Identifier les zones du génome associées via des analyses d’association.
• Calibrer et valider un modèle de prédiction génomique des paramètres.
• Évaluer les capacités prédictives du modèle.

Connaissances

Génétique quantitative

Statistiques

Modélisation

Sélection variétale

Formation

Master II ou diplôme d'ingénieur

Outils

R

Python

GWAS

Description du poste

Arvalis - Institut du végétal propose un stage dont le sujet est le suivant : prédiction génomique des paramètres d’un modèle écophysiologique de la phénologie chez l’orge.

CONTEXTE :

La phénologie, c'est à dire le rythme d’apparition des organes sous l’effet de facteurs génétiques et environnementaux, conditionne l’adaptation des plantes à leur environnement. Chez l’orge, elle est influencée par la température, le degré de vernalisation et la photopériode et des modèles écophysiologiques permettent de prédire la date d’apparition de stades clés de la culture, en particulier les stades début de montaison et épiaison. Il est néanmoins nécessaire de définir des valeurs de paramètres génétiques afin de prendre en compte les différences variétales dans ces modèles. Ce travail permet ensuite de prédire les stades clés des cultures et de positionner au mieux les interventions culturales éventuellement à l’aide d’outils d’aide à la décision mais aussi de définir les variétés les mieux adaptées aux différents contextes pédoclimatiques.

Dans le cadre du projet HORLORGE financé par le Fond de Soutien à l’Obtention Végétale (FSOV) et réunissant Arvalis, le James Hutton Institute, KWS-Momont, RAGT et Syngenta, des travaux ont permis (1) d’évaluer la capacité à mesurer le stade début montaison à l’aide de capteurs et (2) de rassembler un volume de données important pour un panel de variétés d’orge diversifié testé dans des environnements contrastés. En parallèle, ce matériel a été génotypé à l’aide d’une puce à SNP permettant d’accéder à des milliers de marqueurs génétiques répartis sur l’ensemble du génome de l’orge. Ces données permettront (1) de paramétrer les variétés du panel pour un modèle écophysiologique de la phénologie (APSIM), (2) de cartographier des facteurs

génétiques associés aux variations des paramètres génétiques du modèle et (3) de calibrer un modèle de prédiction génomique de la phénologie chez l’orge.

OBJECTIF DU TRAVAIL :

• Réaliser une analyse approfondie de la bibliographie sur les facteurs génétique associés au contrôle de la phénologie chez l’orge
• Optimiser les valeurs de paramètres génétiques du modèle pour les variétés composant le panel testé
• Identifier les zones du génome significativement associées aux variations des paramètres par génétique d’association
• Calibrer et valider un modèle de prédiction génomique pour les paramètres du modèle écophysiologique
• Evaluer les capacités prédictives du modèle

METHODES ENVISAGEES :

• Analyse bibliographique
• Analyses statistiques
• Optimisation de paramètres de modèles complexes
• GWAS, prédiction génomique

PROFIL REQUIS :

Master II ou ingénieur intéressé par la génétique quantitative, les statistiques, la modélisation et la sélection variétale

La date de début du stage pourra être adaptée en fonction du calendrier de la formation

Indemnité de stage en vigueur + frais de déplacement remboursés