Stage-Evolution spatiale des populations de cellules de Schwann

CEA; Fontenay-aux-Roses; On-site; EUR 10,000 - 15,000; Part time

Benefits offered by this job

Restaurant d'entreprise

Transport pris en charge à 75%

Job summary

Le CEA recrute un stagiaire ingénieur en traitement du signal et image pour développer un protocole de suivi temporel et spatial de populations de cellules de Schwann, à partir de vidéos de microscopie. Le projet combine graphes, apprentissage profond et calcul haute performance dans un cadre in vitro.

Vous êtes étudiante en école d'ingénieur ou Master 2 et vous maîtrisez Python, PyTorch et les bibliothèques de graphes.

Qualifications

• Maîtriser Python.
• Bonnes bases en apprentissage profond (PyTorch).
• Première expérience des bibliothèques de graphes (NetworkX, PyTorch Geometric).
• Notions de théorie des graphes et d'optimisation combinatoire (recherche de chemin, appariement).
• Bonne connaissance de Linux et calcul HPC, et d'un outil de gestion de sources (Git).

Responsibilities

• Mettre en place un protocole de suivi temporel et spatial.
• Analyser des séquences vidéo de microscopie et construire des graphes de populations.
• Collaborer avec l'équipe du CEA et l'infrastructure informatique.

Skills

Python

Apprentissage profond (PyTorch)

Graphes (NetworkX, PyTorch Geometric)

Théorie des graphes

Linux / HPC

Git / GitHub

Education

Ingénieur / Master 2

Tools

Git

Job description

L'objectif de ce stage ingénieur sera de mettre en place un protocole complet de suivi temporel et spatial de populations de cellules de Schwann par des méthodes de graphes, dans le cadre de l'étude de séquences vidéo de microscopie optique de fluorescence acquises pour l'étude in vitro de cultures cellulaires modèles de tumeurs (fibroblastomes, tumeurs NF1)(Figure). La finalité de cette étude serait d'implémenter une méthode de suivi temporel et spatial fiable de chaque cellule individualisée, permettant ensuite, au sein du projet, d'étudier les comportements des différentes populations cellulaires, saines ou pathologiques à l'échelle du système de culture in vitro.

Vous êtes actuellement en école d'ingénieur ou Master 2, filière traitement du signal/image, informatique ou mathématiques appliquées

Compétences techniques et comportementales :

• Maîtriser la programmation en Python
• Avoir de bonnes bases en apprentissage profond (PyTorch)
• Première expérience des bibliothèques de graphes (NetworkX, PyTorch Geometric ou équivalent)
• Notions de théorie des graphes et d'optimisation combinatoire (recherche de chemin, appariement)
• Bonne connaissance de l'environnement Linux, du calcul haute performance (CPU/GPU, cluster de calcul) et d'un outil de gestion de sources (git/GitHub)

Vous bénéficierez de l'encadrement des équipes du CEA et de l'infrastructure informatique existante (serveurs de calcul internes, plateforme logicielle). De bonnes capacités d'adaptation, de coordination et de travail en équipe sont requises pour ce projet.

Pourquoi nous rejoindre ?

En rejoignant l'Institut Jacob, vous intégrez un environnement de recherche dynamique et innovant où vous avez l'opportunité d'apprendre, de grandir et de jouer un rôle clé au sein d'une entité/unité d'excellence.

ET CE N'EST PAS TOUT !

Les à-côtés de votre mission principale peuvent vous intéresser :

• Un écosystème de recherche à la pointe, dédié à des thématiques à fort enjeu sociétal.
• Des avantages pratiques : restaurant d'entreprise, transport pris en charge à 75%, et bien plus encore.

Un cadre de travail verdoyant au coeur de la ville de Fontenay aux Roses, à quelques minutes de Paris en transports.

Conformément aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intégration des personnes handicapées, cet emploi est ouvert à toutes et à tous. Le CEA propose des aménagements et/ou des possibilités d'organisation pour l'inclusion des travailleurs handicapés.