Stage écotoxicologie microbienne eaux souterraines

BRGM; Orléans; On-site; EUR 11,000 - 16,000; Full time

Job summary

Le BRGM, Centre Val de Loire, Orléans, propose un stage au sein de l'équipe Qualité des Eaux Souterraines. Vous travaillerez sur le suivi d'expérimentations liées au cycle de l'azote dans la nappe de Beauce, avec analyses moléculaires et données multi‑omiques.

Vous utiliserez des méthodes classiques de microbiologie et de biologie moléculaire, apprendrez les approches statistiques et potentiellement des approches bioinformatiques. Une autonomie forte sera attendue.

Qualifications

• Master 1 en écologie ou écotoxicologie microbienne de l'environnement requis ou équivalent.
• Maitrise des approches expérimentales classiques de microbiologie et de biologie moléculaire souhaitée.
• Bonne maîtrise des outils statistiques et des bases de bioinformatique souhaitable.

Responsibilities

• Mettre en place et suivre des expérimentations ciblées sur le cycle de l'azote dans des systèmes variés.
• Analyser des paramètres physico-chimiques (Eh, pH, NO3) et les communautés microbiennes.
• Réaliser et interpréter des analyses metabarcodage et données hydro-géochimiques.
• Rédiger et valoriser les résultats sous forme de publications.

Skills

Biologie moléculaire

Bioinformatique

Statistiques

Autonomie

Planification des expériences

Education

Master 1 en écologie/microbiologie environnementale

Tools

PCR

qPCR

Nanopore sequencing

Job description

Le projet de recherche DEEPTHOUGHT (Water4All) a pour objectif de mieux comprendre les dynamiques des nitrates dans les eaux souterraines en lien avec les pressions anthropiques (pollution, changement climatique). En particulier, l'équipe de projet du BRGM s'intéresse à la caractérisation des communautés microbiennes et leur activité dans la nappe de Beauce au nord d'Orléans. Au sein de l'équipe Qualité des Eaux Souterraines de la direction de l'eau du BRGM, ce projet de stage aura pour objectif de travailler sur la mise en place et le suivi d'expérimentations ciblés sur le cycle de l'azote en lien avec des perturbations anthropiques (pollution agricole ou géogénique, apports de matière organique).
Mieux comprendre le service écosystémique de la dénitrification dans les eaux souterraines dans un contexte de changement global est un enjeu majeur pour la préservation cette ressource en eau. Faisant varier les conditions expérimentales (gradient Eh, gradient d'oxygène, quantité de matière organique, pesticides…), soit en systèmes fermés soit en colonne, l'étudiant suivera des paramètres physico-chimiques (Eh, pH, NO3…) ainsi que les communautés microbiennes, par des approches moléculaires (Extraction ADN, PCR, qPCR, séquençage Nanopore), afin de mieux comprendre la diversité fonctionnelle des communautés microbiennes dans ces écosystèmes et de caractériser celles responsables de la dénitrification et autres cycles biogéochimiques majeurs. L'analyse de données de metabarcoding en lien avec les données biologiques et hydro-géochimiques feront également partie du projet et pourront être réaliser dans le cadre de ce stage. L'analyse et l'interprétation des résultats ainsi que leurs potentiels valorisation sous forme de publications dans des revues scientifiques pourront également être attendues.

Le candidat F/H doit être titulaire d'un master 1 en écologie ou écotoxicologie microbienne de l'environnement. La maitrise des approches expérimentales classiques de microbiologie et de biologie moléculaire est souhaitable, ainsi qu'une expérience en expérimentation en laboratoire. Une bonne maitrise de traitements des données par approches statistiques ainsi que des bases de bioinformatiques pourront être un plus. Il est également attendu que le candidat soit capable de planifier des expérimentation et leurs analyses, le tout avec une relativement bonne autonomie.