Stage de master – 6 mois

INRAE; Valbonne; Sur place; EUR 10 000 - 12 000; Plein temps

Résumé du poste

INRAE recherche un stagiaire Master 2 en biologie moléculaire pour intégrer l’équipe IPO de l’Institut Sophia Agrobiotech, à Valbonne. Le stage portera sur l’édition génomique CRISPR/Cas et l’étude des oomycètes, avec des travaux pratiques et une participation à des réunions scientifiques.

Le candidat travaillera en étroite collaboration avec un chercheur expérimenté et deux doctorants, et présentera ses résultats en anglais lors d’échanges avec des partenaires internationaux.

Qualifications

• Master 2 en biologie ou équivalent requis.
• Stage de 6 mois minimum.
• Étudiant en Master 2; Master 1 accepté si stage autorisé de six mois.

Responsabilités

• Utiliser l’édition génomique CRISPR/Cas pour générer des mutants chez les oomycètes.
• Génotyper les souches et caractériser leurs phénotypes cellulaires et infectieux.
• Présenter les résultats en réunions de laboratoire et échanger avec des collaborateurs internationaux.

Connaissances

Biologie moléculaire

Culture axénique

Revue de littérature

Anglais scientifique

Esprit d'équipe

Autonomie

CRISPR/Cas

Formation

Master 2 en biologie

Outils

CRISPR/Cas

Description du poste

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’équipe IPO (Interactions Plante-Oomycètes) de l’Institut Sophia Agrobiotech de l’INRAE. Cette équipe étudie les dynamiques entre les plantes et les oomycètes pathogènes, depuis la sporulation jusqu’aux stades avancés de l’infection. Elle est composée de 6 chercheurs et de 5 doctorants. Dans le cadre de ce stage, vous vous concentrerez sur les agents pathogènes. Les oomycètes constituent un groupe fascinant de micro-organismes qui comprend certains des agents pathogènes végétaux les plus destructeurs au monde. Bien qu’ils ressemblent superficiellement à des champignons, ces microbes appartiennent à une lignée évolutive distincte, dotée de caractéristiques biologiques spécifiques. Comprendre comment ces caractéristiques contribuent en fin de compte à la virulence reste un défi majeur en phytopathologie moléculaire. L’une des approches les plus efficaces pour élucider la fonction d’un gène est également l’une des plus universelles en biologie expérimentale : le supprimer et déterminer ce qui change. Au cours de ce stage, vous utiliserez l’édition génomique CRISPR/Cas pour étudier les fondements moléculaires de la biologie des oomycètes (Vink et al., 2023). Le stage portera principalement sur l’une des questions suivantes, choisie en fonction des travaux en cours au laboratoire, avec la possibilité d’explorer d’autres questions en fonction des progrès réalisés :

Comment les zoospores perçoivent-elles leur environnement et y réagissent-elles ? Vous étudierez le rôle des mastigonèmes (structures filiformes qui ornent les flagelles) dans le comportement de nage et, éventuellement, dans les comportements collectifs tels que les réponses dépendantes de la densité (« détection de la foule »).

• Comment les oomycètes perçoivent‑ils les signaux mécaniques lors de l’infection des plantes ? Vous étudierez la fonction de canaux ioniques mécanosensibles candidats et leur contribution au développement du pathogène, à la pénétration de l’hôte et à l’infection.
• Quel est le rôle réel des innovations génétiques spécifiques aux oomycètes ? Vous étudierez des gènes représentant des innovations évolutives chez les oomycètes, tels que les protéines Mustekeer, une famille de protéines à domaine DIX qui s’est diversifiée spécifiquement chez les oomycètes (Kostareli et al., 2025), et vous testerez leur contribution à la biologie des oomycètes.

Vous utiliserez des méthodes d’édition génomique déjà mises au point au sein du laboratoire pour générer des mutants ciblés, génotyper les souches obtenues et caractériser leurs phénotypes cellulaires, développementaux et/ou infectieux. Ce projet s’inscrit dans le cadre de recherches en cours, et vos résultats viendront directement compléter les travaux de deux doctorants. Vous découvrirez ainsi comment un projet expérimental individuel contribue à l’élucidation d’une question scientifique plus large. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un chercheur possédant une vaste expérience en biologie moléculaire et cellulaire des oomycètes. Vous présenterez et discuterez vos résultats lors de réunions de laboratoire et participerez à des échanges scientifiques informels (en anglais) avec des collaborateurs de l’Université et Centre de recherche de Wageningen (Pays‑Bas), ce qui vous offrira des opportunités d’ouverture scientifique à l’international et de création de réseaux.

Ce stage s'adresse tout particulièrement à un étudiant intéressé par la biologie moléculaire, la génétique, la microbiologie, les interactions entre les plantes et les micro-organismes ou la biologie cellulaire, et qui souhaite acquérir une expérience pratique dans le domaine de l'édition génomique tout en abordant des questions biologiques fondamentales. En fonction de l'intérêt mutuel et des résultats du stage, ce projet pourrait servir de base à une future candidature à un doctorat.

Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

Formation et compétences

• Étudiants en Master 2 (ou équivalent). Durée du stage : 6 mois.
• Les candidatures d'étudiants en Master 1 ne pourront être prises en compte que si leur cursus autorise un stage de six mois.

Compétences et profil requis

• Connaissances en biologie moléculaire et maîtrise des techniques de culture axénique
• Capacité à réaliser une revue de la littérature
• Bonnes compétences en communication en anglais
• Envie de contribuer à des projets de recherche en cours
• Souci du détail, autonomie, sens de l'organisation et capacité à travailler en équipe

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr